Lors d'une incantation de verrues au cimetière, le fabricant de cercueils Potter, Joe l'Indien et le docteur Robinson apparaissent soudain pour ouvrir une tombe. Au cours de la dispute, Joe l'Indien poignarde le docteur avec le couteau de Potter et fait croire à ce dernier, ivre, que c'est lui qui a fait le coup. Tom et Huck n'osent pas dire la vérité, même lorsque Indianer-Joe se présente au tribunal comme témoin contre Potter, ce qui le conduit en prison. Lorsque Becky éconduit Tom et qu'il se sent abandonné de tous, Tom décide de devenir corsaire et part donc de nuit avec Huck sur un radeau vers l'île Jackson. Le lendemain, Tom et Huck se rendent compte qu'ils sont considérés comme des noyés, ce qui les amuse visiblement.

Tom et Huck sont encore sur l'île Jackson lorsqu'ils découvrent soudain trois hommes et les écoutent. L'un d'entre eux est ligoté au sol, les deux autres sont le fameux Joe l'Indien et son acolyte Windy. Les deux hommes veulent se débarrasser de leur ancien complice. Pleins de peur, Tom et Huck prennent la fuite. Le lendemain, à Saint-Pétersbourg, a lieu la cérémonie funéraire pour les garçons que l'on croyait noyés, à laquelle Tom et Huck assistent, amusés. Lorsque tous deux entrent sains et saufs dans l'église l'instant d'après, la stupéfaction et la joie de l'assemblée sont grandes. C'est avec un certain malaise que Tom et Huck constatent que Joe l'Indien se trouve en ville. Comme ils ne peuvent rien faire contre ce malfrat brutal, ils veulent au moins libérer Potter, condamné à tort. Mais celui-ci est repris et doit être pendu.

Muff Potter, accusé à tort de meurtre, doit être pendu. Tom et Huck, qui connaissent le véritable meurtrier, ont gardé le silence jusqu'à présent par peur. Lors du procès, Tom et Huck confondent Joe l'Indien, qui parvient toutefois à s'enfuir. Tom est célébré comme un héros, mais vit désormais dans la peur de la vengeance de Joe l'Indien. Mais d'autres aventures l'attendent : Huck est témoin d'un acte de vengeance planifié par Indianer-Joe contre la veuve Douglas. Il va chercher de l'aide, mais se blesse en tombant. Lorsqu'il se réveille, il est pris en charge par la veuve. Pendant ce temps, Tom et Becky visitent la grotte McDuff avec l'école et se perdent dans le vaste labyrinthe de la grotte. Tom cherche désespérément la sortie, laissant Becky en lieu sûr. Il rencontre alors Joe l'Indien, s'enfuit et trouve par hasard une autre sortie. Il fait sortir Becky de la grotte, mais ne révèle pas l'existence de la deuxième sortie.

Après que Tom et son amie Becky ont été sauvés de la grotte, la vie quotidienne à l'école reprend pour Tom. Tom et Huck veulent toujours dérober le trésor à Joe l'Indien. Mais ils n'osent pas entrer dans la grotte où ils pensent que se trouve la cachette. Mais lorsque Tom apprend que l'entrée de la grotte a entre-temps été sécurisée par une porte, il la fait ouvrir. Derrière, le redoutable Joe gît, affamé, après avoir désespérément tenté de découper les épaisses planches avec un couteau. La chasse au trésor peut alors recommencer. Les garçons trouvent ce qu'ils cherchent et peuvent désormais demander au juge Thatcher de placer 6000 dollars pour eux. Un jour, Huck constate avec effroi que son père vagabond est de retour dans la région. Le vieux Finn a entendu parler de la richesse de son fils et essaie maintenant de lui soutirer de l'argent. Comme cela échoue, il enlève Huck dans un bateau.