Pendant l'ère de l'Edo. Fille du maître d'un dojo d'arts martiaux, Lin s'embarque dans une mission pour se venger de la mort de ses parents. Pour lui servir de garde du corps, elle a choisi Manji, l'homme immortel, surnommé le "tueur d'une centaine". Sa cible est le chef de l'école Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu, l'homme qu'elle hait. Voici les aventures de la vengeresse et de l'homme immortel.

Lin annonce qu'elle va voir un ami de son père, Sōri, un peintre, durant sa mission de vengeance. Sōri ne peut pas venir l'aider, mais lui donne de l'argent. Lin, le portefeuille plein mais sans piste, retrouve l'épée de son père chez un forgeron chez lequel elle est supposée avoir été volée. Son nouveau propriétaire est un maître de sabre de l'école Ittô-Ryû, Taïto Magatsu.

Une prostituée approche Manji alors qu'il attend Lin. Si Manji voit à travers la ruse de la prostituée, il accepte son invitation. Mais la femme, Makie Otonotachibana, semble être trop faible pour faire partie des guerriers d'Ittô-Ryû, comme elle le prétend. Après avoir épargné la vie de Makie, Manji la voit réapparaître avec des yeux et cheveux de couleurs différentes.

Lin demande à Manji de l’entraîner, mais ses aptitudes sont encore loin de rivaliser avec celles des disciples d'Ittô-Ryû. Lin, dans un moment de mélancolie, est attirée par un son, et découvre un homme s'entraînant seul. "Un jour, je serai aussi forte que lui", se dit-elle, avant de se rendre compte, stupéfaite, qu'il s'agit de son ennemi juré, le chef d'Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu.

Après avoir aperçu Kagehisa, Lin flanche. Perdues dans ses pensées, elle se fait approcher, avec Manji, par un moine bouddhiste nommé Eiku Shizuma, faisant partie d'Ittô-Ryû. Il affronte Manji, mais se fait rapidement vaincre. Malgré le coup mortel qu'il a reçu, Shizuma se redresse et sa blessure se referme d'elle-même. Shizuma possède un corps "immortel", tout comme Manji.

Lin, qui est venue voir le festival, rencontre un gamin effronté, Renzô. Au magasin de masques, la situation se détériore entre Manji et Araya, jusqu'à ce que le fils d'Araya, Renzô, ne débarque et les hostilités se dissolvent. Araya et Renzô s'en vont. Ayant regardé Manji de dos, Lin, pour une raison ou une autre, continue de fixer Araya, les yeux remplis de choc et de haine.

Les discussions pour nommer l'instructeur de l'école Ittô-Ryû, alloué par le shogunat, ont démarré. Le but est de faire connaître Ittô-Ryû dans le monde entier. Taïto Magatsu jure de le faire devenir réalité, mais décide de se distancer de Kagehisa Anotsu. En même temps, les chefs d'Ittô-Ryû commencent à être pris pour cible. La pointe de cette épée est aussi dirigée vers Magatsu.

Manji et Lin embauchent les quatre membres du Mugaï-Ryû, qui détiennent des informations sur Kagehisa, pour l'assassiner. Accompagnée de Shira, à l'affût sur la route qui mène à la frontière d'Edo, après avoir reçu des informations que seule elle connaît, Lin rattrape Kagehisa qui tente de s'enfuir.

C'est Giichi qui avait dévoilé la cachette de Kagehisa à Lin, et Manji et elle sont maintenant suspectés de meurtre. Les criminels suspectés ne peuvent pas franchir le poste de contrôle. Mais, grâce à une servante que Lin a rencontrée, elle a une solution. Elle se rend seule à un village où l'on peut l'aider à contourner le poste de contrôle.