En 1618, une révolte protestante éclate à Prague, la capitale de la Bohême, qui fait partie du vaste Saint Empire romain germanique. Les rebelles chassent leur roi catholique et se dotent d'un souverain calviniste, Frédéric V, qui épouse Élisabeth Stuart, la fille du roi d’Angleterre. L'empereur catholique Ferdinand II veut éradiquer cette résurgence protestante. Les armées se préparent à entrer en guerre et recrutent des mercenaires. Le jeune Peter Hagendorf s'engage pour sa part dans l'armée du royaume de Bohême, où, dans les églises, les calvinistes détruisent des œuvres d'art, avec l'assentiment du roi. À Anvers, le peintre Pierre Paul Rubens se désole de cette furie iconoclaste.

Malgré le soutien du Danemark protestant, la Bohême est vaincue. Peter Hagendorf s'engage dans l'armée impériale. Son journal intime nous livre un témoignage rare de la guerre de Trente ans. En France, la tension s’accroît entre la monarchie catholique et les huguenots. Le conflit se cristallise à La Rochelle, soutenue par les Anglais. Un moine capucin, le Père Joseph, conseille le puissant cardinal Richelieu lors de l'interminable siège de la ville, qui finit par capituler. Rubens accepte de rendre service à sa souveraine, Isabelle de Castille, en collectant des informations lors de ses séjours dans les cours européennes.

Malgré sa victoire sur les protestants de son pays, Richelieu s'inquiète de l’hégémonie du Saint Empire romain germanique, pourtant catholique. La France va se livrer à un double jeu, en le soutenant officiellement et en finançant officieusement son nouvel adversaire, la Suède. Une stratégie combattue par Marie de Médicis, mère du roi de France et fervente catholique. Mais Louis XIII prend le parti de Richelieu et contraint sa mère à l’exil. À Magdebourg, une bataille entre l’armée impériale et les Suédois tourne au carnage. Le soldat Hagendorf y sera gravement blessé. La jeune orpheline rescapée Anna Margareta von Haugwitz sera recueillie dans un couvent.

Grâce aux progrès de l'imprimerie et au sens de la communication du Père Joseph, la nouvelle du massacre de Magdebourg se répand dans toute l’Europe. Ces atrocités commises contre les protestants suscitent l’effroi jusque dans les pays catholiques. L’empereur Ferdinand II en sort d’autant plus affaibli que les troupes suédoises volent de victoire en victoire. À Biberach, l’aubergiste Barbara Xeller raconte comment catholiques et protestants, qui vivaient en paix et partageaient la même église, sont, avec l’invasion suédoise, désormais sommés de choisir un camp. À la famine et aux pillages incessants s’ajoute un nouveau fléau : la peste.

La guerre de religion a fait place à une lutte sans merci pour la suprématie en Europe. Pour remplacer les pertes militaires, des milliers de mercenaires affluent de tout le continent. Hagendorf se bat désormais dans l’armée suédoise et constate la haine féroce qui s’est installée entre les soldats et une population civile affamée et pillée. La jeune Anna Margareta von Haugwitz épouse le chef des armées suédoises, Carl Wrangrel, alors que les troupes catholiques espagnoles, alliées à celles de l’empereur, font reculer ses hommes. La France entre alors officiellement en guerre contre Ferdinand II, tandis que ce dernier réussit à restaurer son autorité dans le Saint Empire en scellant la paix avec les princes protestants allemands. La guerre bascule : les troupes impériales pénètrent en France et s’approchent de Paris. Le Père Joseph organise la résistance au côté de Richelieu, affaibli.

La guerre dure depuis vingt-cinq ans. En 1643, un espoir surgit : les grandes puissances ont décidé de négocier en Westphalie. Mais chaque camp tente par les armes d’influer sur les pourparlers. Victoires et défaites se succèdent, précipitant les populations dans des combats et des pillages sans fin. À Biberach, les perspectives d’égalité de droits entre catholiques et protestants inquiètent les autorités en place qui pratiquent alors une chasse aux sorcières, accusant de nombreuses femmes protestantes d’avoir conclu un pacte avec le diable. Barbara Xeller sera l’une d’entre elles. Au bout de cinq années, en 1648, la paix de Westphalie marque la fin d’une guerre sans vainqueur. Une Europe constituée de nations et de religions diverses, capables de coexister, va émerger enfin. À l’"âge de fer" pourra succéder celui des lumières.