Tante Polly n'est plus toute jeune lorsqu'elle prend sous son aile ses deux neveux Tom et Sid Sawyer après la mort de leurs parents. Tom n'aime pas aller à l'école et est toujours plein de malice, son frère Sid au contraire essaie d'être un garçon courageux, mais il ne s'entend pas bien avec son frère Tom. Un jour, la tante Polly en a tellement assez de Tom et de ses farces qu'elle le punit en le faisant travailler à blanchir la clôture de l'arrière-cour pendant son samedi de congé.

Parce que Tom Sawyer fait toujours des bêtises, Tante Polly le punit en blanchissant la clôture. Tom, qui n'a pas vraiment envie de le faire, laisse ses amis et quelques enfants du village le faire à sa place après les avoir fait payer en billets de bible. Tom tombe amoureux de la jolie nièce du juge Thatchers, Becky, et fait tout pour gagner son cœur. À l'école du dimanche, Tom se ridiculise devant tout le monde, y compris Becky. Après avoir donné à son professeur le plus grand nombre de billets bibliques qu'il a soi-disant gagnés, Tom est convaincu que Becky est impressionnée.

Tom Sawyer dit à son frère Sid qu'il ne se sent pas bien et qu'il ne veut pas aller à l'école. Tante Polly s'occupe de lui et lorsqu'il prétend soudainement avoir une dent en moins, elle décide de l'arracher. Sur le chemin de l'école, Tom rencontre par hasard Huckleberry Finn. Après que Huck ait dit à Tom que la nièce du juge, Becky Thatcher, fréquente la même école que lui, Tom décide soudain d'aller à l'école au lieu d'aller pêcher avec son meilleur ami. Comme Tom arrive 35 minutes plus tard à l'école, il doit donner une très bonne explication à son professeur. Après avoir dit qu'il parlait à Huckleberry Finn, le professeur le punit en le laissant s'asseoir à côté des filles. Tom s'installe rapidement à côté de sa bien-aimée Becky et écrit sur son ardoise qu'il l'aime. Avant que son professeur ne le renvoie à sa propre table, il dit à Becky de le retrouver dehors dans la cour à la récréation. Il lui demande ensuite de se fiancer avec lui.

Tom et Huck visitent le cimetière à minuit, avec l'intention d'utiliser un chat mort pour soigner les verrues. Mais au lieu des démons qu'ils attendent, trois voleurs de tombe arrivent et les garçons assistent au meurtre du médecin.

Tom Sawyer rencontre son ami Joe Harper sur le chemin de l'école. Joe est convaincu que sa mère ne l'aime pas. Comme Tom n'est pas heureux à la maison, les deux garçons décident de s'enfuir et de commencer une vie de pirates. Ils demandent à Huckleberry Finn de les rejoindre. Tom et Joe quittent la maison après avoir saccagé les provisions de la maison et Huck trouve un petit dinghy à la rivière. Après un certain temps, le bateau coule et les garçons se dirigent vers l'île de Jackson où ils s'amusent comme des fous à pêcher, camper et jouer aux pirates. Après un jour ou deux, les garçons entendent un gros boum. Ils voient le bateau et quelques hommes qui chargent et tirent avec un canon pour voir si quelqu'un s'est noyé. Les garçons voient aussi la tante Polly, l'agent Muller et la mère de Joe Harper. Les fugueurs prennent conscience qu'ils sont ceux qui ont disparu. Huck est triste de voir qu'il ne manque à personne, mais Tom et Joe le réconfortent.

Lorsque Huck Finn, Joe Harper et Tom Sawyer se cachent sur l'île de Jackson, tante Polly et Mme Harper se rendent compte que les garçons ont fait une fugue. Elles vont voir le gendarme Moeller et lui expliquent ce qui s'est passé. Le gendarme organise une expédition de recherche en bateau à vapeur. Comme les garçons ne sont pas retrouvés, les villageois pensent qu'ils se sont noyés et organisent un sermon spécial à l'église. Les garçons se sentent coupables et ont le mal du pays, alors ils décident de surprendre tout le monde en assistant au sermon.

Tom Sawyer décide de rentrer à la nage à St. Petersburg et se rend chez lui. Il voit et entend comment tante Polly, Sid et Mme Harper pleurent la perte de leurs enfants. Tom entend parler du service spécial à l'église, qui est dédié aux trois garçons disparus. Tom retourne à la nage sur l'île Jackson et annonce la nouvelle à ses amis. Les garçons décident de rentrer à la maison et de surprendre tout le monde pendant le service spécial.

Muff Potter a été arrêté car il était accusé du meurtre du docteur Robinson. Tom Sawyer et Huck Finn ont été témoins du meurtre dans le cimetière. Mais ce n'est pas Muff qui a tué le docteur, c'est Injun Joe qui l'a fait. Muff Potter, qui était ivre, a été victime de la méchanceté d'Injun Joe, qui a placé l'arme du crime dans la main de Muff alors que celui-ci était inconscient après avoir reçu un coup sur la tête. Parce que Tom et Huck se sont jurés de ne dire à personne ce qu'ils ont vu cette nuit-là, ils hésitent d'abord à se présenter au procès. Mais ils étaient conscients qu'un homme innocent pouvait être pendu pour un meurtre qu'il n'avait pas commis, alors ils se sont finalement présentés. Injun Joe, qui était présent au procès, s'enfuit du palais de justice et se cache. Tom Sawyer et Huckleberry Finn savent que leurs vies pourraient être en danger maintenant qu'Injun Joe a réussi à s'échapper.

Comme Tom Sawyer et Huckleberry Finn sont encore stressés par l'évasion d'Injun Joe du palais de justice, les deux garçons décident de creuser pour trouver des trésors enfouis. Ils commencent à creuser dans la zone de la maison hantée. Lorsque Tom et Huck trouvent le courage d'entrer dans la maison, ils découvrent Injun Joe et Pard et entendent les deux hommes planifier le vol d'une vieille dame, dont le défunt mari a renvoyé Injun Joe, lorsqu'il est venu lui demander de l'aide et un abri.

Dans le cadre de la sortie scolaire de sa classe, Tom prépare une excursion dans une grotte située sur une île voisine. Il essaie d'inclure Huck dans l'excursion, mais on l'informe que seuls les écoliers sont autorisés à y participer. Huck dit à Tom qu'il préfère rester quand même et tenter de retrouver Joe l'Indien. Tom voit dans ce voyage l'occasion de se réconcilier avec Becky Thatcher, mais le couple se perd rapidement lorsqu'il s'éloigne de ses camarades de classe dans la grotte. Ce n'est que lorsqu'ils sont de retour à Petersburg que les habitants se rendent compte de la disparition des deux élèves. L'agent Moeller lance une opération de recherche. Pendant ce temps, Huck tombe sur Joe l'Indien ce soir-là, alors que Joe et Pard sont sur le point de se lancer dans leur mission de vengeance, en cambriolant la veuve Douglas dont le défunt mari a ignoré les demandes d'aide et d'abri de Joe. Huck obtient l'aide du vieil homme Lloyd, mais les bandits s'échappent.

Tom Sawyer et Becky Thatcher se perdent dans une grotte lors de leur sortie scolaire. Leur professeur et les autres élèves ne les regrettent pas et les laissent derrière eux. De retour à Saint-Pétersbourg, l'instituteur apprend que deux élèves ont disparu. L'agent de police Moeller lance une opération de recherche. Pendant ce temps, dans la grotte, Tom rencontre Injun Joe et s'enfuit avec Becky, qui trouve une sortie inconnue. Le juge Thatcher donne l'ordre de fermer l'entrée de la grotte. Lorsque Tom entend cela, il lui dit qu'Injun Joe pourrait bien être encore dans la grotte.

Tom Sawyer et Huckleberry Finn reviennent à Saint-Pétersbourg avec le trésor qu'ils ont trouvé. Ils découvrent que la veuve Douglas et sa soeur Miss Watson veulent donner un foyer à Huck. Le juge Thatcher prévoit d'investir la part d'or de Huck dans quelque chose d'utile et d'en faire un membre respecté de la communauté. Huck, qui n'est pas habitué à toute cette agitation autour de lui, se sent piégé et veut retrouver son ancienne vie.

Huck n'apprécie pas sa nouvelle vie avec la veuve Douglas et sa soeur Miss Watson. Sur le chemin de l'école, Huck voit une empreinte du talon de la chaussure de son père Pap Finn. Il sait que l'homme prépare quelque chose. Huck avait raison. Son père est revenu à Saint-Pétersbourg après avoir entendu des rumeurs sur la nouvelle fortune de son fils et décide de le kidnapper. Pap Finn enferme son fils sur une île isolée près du village et exige du juge Thatcher qu'il lui remette l'or appartenant à son fils. Le juge Thatcher refuse de payer et Pap Finn est arrêté pour enlèvement.

Huck finit par s'échapper de la cabine où son père l'a enfermé et se met à donner l'impression qu'il a été attaqué. Trouvant la cabine vide, le juge Thatcher soupçonne Pap Finn d'avoir assassiné Huck.

Tante Polly et la veuve Douglas se reprochent de ne pas faire plus pour aider Huck. Puis l'esclave de Mlle Watson, Jim, s'enfuit. Pendant ce temps, Huck profite de sa nouvelle liberté sur Jackson Island.

Huck et Jim trouvent un radeau échoué dans les hautes eaux et pensent que leur chance est encore meilleure lorsqu'ils trouvent également un bateau-maison ... jusqu'à ce qu'ils découvrent un cadavre à l'intérieur.

Huck et Jim construisent un abri sur leur radeau, au cas où ils auraient besoin de se cacher ... ce qui se produit plus tôt que prévu alors qu'un couple de marchands d'esclaves commence à fouiner.

Avec le radeau et tous ses biens perdus, et aucune idée de l'endroit où se trouve Jim, Huck cherche un abri et tombe sur les Grangerford, qui s'affairent à se quereller avec leurs voisins.

Huck en apprend plus sur la querelle et constate qu'ils ne s'arrêtent même pas le dimanche lorsqu'il rencontre les Shepherdsons à l'église. Puis il découvre que Jim s'est caché à proximité et a réparé leur radeau.

Huck découvre que Sophia s'est enfuie pour épouser un Shepherdson, ce qui intensifie la querelle. Il rejoint finalement Jim et ils retournent à la rivière pour continuer leur voyage.

Huck rencontre deux hommes qui se présentent comme Duke et Dauphin. Bien que Huck ait des doutes quant à leur royauté, il décide de garder le silence car lui et Jim ont leurs propres secrets.

Le Duc et le Dauphin se tournent vers le théâtre et s'arrêtent dans une ville pour présenter un spectacle, mais les habitants n'apprécient pas leurs talents. Contraints de quitter la ville à la hâte, Huck et Jim commencent à avoir des doutes sur leurs invités.

Huck revient sur le radeau pour découvrir que Jim est parti et découvre bientôt que le Duc et le Dauphin ont vendu Jim à une ferme voisine. À la ferme, il rencontre tante Sally qui le prend pour Tom Sawyer.

Huck continue de prétendre qu'il est Tom quand le vrai Tom arrive et confond encore plus les choses en se présentant comme Sid. Tom accepte d'aider à sauver Jim mais insiste pour faire les choses comme elles sont dans les livres.

Tom continue de ralentir l'évasion de Jim en insistant pour que les choses soient faites comme elles sont dans les livres. Mais sa lettre anonyme conduit Tom à se faire tirer dessus alors que Huck et Jim tentent de s'enfuir.

Jim est repris tout en aidant le médecin à s'occuper de Tom. Puis tante Polly arrive de façon inattendue, et la vérité sur le changement de nom de Tom et Huck se révèle, ainsi que leur implication dans l'évasion de Jim.