Kuro et Benkei sont assaillis de toutes parts. Ils parviennent à vaincre leurs ennemis mais nul ne sait combien de temps durera leur répit. Par chance, ils trouvent une maison où ils demandent l'hébergement pour la nuit. La propriétaire, Kuromitsu, accepte de les recevoir en leur avertissant de ne jamais entrer dans sa chambre. Kuro étant fiévreux, Benkei s'en va le lendemain à la recherche d'un remède.

Un assassin, Okada Izo, tue des samurai de Tosa et les détrousse. Kuro et Kuromitsu passait par là et ont vu l'horrible spectacle. L'assassin les tue aussi. Le Shinsengumi, la police locale, arrive sur les lieux, faisant fuir l'assassin. Il se réfugie dans une cabane aux alentours de la ville. Celle de Kuromitsu. Elle l'accueille en lui demandant de ne pas pénétrer dans sa chambre quoi qu'il arrive.

Kuro s'est éveillé des centaines d'années après, dans une ville post-apocalyptique. La ville, en ruine, est le terrain de nombreuses tueries par l'Armée Impériale Rouge. Quelques résistants tentent de s'organiser pour lutter. Kuro marche dans la ville, errant sans but. Il fera la rencontre d'un homme Karuta, assez influent dans le quartier.

Kuro s'éveille aux côtés de Kuromitsu. Il lui confie que chaque nuit il fait un rêve saisissant, toujours le même mais qu'il est incapable de s'en souvenir à son éveil. Des bruits d'explosion commencent à retentir. Kuromitsu lui explique que ce sont les missiles américains lancés contre le Japon, les deux pays étant en guerre. Puis elle sent la présence d'un assassin. Ils le tuent et fuient. Peu de temps s'en faut pour que ce soit cette fois l'Armée Impériale Rouge sur leurs traces. Les soldats canardent Kuro et Kuromitsu, qui tombent du bâtiment où ils étaient arrivés et s'écrasent au sol après une chute de plusieurs dizaines de mètre. Kuro, agonisant voit les soldats de l'Armée Impériale Rouge emporter Kuromitsu.

Dans les laboratoires de l'Armée Impériale Rouge, Hasegawa supervise les transfusion de sang effectuées en masse sur les cobayes humains. Ce sang, celui de Kuromitsu, est incompatible avec la plupart des sujets, qui meurent de l'injection dans leur corps. Rai et Karuta conduisent Kuro à Saniwa, la chef des rebelles.

L'invasion de l'Armée Impériale Rouge progresse vite. Kuro et Kuon les repoussent sans mal, assurant la sécurité de Saniwa. Mais il n'en est pas de même pour le reste de la base. Les rebelles exposés sont massacrés les uns après les autres. Saniwa ordonne la retraite dans le bloc central, abandonnant ainsi la moitié du QG mais Izana réfute l'ordre.

Kuromitsu demeure depuis des années au village de Kagura à Suruga afin d'éviter d'être impliquée dans les combats. Elle y a gagné la confiance des habitants qui la vénèrent. Ils seront accueillis par Tomba, un ami de Saniwa vivant là-bas. Ils arrivent en montagne et poursuivent leur chemin à pied à travers la forêt. Kagura est un village clandestin, caché de l'Armée Impériale Rouge. Cette forêt rappelle de nombreux souvenirs à Kuro dont l'esprit vagabonde.

Kuro marche seul dans Tokyo. Un homme infirme lui fait la manche et lui propose une information intéressante en échange d'une pièce. Le mendiant lui apprend qu'il est suivi par un homme et d'une femme. Le mendiant, circulant en chaise roulante qui étant implantée, demande ensuite à Kuro de le débarrasser de son sac d'excréments. Kuro le prend et le jette à la rivière. Puis il demande au mendiant où trouver la boucherie avec comme nom d'enseigne la Tête du Serpent.

Kurumazo fut le sujet des expériences de l'Armée Impériale Rouge, une expérience réussie qui lui conféra le don de provoquer des hallucinations chez les autres. Il s'échappa et tua tous ceux qui ne pouvaient répondre à ses questions philosophiques. Cependant, après avoir rencontré Kagetsu qui devint son inséparable camarade, il commença à oeuvrer pour l'Armée Impériale Rouge. À présent que Kagetsu est morte, il réclame vengeance. Il veut arracher le coeur de Kuro pour le tuer et stopper son cycle de réincarnation.

Kuro et Rai progressent dans les couloirs du château quand ils aperçoivent Kuon, au loin partant seul dans un ascenseur. Puis soudain résonne un son insupportable pour Kuro et Rai qui perdent conscience. Kuro s'éveille, attaché à un siège, après avoir rêvé de l'une de ses évadées avec Kuromitsu à l'issue de laquelle il vit Kuromitsu traîner le cadavre d'un homme qu'elle a décapité.

Hasegawa projette du venin issu d'un serpent d'Amazonie sur le visage de Kuro qui l'aveugle totalement. Rai guide Kuro à distance pour lui permettre de combattre Hasagawa par l'intermédiaire de l'émetteur qu'elle lui avait donné avant de commencer la mission. Hasegawa se rend compte de l'astuce et transperce Rai. Tandis qu'Hasegawa prend un malin plaisir à la torturer, Kuro, guidé par les cris de Rai, atteint Hasegawa et le tue.

Kuro arrive devant un groupe de guerriers musiciens et les massacre les uns après les autres. Il affronte leur chef, autrement plus puissant. Encore une fois, sous la menace de la mort, Kuro réveille ses pouvoirs et le tue d'un coup. Soudain, le château commence à s'effondrer, s'immergeant peu à peu dans des marées de sang. Kuro accède à une pièce finale, sombre. Au bout, il aperçoit une maison, celle où il avait rencontré Kuromitsu.