Bloqué dans l'univers de son double, Howard compose pour ne rien laisser paraître, au travail comme dans sa vie privée. Quayle et Claire luttent pour détourner l'attention et ainsi respecter leur nouvel arrangement. La tâche s'annonce d'autant plus compliquée que la Direction Générale affecte une nouvelle enquêtrice aux côtés de Quayle pour tenter de démasquer d'éventuelles taupes au sein de l'agence...

De l'autre côté, Howard, emprisonné, voit sa loyauté mise à l'épreuve. Contre toute attente, Emily obtient une promotion et se voit attribuer une nouvelle mission.

Alors qu'Howard doit gérer une situation inattendue, une visiteuse permet à Emily d'établir une connexion avec son ancienne vie. De l'autre côté, Howard est transféré dans une mystérieuse prison nommée Echo. Malgré les recommandations de la D.G., Emily et Shaw poursuivent leur enquête...

Howard, Quayle et Claire sont contraints de s'unir pour éliminer un ennemi commun. Dans l'autre monde, Emily tente d'en savoir plus sur son double. Et Yanek sonde le passé d'Howard...

Confronté à un revenant, Quayle va devoir gérer une nouvelle crise, sous peine d'être démasqué. Pendant ce temps, Claire est encore sous le choc de ses retrouves avec un fantôme du passé. De l'autre côté, Shaw a été pris en faute : saura-t-il redorer son blason auprès de la D.G. ? Pendant ce temps, Mira se prépare à passer à l'action...

Les retrouvailles avec sa fille confronte Yanek à son passé. L'occasion d'effectuer un retour dans les années 80 pour découvrir l'origine de la dimension parallèle, née d'une expérience scientifique.

Les répercussions du verrouillage éveillent les soupçons autour du Bureau d'Echange. Howard et Emily Prime trouvent des indices à propos de l'histoire du Management. Claire remet en question ses convictions.

Howard Prime et Emily travaillent ensemble pour découvrir les plans d'Indigo. Claire et Quayle considèrent leur avenir. Howard doit affronter la vérité à propos de sa femme.

Management prend une décision historique. Emily lance une alerte. Quayle, Claire et Temple enquête sur la cellule finale Indigo. Howard Prime rejoint un ancien contact.

La menace imminente de Mira forge des alliances pour le moins inattendues.