Le premier épisode nous présente le protagoniste de cette série, Atsushi Nakajima, qui est sur le point de mourir de faim près d'une rivière. Alors qu'il décide de recourir au vol afin de survivre, il fait la rencontre inopinée d'un homme qui tente de se noyer quelques mètres plus loin.

Atsushi se réveille dans un endroit qui ne lui est pas familier. À peine réveillé, il reçoit un appel de Dazai, ce dernier lui demandant de sortir au plus vite pour l'aider à s'occuper d'une situation urgente…

Après toute la scène qui s'est déroulée à l'Agence, Tanizaki présente ses excuses à Atsushi. Alors que ce dernier essaie de trouver les anciens métiers de ses nouveaux collègues, une mystérieuse femme débarque à l'Agence avec une certaine mission à confier à nos héros.

Une fois de plus, Atsushi s'est transformé en tigre et a perdu le contrôle de son corps. Il se réveille avec Kunikida à ses côtés, ce dernier lui expliquant la situation dans laquelle l'Agence se trouve par sa faute. Désemparé, il décide de la défendre à sa façon.

Après l'attaque des lézards noirs à l'Agence, Kunikida envoie Atsushi assister l'un de leurs collèges, Ranpo, que l'on a appelé pour aider sur une enquête de meurtre. Ce dernier, avec sa Super hypothèse, aurait le pouvoir le plus puissant de l'Agence…

Cet épisode, centré sur Kunikida, emmènera nos amis sur une enquête de disparitions à Yokohama. Seulement, cela ne se limitera pas à une simple enquête : en vérifiant la source d'un tuyau, un nom étrangement similaire au Roi bleu apparaît…

Après avoir lu la demande de l'Apôtre bleu, l'Agence déploie tous ses agents afin de partir à la recherche de la bombe. Malgré la longue liste des lieux qui pourraient être touchés, nos amis arriveront à trouver son emplacement. Cependant, la clé pour la désamorcer sera retenue par de nouveaux ennemis qui ont plus d'un tour dans leur sac.

Akiko Yosano est le médecin attitré de l’Agence, où tout le monde la craint. Atsushi, bon gré mal gré, l’accompagne faire du shopping, mais la mafia portuaire va venir perturber leur petite promenade.

Après avoir été sauvée par Atsushi, Kyôka se confie à ce dernier ainsi qu'à Kunikida et révèle l'identité de celui qui lui donnait des ordres. Cependant, elle reste un assassin recherché par la police et une traîtresse que la mafia ne manquera pas d'éliminer… Ce sera notre héros, Atsushi, qui devra décider de son sort.

Atsushi se réveille en pleine mer sur le bateau et doit faire face aux menaces d'Akutagawa. Kyôka fera son possible pour aider notre ami à s'échapper, mais sans son pouvoir, elle ne pourra pas faire grand-chose. Dazai, de son côté, calmera vite son vieil ami avant de retourner à ses manigances…

Dans cet épisode, nous aurons droit à deux parties distinctes. La première sera axée sur la mafia portuaire, notamment sur la condition d'Akutagawa après son combat contre Atsushi, et la deuxième nous racontera elle la journée d'une mission confiée à Atsushi, qui réfléchira à deux fois avant de prendre le même partenaire.

Alors qu'Atsushi s'était habitué à la routine de l'Agence, un nouvel ennemi apparaît. Ce dernier ne tardera pas à s'en prendre à l'Agence, et tout particulièrement à un de ses détectives. Atsushi et Tanizaki partiront donc à la recherche de leur ami et devront affronter un nouvel adversaire au pouvoir bien particulier.

Alors que nous reprenons la série, ce 13e épisode nous envoie directement dans le passé en nous racontant l'histoire de Dazai à l'époque où il faisait encore partie de la mafia portuaire. De nouveaux personnages seront au rendez-vous, tout comme une intrigue assez sérieuse et très prenante.

Le flash-back continue avec la traque de l'organisation criminelle qui en a après la mafia portuaire. Odasaku est toujours à la recherche d'Ango, et c'est en le suivant tout au long de cet épisode que nous apprendrons plusieurs choses à son sujet, dont la raison pour laquelle il a décidé de ne plus tuer qui que ce soit.

L'arc du passé de Dazai approche de sa fin. On en apprend plus sur le leader de Mimic et son pouvoir, tout comme sur l'autre faction qui se cache derrière Ango… Nos amis ne savent toujours pas où cela va les mener, mais Mimic poussera Odasaku à prendre une décision importante…

Odasaku a enfin pris sa décision : il ne s'occupera plus d'écrire les dernières pages du tome qu'il avait tant apprécié. Pendant qu'il se dirige droit vers le commandant de Mimic, Dazai essaiera lui de convaincre le boss de la mafia portuaire de préparer une équipe pour sauver son ami. Cependant, il apprendra par cet entretien l'identité de celui qui tirait les ficelles dans l'ombre et qui a donné des informations concernant les enfants qu'Odasaku avait pris sous son aile.

Le flash-back sur le passé de Dazai étant terminé, on retourne quatre ans plus tard auprès d'Atsushi et ses amis. Kyôka, nouveau membre de l'Agence, se verra confier sa toute première mission en tant que membre des détectives aux superpouvoirs. Cette dernière n'étant pas habituée aux missions sans effusion de sang aura du mal à en venir à bout.

On retrouve en ce début d'épisode deux membres de la Guilde qui s'occupent de ravitailler le bateau qui leur fait office de base. Ils seront interrompus par la mafia portuaire qui compte bien leur donner une bonne leçon. Mais cette dernière ne s'arrêtera pas là : elle cherchera aussi à se débarrasser de l'Agence par la même occasion et tentera de faire s'affronter ses deux ennemis du moment…

John et Lovecraft sont à la recherche de Naomi et Haruno, les employées de bureau de l'Agence. Grâce à son pouvoir, John pourra les localiser et parviendra à les capturer. C'est alors que Kunikida et Tanizaki, deux détectives de l'Agence, font leur entrée et se frottent aux deux membres de la Guilde.

Francis, le chef de la Guilde, a enfin mis la main sur Atsushi, le tigre-garou qu'il convoitait tant. Du moins, c'est ce qu'on aurait pu penser avant l'arrivée de Kyôka, cette dernière étant bien déterminée à sauver son ami. Nos deux jeunes compagnons parviendront-ils à échapper à Francis, la Guilde qui se trouve derrière lui et tous ceux qu'il contrôle à Yokohama ?

Atsushi a fait part de son idée à Dazai qui l'a renvoyé à Fukuzawa. Ce dernier semble d'accord de rencontrer le parrain de la mafia portuaire pour discuter. Alors que cette rencontre laisse place à quelques frictions, nos amis devront faire face à la guilde pour sauver Q et empêcher un autre massacre.

Dans la première partie, on retrouve E. A. Poe, un détective qui a une vieille rancune envers Ranpo, bien décidé à défier ce dernier dans un duel où le plus intelligent l'emportera. Dans la deuxième partie, Dazai décide d'envoyer Atsushi en mission d'infiltration que lui seul peut mener à bien. Cependant, un ennemi qu'il connaît bien croisera encore une fois son chemin.

Comme le titre de l'épisode l'indique, cet épisode fera se confronter Akutagawa, Atsushi et Francis, alors que Moby Dick n'est qu'à une dizaine de minutes de s'écraser sur le centre-ville de Yokohama.

Dans le dernier épisode de cette saison, nous verrons l'issue du combat final opposant Atsushi et Akutagawa à Francis. Yokohama pourra-t-elle être sauvée ?

Nous sommes un an avant la fameuse « lutte pour la tête », quand Dazai faisait partie de la mafia portuaire et rencontrait enfin Chûya, à l’époque roi des Brebis et principal adversaire de l’organisation mafieuse.

Dazai et Chûya sont interceptés par la GSS. Il ne leur faudra pas bien longtemps pour continuer leur enquête et interroger le seul individu capable d’apporter des réponses à leurs questions.

Chûya avoue qu’il n’est autre que Arahabaki. Le jeune ténébreux n’aura d’autre choix que de s’allier à Dazai pour affronter Randô. Toutefois, ce dernier montrera rapidement l’étendue de son superpouvoir.

La mafia portuaire envoie son 5e capitaine, connu sous le nom d’Ace, pour s’occuper du cas de Fiodor. Toutefois, ledit capitaine n’a pas l’entière confiance de ses semblables, et peut-être pas à tort.

Les membres de l’Agence des détectives armés sont tous, ou presque, au bout du rouleau depuis leur lutte contre la Guilde. Mais Atsushi tient à les rappeler à l’ordre : de nouvelles organisations veulent en profiter pour occuper le devant de la scène !

Dans un premier temps, Atsushi et Kyôka ont pour mission de trouver une certaine mallette en argent. Dans un deuxième temps, Atsushi se voit confier une enquête à la place de Ranpo. Celle-ci sera étrangement liée à son passé.

Louisa, membre fidèle de la Guilde, se retrouve dans les quartiers pauvres, à la recherche de son ancien directeur. Ce dernier semble bien avoir survécu à son combat contre Atsushi et Akutagawa.

Fukuzawa, le chef de l’Agence, se fait attaquer par un ennemi masqué. Le mystérieux individu sévit de plus en plus en ville et s’en prend à tous ceux qui détiennent un pouvoir, notamment les gros bonnets.

Pour sauver leur chef respectif, la mafia portuaire et l’Agence n’ont d’autre choix que de s’affronter. Cependant, les détectives ont plus d’un tour dans leur sac et tenteront de régler cette histoire sans bain de sang.

L’Agence est au pied du mur. Leur chef a ordonné de ne pas affronter la mafia portuaire, mais s’ils veulent sauver ce dernier, ils n’auront pourtant pas le choix. Toutefois, peut-être que Katai sera la clé pour débusquer Fiodor ?

Fukuzawa et Mori s’affrontent, isolés de tous. Leur passé commun les mettra à rude épreuve, d’autant plus que l’activation du virus projetant le Cannibalisme est proche d’arriver à son terme…

Atsushi et Akutagawa, en duo contre leur gré, sont à la poursuite du maître du virus. Toutefois, celui-ci sera aidé d’Ivan, qui obéit au doigt et à l’œil à Fiodor, lui-même ayant toujours un coup d’avance…