Les vaisseaux de la flotte Oris s'engagent dans la galaxie où l'équipe du SG-1 semble prise au piège de la bataille qu'elle a perdue. Vala donne naissance à une petite fille qui possède d'étranges pouvoirs. L'enfant mûrit à une vitesse exceptionnelle et devient très vite une jeune femme prête à défendre la cause de ses créateurs maléfiques. Dans le même temps, l'équipe du colonel Mitchell tente de trouver un moyen de sauver Carter, qui dérive dans l'espace. Teal'c, quant à lui, est capturé par un bataillon de Jaffas rebelles.

Alors que les prêtres Oris, dirigés par Adria, la fille de Vala, ont déjà réussi à conquérir six planètes, Daniel découvre que l'arme de Merlin pourrait se trouver sur une planète, dont la localisation est cachée dans l'un des livres du mage. Les membres du SG-1 sont alors envoyés en mission sur la planète Vagonbrei, qu'Arthur a visitée durant sa quête du Graal. Mais sur place, ils sont touchés par une épidémie qui les plonge dans un sommeil profond. Parallèlement, le SGC fait passer à Vala des tests psychologiques pour mesurer son aptitude à intégrer l'équipe du SG-1 et savoir si elle est digne de confiance.

Les membres de SG-1 se rendent à Atlantis pour consulter la base de données des Anciens. Ils espèrent y trouver des indices sur le lieu où pourrait être cachée l'arme de Merlin. Pendant que Vala et Daniel interrogent l'hologramme de la bibliothèque de la cité, Carter et McKay cherchent un moyen d'empêcher une nouvelle super-porte Oris de fonctionner.

Alors que Daniel est à Camelot pour des recherches dans la bibliothèque de Merlin, le SGC est menacé par l'approche d'un vaisseau Goa'uld. Par chance, l'équipage réussit à abattre l'appareil et découvre que celui qui le conduisait n'est autre que Ba'al. Prisonnier du SGC, Ba'al leur avoue qu'il sait peut-être où se trouve l'arme de Merlin, mais que pour leur en révéler l'emplacement, ils devront détruire ses clones, qui se sont rebellés contre lui.

Le général Landry invite SG-1 à passer un week-end paisible dans la maison de campagne du général O'Neill, afin de mieux se connaître mutuellement.Cependant, Vala, Sam et Teal'c sont retenus à la base à cause d'un rapport d'attaques Oris. Mitchell et Landry se retrouvent seuls en plein campagne et doivent faire face à une menace inquiétante.

Michell se prépare à passer la Porte des Etoiles pour la 200e fois, mais une avarie matérielle cloue l'équipe à la base. Martin Lloyd, l'alien qui a créé une série télévisée d'après les aventures de SGC, est de retour à la base pour recueillir l'avis des membres de SG-1 sur son prochain film. L'équipe revisite alors le monde de la science-fiction à travers leurs idées pour le script.

Sur une planète récemment conquise par les Oris, SG-1 assiste au sermon d'un prêtre, suivi par un discours d'Adria, la fille de Vala à moitié Oris. Soudain, un puissant éclair s'abat sur la foule, annihilant toute forme de vie sur la planète, y compris le prêtre. Seuls Adria et SG-1 sortent indemnes de ce massacre.

Amnésique et fugitive, Vala accepte un travail de serveuse dans un restaurant tout en tentant de découvrir qui elle est et ce qui lui est arrivé.

Sam embarque sur l'Odyssée pour retrouver la nouvelle super-porte des Oris et la neutraliser. Mais leur appareil est abattu en plein espace par trois vaisseaux Goa'uld. Sam envoie alors un signal de détresse avant de se faire capturer par l'alliance Luxienne avec le reste de son équipe. A la éception du signal de Carter, Landry envoie SG-1 en mission pour la sauver.

Daniel et Vala arrivent enfin sur la planète où se trouve l'arme de Merlin et tombent sur un village qui ressemble trait pour trait à Camelot.

Après avoir retrouvé le corps de Merlin en stase, l'équipe accompagnée de Ba'al tente de l'aider à construire le Saint Graal.

L'équipe SG-1 tente de défendre une planète contre une invasion des Oris en cachant les habitants dans une autre dimension.

Carter se voit projetée accidentellement dans un univers parallèle de la Terre qui est attaquée par les Oris et n'aura d'autre choix que de porter assistance à ses habitants si elle désire retourner dans son univers.

L'équipe est stupéfaite de découvrir que l'un des leurs, Daniel Jackson, a été transformé en prêcheur par les Oris.

L'Alliance Luxienne ayant mis un prix sur leur tête, les membres de SG-1 sont pourchassés sur Terre par des chasseurs de primes.

Les membres de l'équipe SG-1 débarquent accidentellement dans un musée où ils sont pris pour des rebelles. Enfermés avec des civils dans le musée, ils découvrent qu'endosser le rôle de preneurs d'otages qu'on leur attribue pourrait les sortir de cette embûche.

Lorsqu'un regroupement de Jaffas est sauvagement attaqué, Teal'c part en solitaire pour prendre sa revenge sur l'auteur de cette attaque.

Le père de Vala, Jacek, annonce au SGC qu'il possède des informations capitales qui pourraient avoir une influence sur la survie de la Terre. Le SGC est obligé de conclure un pacte avec celui-ci lorsque la véracité de ces informations est confirmée.

L'équipe SG-1 élabore un stratagème pour attirer Adria et la capturer. Mais c'est sans compter sur l'intervention de Ba'al qui met en péril leur opération...

Les membres de SG-1 doivent vivre le reste de leur vie dans l'Odyssey lorsque le vaisseau est prisonnier d'un champ de dilatation temporelle...