L’histoire reprend 3 ans après les évènements lorsque Tai trouve un chemin vers le digimonde et sait Agumon en danger. Trois nouveaux digisauveurs -- Davis, Yolei et Cody -- reçoivent leurs digivices. Izzy trouve un portail vers le digimonde que T.K. et Kari ainsi que Davis traversent pour aller aider Tai. Patamon et Gatomon retrouvent alors T.K. et Kari. Davis rencontre Veemon, son partenaire. Veemon s’hyperdigivolve en Flamedramon pour combattre un Monochromon contrôlé par l’Empereur des digimon.

Tout le groupe d’anciens digisauveurs (à part Mimi) se réunissent pour parler de la crise dans le digimonde. Davis, Yolei, Cody, Sora, Izzy, T.K. et Kari vont dans le digimonde. Sora et Izzy retrouvent Biyomon et Tentomon, Yolei et Cody rencontrent leurs partenaires Hawkmon et Armadillomon qui s’hyperdigivolvent en Halsemon et Digmon. Davis et Veemon sont capturés par l’Empereur des digimon et les autres doivent le délivrer.

Le groupe traverse une fois encore le portail vers le digimonde attaqué par l’Empereur des digimon. Alors qu’ils se cachent de lui, T.K. et Kari découvrent leurs propres digi-œufs, permettant à Gatomon et Patamon de s’hyperdigivolver en Nefertimon et Pegasusmon.

Gabumon est capturé après avoir sauvé un village de Gazimon. Il s’échappe mais il est sérieusement blessé. Matt et les nouveaux digisauveurs vont dans le digimonde pour le sauver. Après une bataille contre un RedVegiemon sous l’emprise d’une Tour Noire, Gabumon se digivolve en Garurumon et le combat tourne à son avantage. La tour est détruite et tout le monde est sauvé.

Gomamon est pris en otage par l’Empereur des digimon. Joe part avec les nouveaux sauveurs pour le sauver. Mais lorsqu’ils retournent dans le digimonde, Cody est blessé, et Joe reste pour l’aider. Pendant que les autres attaquent, Joe et Cody sont blessés par un Shellmon et un Ebidramon. Digmon les combat et libère Shellmon mais Ebidramon lui n’est pas combattu. Par chance, les autres détruisent la Tour Noire et Gomamon se digivolve en Ikkakumon, libérant Digmon et détruisant Ebidramon.

Mimi (de passage au Japon) et les nouveaux digisauveurs partent pour un pique-nique dans le digimonde. Mais Mimi tombe dans un trou, avec Yolei, et sont séparées du reste du groupe. Elle rencontre Palmon, mais sont toutes les trois attaquées par deux frères Roachmon qui sont sous l’emprise de l’Empereur. Après avoir piégé les frères Roachmon, la tour noire est détruite et Palmon se digivolve en Togemon et les combat.

Après avoir détruit une tour noire localisée dans une ville, Kari est séparée du reste du groupe. Davis et T.K. reviennent pour la sauver. Kari réussit enfin à libérer Andromon de l’emprise d’un anneau noir et celui-ci détruit la tour noire.

L’équipe de football de Davis joue contre celle de Ken Ichijouji. Les digisauveurs découvrent plus tard qu’il est l’Empereur des digimon.

Ken fuit de chez lui, préférant retourner dans le digimonde. Il capture Agumon, et le force à se digivolver au niveau Ultime, ce qui provoque l'apparition de l'incontrôlable SkullGreymon. SkullGreymon à bout de souffle se dé-digivolve en Agumon, mais l’Empereur arrive quand même à mettre son plan à exécution.

Ken, furieux de son incapacité à contrôler SkullGreymon, travaille sur une spirale maléfique. Wormmon, dans l’espoir que Ken ne réussisse pas à la créer, libère Agumon. Cependant, alors qu’il retourne aux côtés de Tai, Ken le capture de nouveau grâce à une spirale, et le fait se digivolver en Metalgreymon (mode virus) et attaquer les digisauveurs.

Après avoir trouvé un nouveau digi-œuf, les digisauveurs sont attaqués par Flymon et MetalGreymon, sous le contrôle de la nouvelle spirale de l’Empereur. Flymon faillit détruire Patamon, mais Tentomon réussit à trouver Garurumon pour qu’il le sauve. Davis réussit finalement à activer le digi-œuf (après avoir prouvé son amitié à Veemon). Veemon s’hyperdigivolve en Raidramon et lui et Garurumon détruisent la spirale, délivrant Agumon.

Biyomon manque et l’équipe (excepté T.K. et Kari), accompagnée de Sora, atterrit dans une ville fantôme tirée d’un film de cowboys. Starmon, sous le contrôle de Ken, enferme les digisauveurs en prison. Les filles du groupe sont délivrées par Deputymon qui leur fait jouer aux cartes. Les garçons réussissent à faire s’hyperdigivolver Veemon en Flamedramon et combattent Starmon. Flamedramon bat Starmon et l’envoie valser dans une tour noire, la détruisant et le délivrant ainsi de l’emprise de l’Empereur.

Kari est attirée dans un monde autre que le monde réel et proche de celui du digimonde. T.K., Gatomon et Patamon la suivent, et ensemble, combattent Airdramon. Patamon s’hyperdigivolve en Pegasusmon et détruit la tour noire. Les créatures, les Divermon, qui ont amené Kari dans leur monde, veulent la capturer, mais Angewomon la délivre et ils parviennent à s’échapper. T.K. dit à Kari à quel point il tenait à elle. À la fin de l’épisode, Dragomon est aperçu sortant étrangement de la mer.

Les nouveaux digisauveurs mangent. Le propriétaire du restaurant, Digitamamon, devient furieux car ils n’ont pas de quoi payer. Michael et Mimi viennent dans le restaurant et payent l’addition. Plus tard, Digitamamon est contrôlé par l’Empereur et attaque Mimi. Yolei active son digi-œuf de la Sincérité et fait s’hyperdigivolver Hawkmon en Shurimon (après avoir à moitié crié sur Digitamamon) et libère Digitamamon de la spirale infernale.

Les digisauveurs atterrissent dans une ville. Alors qu’ils libèrent des Floramon et Mushroomon de l’emprise de leurs anneaux, ils rencontrent ShogunGekomon. Peu après, Ninjamon met une spirale sur ShogunGekomon et les digisauveurs doivent l’arrêter.

Un MegaSeadramon réussit à bloquer les digisauveurs sur une plateforme pétrolière. Cody admet avoir peur de l’eau et les autres tentent de l’aider à surmonter sa peur. Il va trouver Joe et sauvent ensemble le reste de l’équipe. Pendant ce temps, les autres trouvent le digi-œuf de la Responsabilité, le second digi-œuf de Cody. Cody ne peut accepter d’avoir menti à son grand-père. Mais grâce aux paroles de Joe, son digi-œuf s’illumine. Les autres sont sauvés par Joe et un Whamon pendant que Submarimon et Ikkakumon battent et libèrent MegaSeadramon. À la fin, Submarimon explore les profondeurs de la mer avec Cody.

Les digisauveurs, anciens comme nouveaux, commémorent les évènements d’il y a trois ans. Pendant ce temps, la chaîne de TV japonaise a des problèmes techniques et clame que c’est un fantôme qui cause le problème. Les digisauveurs découvrent que le fantôme est en réalité Wizardmon. Wizardmon leur transmet un message énigmatique pour leur révéler le moyen de battre l’Empereur des digimon, avant de disparaître.

Les digisauveurs reviennent dans le digimonde pour trouver la base de Ken. Tai, Matt, et Izzy emmènent le père de Matt à un camp de vacances pour éviter tout soupçon. Le groupe est suivi par Jun, la sœur de Davis, et réussit à la semer. Pendant ce temps, Yolei s’emporte et est suivie par Sora et Biyomon. Au même moment, Ken tente de créer un monstre à l’aide de plusieurs parties du corps de certains digimon.

Tous les nouveaux sauveurs (excepté Davis) s’infiltrent dans la base de Ken. Devimon apparaît, et T.K. devient furieux lorsqu’il se rappelle ce qu’il a fait à Patamon lors de leur dernière rencontre et frappe Ken. Lorsque Ken s’échappe face à T.K., il libère son nouveau digimon, Kimeramon.

Kimeramon réussit apparemment à vaincre les nouveaux digisauveurs. Wormmon conduit Davis et Veemon à la source de la base. Dans cette salle est implanté un digi-œuf, celui-ci aide Davis à hyper-digivolver Veemon en Magnamon.

Kimeramon et Magnamon se battent. La base de Ken explose, et Wormmon donne tout son pouvoir pour aider Magnamon à vaincre Kimeramon. Magnamon détruit Kimeramon, et Ken est anéanti de voir que Wormmon est mort comme l’était son grand frère, Sam. Davis trouve le Symbole de la Gentillesse sur le sol et le donne à Ken, et lui dit de retourner auprès de sa famille. Les digisauveurs retournent dans le monde réel et rejoignent l’autre groupe au camp de vacances.

Les digisauveurs retournent dans le digimonde pour aider les digimon à rebâtir leur monde. Davis, tentant d’attirer l’attention de Kari, veut que Veemon se digivolve naturellement (sans digi-œuf) comme Patamon. Ses efforts ne font qu’énerver un Tortomon qui les chasse par la suite. Veemon se digivolve en ExVeemon pour le combattre.

Ken se remémore les souvenirs à propos de son grand frère Sam, son digivice, l’e-mail qu’il a reçu, et la première fois qu’il est venu dans le digimonde (malgré son amnésie temporaire dans le monde réel). Il retourne dans le digimonde et trouve Leafmon, la forme bébé de Wormmon, dans le Village des bébés digimon.

Davis, Kari et T.K. découvrent que leur digimon ne peut plus se digivolver naturellement bien que les tours noires aient été détruites et que l’Empereur des digimon ait été vaincu. Cody est attaqué par Thundermon, ce qui conduit à la digivolution inattendue d’Armadillomon en Ankylomon. Ken aperçoit une étrange femme dans sa chambre et celle-ci ne lui dira pas son nom. Les sauveurs sont dans le doute lorsque Thundermon est tué par Ken et un mystérieux digimon.

La mystérieuse femme change les tours noires en digimon. Elle en transforme une en Rockmon qui essaye de détruire un barrage. Les digisauveurs ne peuvent pas le détruire et sont forcés d’appeler Ken et Stingmon (niveau champion de Wormmon) pour les aider à détruire Rockmon. Après avoir appris un peu plus sur les tours noires et sur ce qu’est devenu Ken par Palmon, Yolei est capable d’aider Hawkmon à se digivolver en Aquilamon qui détruit Rockmon.

Les sauveurs aperçoivent la base de Ken sur le point d’exploser. Okuwamon, un digimon créé à partir de 10 tours noires, attaque les digisauveurs. Ken arrive, et Davis lui parle d’amitié. Soudain, ExVeemon et Stingmon fusionnent en Paildramon.

Paildramon et Okuwamon se battent et Paildramon détruit Okuwamon. Ken pose son symbole de l’amitié dans sa base, mais rien ne se passe. Paildramon détruit entièrement la base et Izzy explique aux sauveurs la digivolution ADN et le fait que les digimon ne peuvent plus devenir des ultimes.

Les sauveurs arrivent dans une énorme demeure, endroit dans lequel l’étrange femme les attend avec impatience. Alors qu’il se dirige vers elle, le groupe est attaqué par un tas de digimon insectes. Lorsqu’ils aperçoivent cette femme araignée, celle-ci utilise sa flûte pour contrôler Stingmon et les autres digimon insectes du groupe.

Yolei crée une parade contre la musique jouée par l’araignée. Celle-ci révèle alors sa forme originale de digimon, Arukenimon. Alors que le groupe est sur le point de la vaincre, un autre digimon, Mummymon, vient à son aide.

Alors que les doutes de Cody envers Ken forcent Ken à quitter le groupe, Mummymon et Arukenimon créent BlackWarGreymon à partir d’une centaine de tours noires. Yolei réussit à ramener Ken dans le groupe et ainsi apparaît Paildramon, BlackWarGreymon gagne face aux digisauveurs sans le moindre effort, mais refuse de finir son travail, et fuit Mummymon et Arukenimon, pour chercher un adversaire digne de lui.

Alors qu’ils cherchent l’anneau de la queue de Gatomon, Yolei, Kari, Ken et leurs digimon tombent dans l’océan des ténèbres. Lorsqu’ils sont attaqués par Blossomon, une autre création d’Arukenimon, Gatomon et Aquilamon fusionnent en Silphymon (seulement après que Yolei a mis une baffe à Kari, quelque chose que Kari a également fait plus tôt dans l’épisode) et détruit Blossomon, les libérant. Cependant, ils ne trouvent toujours pas l’anneau de Gatomon.

BlackWarGreymon a une discussion sérieuse avec Agumon à propos de la vie. Arukenimon et Mummymon tournent leur attention sur les Pierres du Destin, et en détruisent une causant à BlackWarGreymon une énorme souffrance.

Yolei, pendant son voyage scolaire, rencontre BlackWarGreymon et de nombreux autres digimon dans le monde réel après qu’il a détruit une autre pierre du destin. Ken amène son Poromon, et l’aide à combattre le digimon jusqu’à ce qu’ils reviennent dans le digimonde après avoir battu Musyamon en le faisant revenir dans le digimonde à travers un ordinateur portable.

Lorsque BlackWarGreymon détruit la troisième pierre, un digimon apparaît brièvement et BlackWarGreymon est convaincu que c’est son adversaire, celui qui est digne de lui. Par la suite il détruit aussi la quatrième pierre.

Cody, inquiet de T.K., va voir Matt, qui lui dit à quel point T.K. souffre des blessures du combat contre Devimon. BlackWarGreymon détruit l’une des deux dernières pierres du destin, après avoir détruit la cinquième pierre.

Les digisauveurs partent pour manger dans un autre restaurant tenu par Digitamamon. Arukenimon et Mummymon sont déjà dedans, tentant d’obtenir les ingrédients de sa soupe. Lorsqu’il refuse, ils regardent par eux-mêmes et découvrent la dernière pierre du destin. BlackWarGreymon se montre et Angemon et Ankylomon fusionnent en Shakkoumon.

Pendant que Shakkoumon combat BlackWarGreymon, Davis a l’idée de déplacer la pierre à l’aide des digivices. En essayant de la bouger, ils invoquent Azulongmon, le digimon qui est apparu plus tôt dans la saison lorsque BlackWarGrreymon avait cru aperçevoir son adversaire. BlackWarGreymon attaque Azulongmon mais il est rapidement repoussé, et part. Après avoir expliqué le véritable but des tours noires et des digivolutions ADN, Azulongmon avertit le groupe d’un véritable ennemi, celui qui contrôle Arukenimon et Mummymon. Plus tard, Davis aperçoit une tour noire dans le monde réel.

Alors que Noël approche, les digisauveurs sont d’humeur festive. Un groupe de digimon gâche le concert de Matt et l’équipe doit les arrêter. Paildramon, Silphymon et Shakkoumon finissent le boulot.

Grâce à Azulongmon, Paildramon se digivolve en Imperialdramon.

Les digisauveurs japonais coopèrent avec ceux du monde entier. Mimi et Davis font équipe avec les digisauveurs américains pendant que Kari et Izzy partent à Hong Kong.

En Australie, Cody et Joe rencontrent Derek et son Crabmon pour combattre des digimon marins. En France, à Paris, T.K. et Tai reçoivent l’aide du grand-père de T.K et partent à Versailles pour sauver une digisauveuse française et son Floramon des griffes de BigMamemon, MetalMamemon et Mamemon.

Ken et Matt font équipe avec des digisauveurs mexicains, pendant que Sora et Yolei font équipe avec ceux de Russie et de Sibérie. Yolei et Sora perdent l’avantage à cause des conditions climatiques. Avant qu’elles ne soient vaincues, elles sont sauvées par Imperialdramon. Ils retournent tous au Japon, juste à temps pour célébrer Noël. Cependant, Arukenimon et Mummymon manigancent quelque chose.

Un nouvel ennemi, Daemon, apparaît. Avec l’aide du pouvoir d’Azulongmon, Imperialdramon gagne face à SkullSatanmon en se digivolvant en Imperialdramon Mode Combattant grâce aux sacrifices des pouvoirs des anciens digimon. Malheureusement, l’équipe n’a d’autre choix que de détruire SkullSatanmon, un choix qu’ils regrettent profondément.

Yukio Oikawa et ses acolytes kidnappent Ken, et utilisent ses spores noires pour les implanter dans d’autres enfants. Pendant ce temps, les serviteurs de Daemon doivent tuer les digisauveurs.

Oikawa tente d’échapper à Daemon qui veut récupérer Ken, avant que Davis n’intervienne. Les autres digisauveurs arrivent, et avec leur aide, Ken est capable d’ouvrir un portail vers l’océan des ténèbres pour y envoyer Daemon.

BlackWarGreymon vient à la rencontre d'Oikawa, qui lui explique ses origines. Le digimon tente de détruire Oikawa, mais il est finalement arrêté par WarGreymon et Imperialdramon. Après un énorme combat, ils tentent de sympathiser avec BlackWarGreymon.

Les spores noires d’un des enfants grandissent en une fleur noire. Le grand-père de Cody tente de convaincre Oikawa d’abandonner sa méchanceté, mais il échoue. Avant qu’Oikawa ne le tue, cependant, BlackWarGreymon se sacrifie et prend le coup. Le digimon méga mourant tente d’utiliser ses dernières forces pour sceller le portail digital. Il est révélé qu’Oikawa est possédé par une force maléfique, une que BlackWarGreymon reconnaît mais qu’il est incapable d’identifier.

Oikawa et les enfants infectés par les spores noires tentent d’aller dans le digimonde, mais, à cause du sacrifice de BlackWarGreymon, tentent d’y accéder par le biais d’un autre portail. La force le possédant s’expose et Gatomon reconnaît effroyablement cette force en entendant sa voix : Myotismon ! Il est celui qui cause tous les problèmes (excepté pour Daemon). Il revient sous sa forme la plus puissante, MaloMyotismon, utilisant le pouvoir des spores noires des enfants, et détruit cruellement Arukenimon et Mummymon.

MaloMyotismon possède les digisauveurs à l’aide d’illusion de leurs rêves, mais Davis, dont le rêve était qu’ExVeemon puisse devenir plus puissant pour vaincre les opposants, les a guidé. Les autres suivent son exemple, ce qui permet la digivolution de tous les digimon. Malheureusement, l’attaque finale de tous les digimon repousse MaloMyotismon dans le digimonde, endroit dans lequel il est devenu plus puissant en absorbant les spores. Il commence alors à recouvrir les deux mondes de ténèbres.

Les six digisauveurs, assistés de tous les digisauveurs dans le monde ainsi que d’Oikawa (n’étant plus possédé), détruisent MaloMyotismon en révélant leurs rêves et espoirs ce qui l’affaiblit. Tout le monde donne sa puissance à Imperialdramon Mode Combattant qui détruit l’esprit de MaloMyotismon avec son attaque Méga Crash. Oikawa est laissé mourant et tente d’utiliser le peu de sa force pour restaurer la paix dans le digimonde. Vingt ans plus tard, lorsque tout le monde possède un partenaire digimon dans le monde réel, les deux groupes de digisauveurs ont grandi et mûri, et leurs enfants ont maintenant le devoir de protéger les deux mondes.