Dévasté par la mort de son père, Parker poursuit sans répit la cheffe de la mafia Carla Marino afin de se venger, mettant l’équipe et sa personne en danger.

La quête de vengeance de Parker pour le meurtre de son père pourrait avoir des conséquences mortelles, tandis que sa sœur, la vice-amirale Harriet Parker, est confrontée à un choix impossible.

Lorsque la mort d'un sous-officier est liée à une enquête pour chantage, l'équipe est contrainte de collaborer avec l'agent spécial Sawyer sur cette affaire, qui prend une tournure terrifiante pour Torres. Pendant ce temps, Knight se voit offrir l'opportunité de s'entraîner avec l'élite du NCIS.

L'équipe enquête sur un marine américain soupçonné d'avoir kidnappé la femme de l'un des hommes les plus puissants du ministère de la Justice.

L'évasion d'un détenu à qui il ne restait plus que trois semaines à purger oblige l'équipe à rouvrir l'affaire du meurtre d'un officier de marine, initialement enquêtée par Gibbs et Franks dans les années 90 et à faire appel à l'aide de l'agente spéciale à la retraite Vera Strickland. De plus, l'équipe a des opinions divergentes sur le contenu d'une capsule temporelle spéciale de la marine. Crossover avec NCIS: Origins S02E05

Lorsque McGee est kidnappé alors qu'il fait la promotion de son dernier livre dans la série policière Deep Six, l'équipe enquête sur son "fan n° 1" autoproclamé et sur un lien potentiel avec une affaire de meurtre impliquant des documents classifiés volés.

Un adolescent kidnappé mène l'équipe jusqu'à un Navy SEAL qui a survécu à sa captivité par les talibans, mais qui aurait commis un meurtre après son retour chez lui. De plus, Jimmy partage enfin avec son patron ses découvertes sur la mort mystérieuse de la mère de Parker.

Lorsqu'un homme est abattu par les services secrets devant la résidence officielle du vice-président, le NCIS est aidé dans son enquête par un nouveau membre de l'équipe : un chatbot d'intelligence artificielle en phase de test bêta par le ministère de la Justice.

McGee et Torres tentent de retrouver un camion volé rempli de jouets destinés à la collecte annuelle de Noël de la marine, tandis que la vérité sur la mère de Parker est enfin révélée. Par ailleurs, Knight se voit confier sa première mission NCIS : Elite, qui consiste à retrouver un ancien membre de l'équipe.

Lors de sa première mission au sein du NCIS : Elite, Knight reçoit l'ordre de traquer et d'arrêter Eleanor Bishop après que l'ancienne membre du NCIS ait été désignée comme cyberterroriste recherchée. Ayant besoin de quelqu'un en qui elle peut avoir confiance, Bishop se tourne vers Torres et ils se retrouvent face à face pour la première fois depuis son départ précipité il y a près de cinq ans.

Une enquête sur la mort d’un ancien informateur plonge l’équipe dans un réseau de corruption impliquant plusieurs agences fédérales. Alors que Parker tente de démêler les alliances cachées, Torres se retrouve confronté à un choix moral qui pourrait compromettre l’enquête. Knight, de son côté, découvre un élément inattendu qui remet en question la version officielle des faits.

Lorsqu’un analyste du renseignement est retrouvé mort après avoir tenté de contacter le NCIS, l’équipe découvre qu’il enquêtait sur une opération secrète menée hors des protocoles officiels. Parker et McGee plongent dans un labyrinthe bureaucratique où chaque piste semble volontairement brouillée, tandis que Knight met au jour un élément compromettant qui pourrait impliquer un haut responsable fédéral. Plus l’équipe s’approche de la vérité, plus les zones d’ombre se multiplient.

Après la disparition d’un consultant en sécurité travaillant pour une entreprise sous contrat avec la Navy, l’équipe découvre qu’il enquêtait sur une série d’intrusions numériques passées sous silence. Parker et Kasie tentent de retracer l’origine des attaques, tandis que Torres se heurte à un témoin réticent dont le silence semble dicté par des menaces. Knight, de son côté, met au jour un lien inattendu entre l’affaire et un dossier classé confidentiel.

Lorsqu’un officier de la Navy impliqué dans un programme de recherche confidentiel est retrouvé grièvement blessé, l’équipe découvre que plusieurs données sensibles ont disparu. Parker et Knight suivent une piste menant à un groupe d’activistes technologiques, tandis que McGee tente de déterminer si la fuite provient de l’intérieur même du projet. Torres, de son côté, se retrouve face à un témoin dont les motivations semblent plus complexes qu’il n’y paraît.

L’équipe enquête sur l’effondrement soudain d’un laboratoire militaire travaillant sur un projet classifié. Alors que Parker et McGee tentent de déterminer s’il s’agit d’un sabotage ou d’une erreur interne, Kasie découvre une anomalie dans les données récupérées sur le site. Torres, confronté à un témoin clé en état de choc, réalise que l’incident pourrait être lié à une série d’événements que le NCIS n’a pas encore connectés.

Lorsque plusieurs communications militaires sont brouillées par une source inconnue, le NCIS découvre qu’un dispositif expérimental a été activé sans autorisation. Parker et McGee tentent de localiser l’origine du signal, tandis que Kasie identifie un schéma qui suggère une manipulation interne. Torres et Knight suivent une piste menant à un ancien contractant disparu depuis des mois, dont les motivations restent enveloppées de zones d’ombre.

Après la découverte d’un dispositif d’écoute dissimulé dans un bâtiment fédéral, le NCIS est chargé d’identifier l’origine de l’intrusion. Parker et Knight suivent une piste menant à un ancien spécialiste du renseignement, tandis que McGee tente de comprendre comment le système de sécurité a pu être contourné. Torres, confronté à un comportement suspect au sein d’une agence partenaire, réalise que l’affaire pourrait être plus vaste qu’une simple opération d’espionnage.

Un ancien officier du renseignement, placé sous protection après avoir dénoncé une opération illégale, disparaît mystérieusement. Parker et Torres découvrent que plusieurs agences se disputent le contrôle du dossier, compliquant l’enquête. Knight et McGee mettent au jour un élément troublant suggérant que la disparition pourrait être liée aux récentes intrusions détectées par le NCIS, faisant monter la pression au sein de l’équipe.

Après la découverte d’un véhicule abandonné contenant du matériel militaire sensible, le NCIS remonte la piste d’un réseau clandestin spécialisé dans la revente de technologies volées. Parker et McGee tentent d’identifier l’origine de la fuite, tandis que Knight découvre un lien inattendu entre l’affaire et une enquête précédente. Torres, confronté à un suspect insaisissable, réalise que quelqu’un semble anticiper chacun des mouvements de l’équipe.

Après l’explosion d’un entrepôt contenant du matériel militaire classifié, le NCIS découvre que l’incident pourrait être lié à une série de vols récents passés inaperçus. Parker et McGee tentent de comprendre comment les auteurs ont pu contourner plusieurs niveaux de sécurité, tandis que Knight met au jour un élément suggérant une opération coordonnée à grande échelle. Torres, confronté à un suspect déterminé à brouiller les pistes, réalise que l’équipe approche d’un point où chaque erreur pourrait avoir des conséquences majeures.