Alors que Taichi Yagami prépare son sac pour aller camper, une cyberattaque d’envergure frappe Tokyo. La ligne circulaire où circulent sa mère et sa sœur s’emballant, le jeune garçon n’écoute que son courage et essaie de les sauver.

Taichi a empêché la ligne circulaire de faire des victimes, mais il n'en a pas fini pour autant avec le Monde Digital. Une cyberattaque paralyse les infrastructures de l'armée américaine, et une ogive risque fort d'être tirée dans quelques minutes...

Une tête nucléaire s'élance vers Tokyo. À court de solutions, Taichi et Yamato utilisent leur va-tout, et un nouveau Digimon apparaît. Sera-t-il à la hauteur face à la menace ?

Taichi et ses amis débarquent dans le Monde Digital, la terre d’origine des Digimons. Sora y fera notamment la connaissance d’un nouvel ami.

Taichi, Sora et Kôshirô apprennent les origines des troubles qui frappent leur monde, ainsi que leur destin...

Dans leur fuite, l'estomac de Sora et de Taichi est attiré par un délicat parfum. Alors qu'ils s'approchent des fruits dégageant cette odeur, ils sont capturés par un groupe de Digimon obéissait à Mimi, une fillette humaine. Celle-ci révèle alors au groupe de Taichi que leur petit royaume est sans cesse attaqué par des voleurs de fruits, les Tuskmon.

Taichi et ses amis doivent franchir la mer pour atteindre le continent, mais le terrible Gesomon leur barre la route. C'est alors qu'ils font la rencontre de Gomamon et de Joe Kido.

Les enfants élus approchent de leur but, mais un obstacle se dresse sur leur passage : le fort gardé par Gorimon et Solarmon. À cette occasion, le petit groupe va retrouver un ancien allié...

Taichi décode un mot au fort laissé vide par Solarmon et ses complices : le Digimon sacré se trouverait entre les mains des sbires du Digimon des ténèbres. Alors qu'il s'apprêtent à reprendre leur route, un comité d'accueil vient les cueillir aux portes de la forteresse...

Faut-il croire les derniers mots d'Ogremon ? Taichi et Yamato voient leurs opinions diverger, mais le problème de Métal-Tyranomon reste entier... Greymon sera-t-il capable de vaincre un adversaire de niveau supérieur ?

Les six enfants se sont séparés et Yamato, Joe et Sora doivent traverser un désert gardé par un terrible Digimon ultime. Pour y faire face, Yamato va vouloir faire cavalier seul...

Mimi et Palmon sont tombés dans la décharge d'une ancienne usine d'armement. Ils y feront la rencontre du taciturne mais bienveillant Guardromon, qui les protégera d'un Andromon bien décidé à les éliminer.

Le groupe de Sora, Joe et Yamato se retrouve confronté à Cannonbeemon et ses Waspmon, qui terrorisent les Funbeemon. Sora sera bien déterminée à les sauver.

Confronté à un ennemi redoutable, Kôshirô est en proie au doute. Et pour couronner le tout, sa tablette, instrument crucial pour analyser et faire des recherches, est en panne...

Suite à une attaque glaçante, Sora est immobilisée. Pendant que Yamato la protège, Joe se retrouve à assurer leurs arrières et ne peut plus reculer : il doit affronter le terrible Mammon.

Taichi, Kôshirô et Mimi sortent d'une grotte pour déboucher dans Tokyo. L'incident serait-il résolu ? Mais quelque chose cloche, et ils semblent tourner en rond...

Alors que les enfants pensaient avoir vaincu Eyesmon, non sans mal, le Digimon ultime Orochimon fait son apparition. Ils sont en grande difficulté face à ses huit têtes, et les rugissements de l'ennemi aggravent la situation dans la réalité...

Semblant vaincu, Orochimon a encore évolué et atteint un stade supérieur. La situation semble désespérée, quand apparaît un allié inattendu...

À peine sortis victorieux du combat contre le terrible Digimon méga Nidhöggmon, une tempête a de nouveau séparé les enfants. Taichi et Yamato continuent leur voyage, et rejoignent Leomon qui livre bataille contre les serviteurs de Devimon.

Alors que Yamato semble avoir recouvré la cargaison, découvrir son contenu le stupéfait. S'ensuit alors une intense bataille entre Velgrmon et les enfants élus...

Taichi, Yamato et Takeru poursuivent leur traque du Digimon des ténèbres. Sur sa piste, ils finissent par retrouver le fameux marais plein de miasme...

Les enfants poursuivent dans son château Skullknightmon qui s'est emparé de l'œuf du Digimon sacré. Devimon venant en aide à ce dernier, le combat promet d'être rude...

Les enfants affrontent Devimon, qui évolue en une forme qui semble être sa dernière. Le combat fait rage alors que dans le monde réel, les pétroliers semblent se diriger inexorablement vers le port...

Devimon a transcendé les limites de l'évolution, mais y a laissé la raison... Taichi et Agumon subissent de graves blessures face au miasme et tout semble perdu, quand...

Devimon semble vaincu pour de bon, mais nos amis se retrouvent en chute libre des Terres du Nuage... Et pendant ce temps, le chaos dans le monde réel continue, exacerbant les tensions internationales.

Tombés des Terres du Nuage, Taichi et Yamato doivent faire face aux dangers de l'océan, tandis que Kôshirô tente de trouver une solution au problème dans le monde réel.

Alors qu'Eldoradimon vogue sur les flots, Taichi et ses amis sont pris dans un étrange orage. Leomon les envoie sur le continent, persuadé que l'explication de leur venue ici se trouve là-bas.

Angemon se pose en rempart entre les enfants élus et le maléfique Dark Knightmon, mais ses protégés finissent tous séparés...

Hikari a été enlevée par Skullknightmon, mais Taichi n'a pas le temps de désespérer. Il fait la rencontre de paisibles Digimon menacés par de puissants prédateurs qui mettent à feu et à sang leur jungle.

Taichi et Sora continuent de protéger les Digimon de la jungle des prédateurs, mais Métal-Greymon se retrouve poussé dans ses derniers retranchements...

War-Greymon s'est enfin éveillé, et avec lui les souvenirs de Lopmon font la lumière sur la précédente guerre entre la lumière et les ténèbres.

Patamon est encore épuisé d'avoir affronté Dark Knightmon, mais un problème plus grave semble le frapper... Pris entre son passé et un avenir incertain, saura-t-il faire face ?

Taichi et Sora rattrapent enfin Skullknightmon et Hikari, qui obéit au sombre Digimon sans discuter, à la grande surprise de son frère. Hikari absorbée, l'énergie noire se concentre pour alimenter les fragments de Milleniumon, et préparer sa résurrection. Tout espoir est-il donc perdu ?

Taichi et ses amis s'aventurent désormais en mer à bord du Komondomon pour rejoindre les Terres scellées, mais les rudes courants marins les poussent à faire un détour dans une cité sous-marine victime d'assauts de suppôts de Milleniumon... Le lien qui unit Hikari et Tailmon sera mis à l'épreuve.

Taichi et ses amis s'approchent des FAGA, les Terres scellées où repose Milleniumon, et les combats s'intensifient. Mais à cause de son passé, Tailmon semble sous le coup d'un blocage psychologique l'empêchant de dévoiler toute sa puissance. Surmontera-t-il cet obstacle ?

La station spatiale internationale va désormais s'écraser, c'est inéluctable. Mais Kôshirô a un plan pour au moins la dévier... Seulement, tout conspire pour que ce dernier se retrouve au devant de la scène. Sera-t-il à la hauteur ?

Taichi et ses amis retrouvent enfin Mimi, et doivent lui venir en aide pour libérer de l'oppression des Digimon mineurs de joyaux.

Gabumon est à la merci de Mephismon qui tente de le sacrifier à Milleniumon. Acculé, Yamato doit demander l'aide de Joe et de Gomamon. Parviendront-ils à sauver son partenaire ?

Arrivés à une oasis pour un bref moment de détente, nos amis profitent d'un hamburger-frites chez Burgamon. Joe narre alors son affection particulière pour les frites, et se lie d'amitié avec Potamon, également grand amateur.

Sora et Taichi se rappellent leurs entraînements au club de foot, et leur jeu d'équipe se montrera utile pour sauver les Pomumon de Toropiamon.

Yamato et Takeru cherchent des provisions dans la forêt, et débouchent sur un parc d'attractions dans la brume. Cela n'est pas sans rappeler quelques souvenirs aux deux frères...

À cause de l'influence de Milleniumon, des objets du monde réel se matérialisent dans le Monde Digital. Poubellemon enquête dans une de ces décharges, et lui et Kôshirô se trouveront des atomes crochus.

Nos amis tentent d'avancer sur les Terres Infinies à la géographie apparemment changeante, quand ils tombent sur le conflit qui oppose deux Digimon pour le titre de roi.

Après un long parcours, nos amis atteignent une forêt accueillante. Mais il s'agit en fait du dos de Petaldramon, et seul Hikari semble capable de communiquer avec lui.

Garurumon rencontre Machmon, un champion de course, et décide de se mesurer à lui. Cependant, ce dernier cache un lourd secret. Yamato et son partenaire seront-ils capables de lui venir en aide ?

Taichi et ses amis continuent leur voyage, mais sont attaqués par un envoyé de Milleniumon, Sephirothmon. Alors que nos amis sont pris au piège avec des copies de leurs ennemis passés, un défi terrible attend Angemon.

Un soir, Taichi et Joe trouvent un robinet comme il en existe dans le monde des humains. Mais cette source d'eau est disputée entre deux bandes de Digimon, et Joe se fait enlever. Taichi accepte l'aide de Nohemon, le gardien de l'eau, afin de sauver Joe.

Nos amis sont désormais près de leur but, les Terres Scellées des FAGA, mais un envoyé inattendu leur barre la route : le terrible Mugendramon.

Mugendramon s'est fait exploser en emportant avec lui Taichi et War-Greymon, laissant les enfants élus dans le désespoir : tout semble perdu alors que Milleniumon est sur le point de renaître.

Milleniumon a réussi à renaître, mais face à lui se dressent War-Greymon et Taichi. L'ultime combat peut commencer.

Taichi et ses amis goûtent à un repos bien mérité, mais Poubellemon contacte Kôshirô pour leur révéler un immense secret, celui des emblèmes de leur Digivices.

Les aventures de Sora et Taichi les mènent sur une île volcanique, où Junkmon régit une équipe de Digimon pour se protéger des éruptions. Le rude environnement mettra les liens entre Sora et Piyomon à l'épreuve…

Joe et ses amis se rendent aux sources chaudes, mais à leur grand dam ces dernières sont taries. Tonosamagekomon s'est imposé en tyran, et il s'est épris de Gomamon... Joe pourra-t-il sauver son partenaire ?

Taichi et Agumon traversent une plaine désolée, territoire de dangereux Digimon hors-la-loi. Ils y feront cependant la rencontre de Rebellimon, un dur au grand cœur qui s'ignore.

Mimi retourne à son ancien royaume, où elle y trouve une école de Digimon, dirigée d'une poigne de fer par Babamon, bien intentionnée mais très stricte. L'entraînement qu'elle prodigue permettra-t-il à Palmon d'évoluer davantage ?

Yamato et Gabumon se retrouvent dans une forêt où ils sont aux prises avec un étrange ennemi : intouchable, mais capable de pourfendre nombre de Digimon. Quel mystère cache donc ce fantôme vengeur ?

Taichi et Agumon sont attaqués subitement par un essaim d'Algomon. Ces derniers évoluent, et mettent Taichi et Agumon en difficulté. Les liens entre les Digimon et les enfants élus sauront-ils surmonter ce traquenard ?

Hikari retourne à la forêt qui a poussé autour de la dépouille de Petaldramon, et qui est désormais un havre de paix pour les nouvelles vies que représentent les Digi-œufs. Mais hélas, une menace plane sur cette forêt. Hikari sera-t-elle à la hauteur ?

Kôshirô guidé par son Digivice revient à la vallée des miroirs. C'est alors qu'il devra relever le défi de Nanomon, afin de déterminer qui est le plus grand savant…

Menant son groupe vers une terre promise malgré les intempéries, Joe et Gomamon devront affronter des pirates animés d'un motif similaire, et se surpasser.

Eldoradimon, qui est tombé des Terres du Nuage, cherche à y retourner. Takeru et Patamon parviendront-ils à l'aider ?

Sora a retrouvé nombre d'anciens amis qui ont fondé un nouveau village… Mais ils déterrent les ruines qui renfermaient Shakkômon, et ce dernier passe à l'attaque, incapable d'entendre raison. Sora pourra-t-elle soigner le cœur blessé du dieu gardien possédé par la rage ?

Taichi et Sora parviennent à un château vide, où les attend cependant quelqu'un qui mettra le courage de Taichi à l'épreuve et déterminera ainsi s'il est de taille face aux batailles à venir.

Devimon avertit Patamon en rêve du danger de la Grande Catastrophe. C'est alors que les Soundbirdmon attaquent l'arbre renfermant les monolithes aux emblèmes… Un ennemi issu de l'ancienne guerre refait surface, et les Digimon sacrés devront à nouveau y faire face.

Le ciel et le monde se fracturent, ouvrant des brèches vers un espace blanc de néant immaculé, d'où surgit Negamon, la manifestation de la Grande Catastrophe. Les enfants sauront-ils surmonter leur plus terrible épreuve ?

La Grande Catastrophe est en marche, et frappe même le monde réel… Alors que tout semble perdu, une douce lumière se manifeste.

Accompagnés d'Omegamon, Taichi et Yamato partent affronter Negamon de l'intérieur, pendant que leurs amis les soutiennent de l'extérieur. Le choc des titans va commencer.