En 1995, désireux d'échapper aux contraintes de leurs vies, Kiryu et ses amis organisent un braquage dans une salle de jeux locale. Mais celle-ci appartient au clan Doujima, une puissante organisation yakuza qui fait la loi à Kamurocho. En 2005, Kiryu sort de prison quand il apprend par l'inspecteur Date que ses amis sont en danger. Il décide de retourner à Karumocho pour les protéger.

1995. Kazama, qui gère l'orphelinat Sunflower, espérait que Kiryu, Nishiki, Yumi et Miho se rangeraient. Malheureusement, malgré ses espoirs, les quatre amis se sont retrouvés plongés dans le monde des yakuzas. En 2005, les tensions entre l'alliance Omi et le clan Tojo sont à leur comble suite à un vol de dix milliards de yens.

1995. Les Doujima se rapprochent de la jeune sœur d'Edgar qui possède le sceau officiel nécessaire à la vente de ses terres. Yumi se rend à Osaka pour chercher sa sœur aînée. Simultanément, les conflits autour du sceau d'Edgar s'intensifient. En 2005, Aiko disparaît, laissant sa fille et Haruka derrière elle. Kiryu et Yumi décident de protéger Haruka, mais ils font une découverte.

En 1995, Miho, épuisée, tombe gravement malade. Nishiki, très inquiet pour sa sœur, se retrouve à la merci d'un stratagème des Doujima qui profitent de sa vulnérabilité. En 2005, Kiryu et Yumi cherchent toujours Aiko à Osaka et rencontrent le président du Omi, Goda, qui leur fait promettre de rendre les dix milliards de yens avant le lendemain, minuit.

En 2005, Kazama rencontre le président Goda du Omi pour éviter une guerre avec le clan Tojo. Le conflit latent d'il y a dix ans entre Kiryu et Nishiki refait surface, creusant à nouveau un fossé entre eux. En 1995, Kiryu, qui connaît une série de victoires lors de combats clandestins pour financer l'opération de Miho est au sommet et s'apprête à combattre pour le titre ultime.

1995. Le lien familial qui unissait Kiryu, Nishiki, Yumi et Miho se brise tragiquement. 2005. Kiryu peut-il éviter une guerre entre le clan Tojo et le Omi ? Comment Kiryu et Nishiki feront-ils pour se réconcilier après dix ans ? Quelle est la véritable identité du Diable de Shinjuku ? Les tensions montent, alors que le combat final approche à Kamurocho.