Éris, la déesse de la Discorde, envoie sur l’Olympe une pomme d’or frappée de l’inscription "Pour la plus belle". Aphrodite, Héra et Athéna revendiquant ce titre, Zeus confie à un mortel le soin de trancher : Pâris, prince de Troie, offre le fruit à Aphrodite, qui lui promet en échange l’amour de la plus ravissante des femmes. Invité chez Ménélas, le roi de Sparte, le jeune homme s’éprend de son épouse, Hélène, avec qui il s’enfuit. Fou de rage, le mari humilié en appelle à son frère, Agamemnon, "roi des rois de toute la Grèce", qui, manipulé par Héra et Athéna, décide de partir à la conquête de Troie.

Deux rois tardent à répondre à la convocation d’Agamemnon. Ulysse, à qui un oracle a prédit qu’il ne retrouverait Ithaque qu’après vingt ans d’errance, a tenté, sans succès, de se faire passer pour fou. De son côté, Achille, le brillant guerrier, qui méprise Agamemnon, s'est laissé infléchir par la révélation d'une prophétie : s’il part pour Troie, il mourra en héros ; en restant à Phthie, il vivra longtemps mais tombera dans l’oubli. Alors que les armées grecques sont désormais rassemblées, la déesse Artémis immobilise la flotte dans le port de Mycènes. Pour libérer les vents, elle exige qu’Agamemnon, qui l’a offensée par le passé, sacrifie sa fille Iphigénie…

Après avoir égrené, dans une première saison, les destins des dieux et héros de la mythologie grecque, François Busnel s’empare ici de l'Iliade, épopée homérique contant la guerre de Troie. Au fil d’un récit aussi précis qu’enlevé, il convoque poétiques animations en 2D et 3D, aux noires silhouettes inspirées des vases antiques, et abondante iconographie traversant l’histoire de l’art – des statues grecques aux bandes dessinées contemporaines en passant par les toiles de la Renaissance –, pour évoquer ce saisissant moment de rupture où, tandis que les hommes succombent aux passions les plus dévastatrices, l’Olympe entame son lent crépuscule.

Ménélas, le mari d'Hélène, et Pâris, qui lui a dérobé sa femme, s'affrontent en duel. Aphrodite sauve alors le second d'une mort certaine. Malgré la mise en garde de Zeus, les dieux se mêlent à la bataille. Athéna manipule le jeune Diomède, qui finit par blesser Aphrodite et le dieu de la guerre Arès.

Après les victoires grecques, les Troyens, aidés par Zeus, prennent le dessus. Même Hector, à Troie, reprend confiance. Les Grecs ont besoin de leur héros, le grand Achille. Si Agamemnon accepte de lui présenter ses excuses, Achille consentira-t-il à revenir au combat ?

Sans Achille, les Grecs perdent du terrain, et les rois sont blessés. Le mur qui protège leurs bateaux est brisé. Héra invente alors une ruse pour endormir Zeus et provoquer l'intervention de Poséidon. Le retour des Grecs est prodigieux, et Hector est tué par Achille.

Hector sauvé, les Troyens sont prêts à mettre le feu aux nefs des Grecs. Achille accepte alors que Patrocle, son ami d’enfance, conduise son armée à sa place. Après avoir repoussé les Troyens, Patrocle est tué par Hector. Au désespoir, Achille jure de se venger.

Muni des armes du dieu forgeron Héphaïstos, Achille part venger son ami Patrocle. En face, Hector rassure sa femme Andromaque, qui le supplie de ne pas combattre. Achille est incontrôlable. Le fleuve Scamandre se révolte devant le massacre et emporte Achille dans ses flots. Le héros sera-t-il sauvé ?

Les dieux s’affrontent, camp contre camp, alors qu’Achille continue son massacre. Avec l’aide d’Athéna, il tue Hector, et traîne son corps jusqu’au campement grec. Priam vient lui demander la dépouille du corps de son fils. Ulysse a une idée pour enfin mettre un terme à cette guerre.

Les Troyens découvrent que les Grecs sont partis, laissant un cheval de bois sur le rivage. Priam décide de le ramener dans la cité. A la nuit tombée, les guerriers grecs en sortent, et massacrent les Troyens marquant la fin de la guerre de Troie. Au matin, Ulysse reprend la mer, sans aucun sentiment de triomphe.