Naruto, Hinata et Kiba sont envoyés en mission au pays de la terre rechercher un dangereux criminel, Gosunkougi, qui aurait assassiné des familles dans le but de les dépouiller de leur argent. Ils rencontrent alors Sazanami, qui leur apporte de l'aide, mais celui-ci ne s'avère pas très fiable. Kiba découvre alors que le vrai nom de Sazanami est Toukichi, un dangereux criminel.

Dans l'auberge au petit matin, Sazanami essayera de tuer Naruto, Kiba et Hinata, de peur qu'il révèle qu'il est un dangereux criminel et qu'il se cache dans cette auberge. Sans succès, Kiba, Naruto et Hinata décident alors de l'aider à retrouver Gosunkougi, qui veut récupérer la cloche d'or.

Un matin, deux étranges visiteurs essayent d'infiltrer Konoha pour obtenir de précieux renseignements.

Naruto, Tenten et Neji voyagent jusqu’au Pays des Oiseaux pour exterminer le guerrier maudit, un fantôme.

Naruto et les autres tentent de prouver que Kômei est responsable de l’existence du fantôme. Cependant, ce que Naruto et la bande vont découvrir révèle encore davantage d’énigmes à résoudre.

Naruto décide de se lancer dans une enquête personnelle au sujet du fantôme. De leur côté, Neji et Tenten tentent une approche différente. Avec l’aide de deux crapauds, Naruto s’approche de plus en plus de la vérité et est même sur le point d’apprendre la véritable identité du fantôme. C’est peut-être Sagi qui est derrière le masque. Mais Sagi est toujours un seigneur féodal. Sagi refusera de laisser Naruto faire cette révélation, même au risque d’être condamné à mort.

Kakashi ordonne à Neji et à Tenten de rentrer au village avec lui, mais ils sont suivis. Pendant ce temps, Kômei est sur le point d’être exécuté. Mais le guerrier maudit apparaît et le sauve. Neji et Tenten ont reperé celui qui les suit et observent attentivement son manège. Ils parviennent à le tromper. Neji et Tenten confrontent Kômei et le fantôme. Mais Kakashi leur dit de partir. Le fantôme est-il un ami ou un ennemi ? Et qu’est-il advenu de Naruto ? Sagi répond à ces questions en révélant toute la vérité.

Sagi prépare sa vengeance et il est bien décidé à ne laisser personne contrecarrer ses plans. Déguisé en guerrier maudit, il affronte Musou, mais celui-ci sait tout. On apprend aussi que les ninjas errants ne peuvent pas vraiment voler des jutsus, ce sont des faux. Encore plus surprenante, la révélation par Sagi et Musou de leurs véritables identités.

Shima délivre Naruto du piège genjutsu de Ooki, avant de le protéger d’une attaque. Au moment où Naruto semble vaincu, Toki abandonne toute volonté de vivre. Naruto voit une silhouette blanche surgir devant lui. C’est Sagi. Sagi demande à Naruto d’avancer le Temps afin d’aider à nouveau sa soeur. Naruto s’apprête à exaucer son voeu et à protéger Toki. Après la défaite d’Ooki, le Pays des Oiseaux retrouve son calme d’antan. En tant que gouverneur du Pays des Oiseaux, Toki veut améliorer la situation générale. Cependant, il subsiste une question : Naruto a-t-il rêvé qu’il voyait Sagi, ou bien s’agissait-il après tout vraiment d’un fantôme ?

Teuchi, propriétaire du restaurant « chez Ichiraku », a été provoqué en duel gastronomique par un riōnin qui a enlevé sa fille Ayame et demande de l'aide à Naruto, Sakura et Chôji.

Faisant partie des quelques rares Genins disponibles, Naruto, Ino et Shino sont obligés d’accompagner Anko dans sa mission au Pays de la Mer, au cours de laquelle elle doit détruire un monstre marin et protéger un bateau qui transporte de l’or. Cependant, à mesure que son passé lui revient en mémoire et qu’elle se souvient de son ancienne relation avec Orochimaru, Anko se met à agir bizarrement.

Naruto guérit grace à Isaribi, la mystérieuse jeune fille. Pendant qu’il est en convalescence, Anko, Shino et Ino le recherchent. Ce faisant, ils rencontrent aussi l’homme qui s’occupe des salaires pour la cargaison. Les quatre amis finiront par se retrouver, mais seulement après avoir découvert le repère du monstre marin.

Après qu’Isaribi se soit échappée, Naruto et son équipe décident de se rendre sur l’île interdite pour affronter Orochimaru et ses sbires. Ils découvrent rapidement qu’Orochimaru n’est pas une éminence grise, mais un homme connu sous le nom d’Amachi. Amachi est le responsable de la transformation d’Isaribi en monstre. Alors pourquoi Isaribi l'aide-t-elle ?

Après avoir échappé de justesse à l’effondrement du laboratoire, Naruto et les autres doivent rattraper le convoi qui transporte l’argent. Cependant, Amachi a déjà tendu son piège et l’équipe du convoi a mordu à l’hameçon. Naruto et les autres arrivent à la rescousse, au moment où toute l’équipe se prépare au combat. Mais le groupe peut-il vaincre Amachi, alors même que celui-ci révèle sa véritable identité ? Et que se passera-t-il lorsque Isaribi comprendra jusqu’où Naruto est allé pour la sauver ?

Le combat entre Naruto et Amachi est de courte durée, enfin…apparemment. De son côté, Anko retrouve de plus en plus d’éléments de son passé, notamment un événement très important.

Naruto se voit confier comme mission de s'occuper d'un jeune garçon nommé Kuni.

Naruto, Kiba et Hinata sont chargés de trouver un trésor caché dans une grotte dans la montagne. À peine partis, Naruto et Kiba se disputent, c'est alors qu'ils se mettent à faire toutes sortes de paris, que Kiba gagne à chaque fois, mettant Naruto en rage. Arrivés à la grotte, rien ne se passe exactement comme prévu, Naruto n'en fait qu'à sa tête et décide de rentrer dans la grotte qui, d'après Kiba, n'est pas la bonne. Dans la grotte, Hinata se blesse, Kiba décide alors d'aller chercher le trésor tout seul.

Les doubles de Naruto, Kiba et Hinata sont prêts à partir pour le village de Konoha. Pendant que Kiba, Naruto et Hinata essayent de sortir de leur prison, Naruto et Kiba sont encore en train de se disputer. Grâce à la brillante intervention d'Hinata et de son Hakke, ils s'en sortent indemne. Kiba utilise alors « La morsure de l'homme bête » pour sortir de la grotte pendant que Naruto prend le coffre et ils laissent Hinata se remettre de sa blessure. Arrivés au village, Naruto et Kiba rencontrent leurs clones, qui sont aussi fragiles que de la porcelaine.

Naruto croise en chemin un messager ninja et le sauve d'une chute mortelle. Arrivé dans un petit village, il retrouve Jiraya, pensant que celui-ci était parti en mission.

Il y a deux cents ans, une étoile est tombée sur le village caché de l’Étoile. On dit que cette étoile a des pouvoirs mystiques. Mais comme le village compte trop peu de ninjas, il demande l’aide d’autres villages. Naruto accompagne Lee, Neji et Tenten en mission pour protéger le village.

Maintenant que l’étoile a été volée, le petit groupe n’a plus de pistes pour retrouver le voleur qui sait utiliser le chakra permettant de voler. Néanmoins, Sumaru et Akahoshi détiennent peut-être quelques réponses. Poursuivant leur recherche, Naruto apprend la vérité sur les parents de Sumaru. Mais quel est au juste le rapport entre Sumaru et le voleur ? Et quel est le secret de la berceuse de Sumaru ?

Sumaru kidnappé, la situation empire pour Naruto et son équipe. Pendant que Tenten et Rock Lee sont partis chercher des indices et des informations, Neji et Naruto croisent de nouveau le chemin du voleur.

Akahoshi dit que la mission pour les ninjas de Konoha est terminée. Mais Neji ne veut pas s’arrêter là. Naruto est sauvé par le voleur, qui est en réalité la mère de Sumaru combattant pour la fin de l’entraînement de l'Étoile. De leur côté, Lee et Tenten sauvent Sumaru et le ramènent vers les autres ninjas du village de l'Étoile. Akahoshi trouve l’Étoile mais Naruto et Natsuhi ne donneront rien sans se battre.

Après sa défaite face à Akahoshi et aussi en raison de l’effet de l'Étoile, Natsuhi se retrouve en bien mauvaise situation. Si elle utilise ses techniques une fois de plus, elle risque la mort. Sumaru passe un peu de temps avec sa mère, qu’il croyait morte et l’on chante à nouveau la berceuse. À présent, Natsuhi se prépare une dernière fois à aller voler l’Étoile, et elle est prête à donner sa vie pour ça !

Après qu’Akahoshi ait tenté d’exécuter Sumaru, Hakuto et les autres enfants se préparent à lutter pour protéger leur village. Ayant appris la vérité, les adultes condamnent également Akahoshi. Akahoshi a failli tuer Mizura, il n’aura donc aucune seconde chance. Akahoshi n’étant pas du genre à accepter la défaite, il fusionne l'étoile dans son corps, mettant ainsi son chakra hors de contrôle. Tous les autres ont été vaincus, Naruto est le seul à pouvoir défaire cette menace. Avec l’aide de l’esprit de Natsuhi, Naruto se prépare à démolir Akahoshi lors d’un ultime combat ! Mais sera-t-il suffisant ?

Infecté par un virus, Akamaru devient une menace pour Konoha, et devient la cible d'une traque impitoyable. Malgré le danger, Kiba Inuzuka est prêt à tout pour le protéger, et il s’enfuit avec lui. Tsunade donne alors l'ordre de le poursuivre, afin d'injecter à Akamaru un antidote fabriqué par l'équipe médicale. Hanna, sa grande sœur, décide de prendre cette responsabilité, et lorsqu'elle arrive à destination, elle est étonnée de voir qu'Akamaru a bien changé… Celui-ci ne se laissant pas faire, malgré les efforts de Naruto et elle-même, Hanna décide de le tuer, affirmant qu'il n'y a pas d'autres solutions. Mais Kiba, prêt à tout pour son chien, décide de raisonner ce dernier, qui le blesse alors gravement. Kiba est alors hospitalisé, et à peine réveillé, il explique à Tsunade, Naruto et sa sœur aînée, que si Akamaru l'a laissé en vie, ce n'est que par volonté.

Durant son entrainement, Naruto tombe sur un étrange animal légendaire, Onboo, une sorte de singe qui s'agrippe au dos des gens

Shino Aburame et Naruto sont envoyés pour une mission étrange : jouer un rôle durant un enterrement, et éviter de rire à tout prix. Shino ne semble pouvoir échouer, mais rien ne se passe comme prévu.

Naruto, Hinata Hyûga et Chôji Akimichi sont envoyés pour protéger des marchands durant leur périple. Mais la mission se corse rapidement : trois jōnin les traquent.

À la suite de la prise de contrôle de Nano no Kuni par les trois jōnin, et la mort de l'une des personnes que le trio de Konoha devait protéger, la vérité est révélée : ce qui devait être une mission de rang D est en fait une mission de rang A.

Les combats font rage contre les deux premiers jōnin.

Tandis que Tsunade envoie des ninjas à Nano no Kuni pour éviter une guerre avec les autres pays, Naruto est grièvement blessé par le jōnin qui utilise un ninjutsu magnétique. Pour sauver celui qu'elle aime, Hinata l'affronte en duel.

Chôji Akimichi, Hinata Hyûga et Yurinojo sont neutralisés par le troisième jōnin, qui intercepte Naruto avant qu'il ne réussisse à cacher Haruna. L'ultime combat s'annonce bien difficile.

Ino Yamanaka et Naruto sont envoyés en mission : Ino doit jouer le rôle d'une princesse.

Rock Lee ouvre un dojo afin que les ninjas expérimentés puissent le défier, et pour qu'il puisse ainsi perfectionner son entraînement. Tandis que son premier adversaire est Naruto, Maito Gai se déguise pour défier incognito son élève.

7 personnes disparaissent du côté de la cime Kubisaki. Tsunade y envoie Naruto Uzumaki, Kiba Inuzuka et Hinata Hyûga. Surpris par la pluie, ils entrent dans un château plein de mauvaises intentions.

Lee ne s’est pas présenté à son contrôle médical. On envoie Naruto à sa recherche. Avec l’aide de Tenten, il trouve Lee dans son dojo. À l’issue de son contrôle, Tsunade apprend à Lee qu’il ne doit pas faire le Lotus inversé. Gai essaie de lui remonter le moral en l’emmenant s’entraîner. Pendant l’exercice, Lee rencontre Yagura qui est entraîné par Gai. On décide alors d’un combat d’entraînement entre Lee et Yagura. Lee sera-t-il capable de vaincre le nouvel élève ?

Gai est retenu prisonnier dans une forteresse faite de batons d’entraînement. Yagura apparaît à l’extérieur et révèle qu’il n’est pas le vrai Yagura. Il est Genshou, l’aîné des frères Ryuudoin qui ont voulu se venger de Gai, car Gai a vaincu leur père, Ryuudin Agira. Naruto, Neji et Tenten arrivent alors pour sauver Gai. Les trois frères multiplient les batons d’entraînement. Neji trouve comment vaincre ces batons. Naruto, Neji et Tenten commencent à en démonter quelques uns mais les frères ordonnent d’autres actions aux batons. Lee arrive alors pour sauver ses amis. Lee pourra-t-il vaincre tous les batons et sauver Gai des mains des frères Ryuudoin ?

Naruto rencontre un vieil homme, ouvrier dans le batiment, du nom de Gennou. Mais lorsque Gennou vole les plans de certains des batiments de Konoha, les forces spéciales se lancent à sa poursuite. Il s’avère que Gennou est un ninja expert en pièges et qu’il était référencé dans le livre de Bingo. Puis, Gennou se fait exploser à l’aide d’une ceinture d’explosifs attachée autour de sa poitrine et les plans sont perdus. Craignant une invasion de Konoha par le commanditaire inconnu de Gennou, Tsunade demande à Shikamaru, ainsi qu’aux dix genins de Konoha, d’ouvrir l’œil. Mais ils ne trouvent personne pour les renseigner. Le seul qui pourrait leur fournir les informations nécessaires, c’est... Naruto.

Afin d’obtenir les informations dont ils ont besoin sur Gennou, les forces spéciales mettent Narotu en transe, espérant ainsi extraire ces informations des souvenirs de Naruto. Mais obtiendront-ils, même avec tout ça, les renseignements nécessaires ?

Naruto et les autres poursuivent leur quête d’indices sur Gennou ou son plan. Lors d’une enquête à l’Académie Ninja, ils trouvent un très curieux baton d’entraînement qui les mène à une découverte bien plus effrayante encore.

La ville de Konoha est à présent quadrillée d’explosifs, une décision s’impose : faut-il les ôter ou bien évacuer tous les habitants de Konoha. L’évacuation de tout le monde éveillerait les soupçons. L’équipe de Shikamaru doit donc supprimer tous les explosifs, sans que quiconque s’aperçoive de quoi que ce soit. Ils les suppriment et les anciens remarquent quelque chose d’étrange. Quelle est cette chose étrange dans les explosifs ? Et peuvent-ils déminer sans risquer d’en faire exploser un ?

Pendant que Shikamaru essaie de trouver ce que Gennou a planifié pour la suite, Naruto combat Gennou aux Grands Visages de Pierre. Shikamaru pourra-il empêcher à temps la prochaine étape du plan de Gennou de se réaliser ? Et Naruto sera-t-il capable de vaincre le Maître du Piège ?

Vous êtes vous déjà demandés quels étaient les cinq meilleurs combats ? Regardez cet épisode et vous aurez la réponse !

Une mystérieuse jeune fille peint Konoha, Naruto remarque que cette peinture comporte un ciel orageux. Il montre du doigt le ciel clair, mais des nuages l’envahissent aussitôt. Lorsque la jeune fille peint un éclair foudroyant la place de Hokage, un éclair apparaît ! La jeune fille est bientôt appréhendée par les forces spéciales qui précisent à Naruto que ce qu’il a vu est sans importance. Pendant ce temps, Kurenai annonce qu’elle quitte l’équipe 8 ! Quelles sont les raisons de ce départ ? Et quel est le rapport avec les événements présents ?

Yakumo est menacée de capture. Elle se sert de son genjutsu pour éviter d'être capturée. Kurenai l'aide à riposter aux bandits. Mais que cachent-ils tous les deux, Yakuma et Kurenai ? Naruto, Hinata, Sakura, Shino, Kiba et Gai sont sur la bonne voie pour le découvrir !

Naruto trouve l'occasion de parler à Yakumo d'elle et de Kurenai. Yakumo lui révèle alors que Kurenai ne voulait pas qu'elle devienne une shinobi. Mais elle, de son côté, veut prouver à ses parents qu'elle est capable de devenir une jounin. Naruto apprend que le troisième Hokage et Kurenai ont prévu de sceller ses pouvoirs.

Naruto et son groupe ramènent Kurenai et Yakumo à Konoha. Mais à leur arrivée, ils trouvent le village en ruines. Ils déposent Kurenai et Yakumo à l'hôpital, puis partent enquêter. Après avoir regardé tout autour de lui, Shino comprend que ce qu'ils voient sous leurs yeux n'est pas réel. Parti de son côté, Naruto apprend qu'ils sont victimes du pouvoir du genjutsu de Yakumo. Pourront-ils tous échapper à l'emprise de Yakumo ? Quel est son but dans tout ça ?

Le genjutsu de Yakumo est de plus en plus fort. Kurenai commence à disparaître et Naruto ne peut pas utiliser ses jutsus avec le genjutsu de Yakumo. Naruto sera-t-il contraint d'utiliser son pouvoir caché ?

Naruto et Kiba sont envoyés en mission pour livrer à Habotangai un trésor. La mission s'annonce longue étant donné que Naruto et Kiba ont un problème contre Shingemon, leur employeur.

Naruto, Sakura et Lee doivent escorter un prisonnier shinobazu, du nom de Gantetsu, jusqu'à la capitale du Pays de la Forêt. Ils viennent en renfort au groupe d'escorte, au cas où l'autre shinobazu, son équipier, viendrait le libérer. Arrivés au bateau qui doit transporter Gantetsu, ils rencontrent Todoroki qui semble haïr Gantetsu et être totalement persuadé de sa culpabilité. Les trois Ninjas seront-ils capables de repousser une attaque éventuelle des amis de Gantetsu, venus le libérer ? Et quel est le rapport entre Todoroki et Gantetsu ?

Lorsque le bateau se fend en deux, Naruto, Todoroki et Gantetsu se retrouvent séparés de Sakura, de Lee et de l'escorte. Naruto doit, à présent, faire face aux trois autres shinobazu qui accompagnaient Gantetsu. La situation s’annonce mal pour Naruto et Todoroki, quand le chef des shinobazu essaie de les tuer ! Ils s'échappent de justesse et se retrouvent dans la forêt, sur la base même des shinobazu. Naruto saura-t-il les sortir de là, ou bien devra-t-il faire confiance à Gantetsu pour les guider ?

Todoroki veut venger sa famille et tuer Gantetsu. Le seul inconvénient, c'est que Naruto refuse de le laisser faire, car ils doivent emmener Gantetsu à la capitale. Pendant que Naruto et Todoroki se battent, le shinobazu saisit l'occasion et capture Gantetsu. De leur côté, Lee et Sakura sont encerclés par des enfants qui exigent qu'ils leurs livrent Gantetsu. Naruto et Todoroki pourront-ils ramener Gantetsu ? Pourquoi les enfants veulent-ils Gantetsu ? Et comment se fait-il que l'un des enfants soit le petit frère de Todoroki ?

Naruto parvient à sauver Gantetsu et les enfants, mais a bien des ennuis quand Akio se fait enlever, et que Todoroki comprend que son frère est vivant. Naruto et Todoroki pourront-ils sauver Akio ?

Naruto sauve un enfant blessé. Mais il n'est pas de Konoha. Tsunade ordonne à Naruto de s'occuper de lui jusqu'à ce que la mémoire lui revienne. Que faisait cet enfant aux alentours de Konoha et pourquoi ne se souvient-il de rien ?

Naruto et Menma parviennent à persuader Tsunade de les laisser partir à la recherche de la mémoire de Menma. Mais c’est à la condition que Neji et Tenten les accompagnent pour les protéger. Ils passent par un village qui a été brûlé. Ils vont voir les villageois et leur demandent ce qui s'est passé. Malheureusement ceux-ci ne sont pas très heureux de les voir.

En apercevant la marque que Menma a au bras, Ran veut le tuer. Mais Neji s’interpose, en disant qu’il serait injuste de tuer un criminel qui n’a aucune mémoire de ses crimes. Ran finit par se ranger de son avis. Il opère Menma et lui sauve la vie. Mais les villageois sont mécontents. Sont-ils préparés à la deuxième attaque d’un groupe shinobi étranger ?

Un shinobi de sable, Matsuri, a été enlevé par un mystérieux ninja. Afin de les ramener, Gaara doit accepter le défi du mystérieux ninja. Naruto pourra-t-il empêcher ce combat, qui serait catastrophique, d’avoir lieu ?

Gaara, Temari et Kankurô poursuivent les ninjas. Naruto, Shikamaru, Kiba, Chôji, Ino et Lee courent leur venir en aide.

Shikamaru et Ino arrivent à sortir Temari des griffes de Kyaku, pendant que Kiba at Chôji secourent Konkuro. Naruto et Lee voient que Garra s’en sort très bien tout seul. Tout semble aller pour le mieux et le groupe est apparemment en bonne posture.

Même avec peu de chakra, Gaara combat le chef Shitenshounin. Lorsqu’il échoue et qu’il est pris au piège, Naruto arrive pour le sauver. Mais une fois Seimi, le chef du village Takumi, ranimé, Naruto parviendra-t-il à sauver Gaara avant que Shukaku ne prenne son contrôle total ?

Le temps est venu, enfin ! Jiraiya est revenu et Naruto fait ses adieux. Il se prépare à quitter Konoha pour commencer son entraînement.