Le capitaine Fordo et ses Troopers Arc sauvent Ki-Adi Mundi, Aayla Secura et Shaak Ti. Pendant ce temps le conseil Jedi accorde à Anakin Skywalker le titre de Chevalier Jedi. La sénatrice Amidala lui fait cadeau de R2-D2 en tant que co-pilote pour son Jedi Interceptor.

Le général Kenobi et le commandant Skywalker dirigent la troisième armée de la République, et font exploser un générateur de bouclier sur Bomis Korri IV. Pendant que les forces séparatiste se déplacent sur d'autres planètes, Dark Sidious lance son opération finale. Obi-Wan et Anakin sont envoyés à Nilvaan, où le jeune Skywalker perturbe le rite de passage d'un jeune indigène en battant un Horax géant.

Coruscant est attaquée par des forces séparatistes. Mace Windu défend les airs tandis que Yoda monte son Kybuck pour défendre la ville. Pendant ce temps Saesee Tinn mène ses troupes au combat dans l'espace. Sur Nilvaan, Obi-Wan porte Anakin volontaire pour passer l'épreuve du feu.

La Jedi Shaak Ti, Roron Corobb et Foul Moudama se battent pour garder le chancelier suprême Palpatine alors que le général Grievous tente de le capturer. Anakin trouve un laboratoire caché où l'Union Techno mène des expériences de mutation sur les guerriers Nelvaan.

La tournure des évènements devient désespérée pour Shaak Ti qui se bat contre les gardes Magna de Grievous. Anakin, entouré par les guerriers Nelvaan modifiés, doit détruire le cristal géothermique alimentant le générateur de siphon. Sur Coruscant Mace Windu se précipite pour faire face au général Grievous.