Kiyotaka Ayanokôji est un jeune lycéen renfermé sur lui-même qui a tout de même réussi à entrer au lycée de haut niveau de Tokyo. Dans la 2de D, classe à laquelle il a été affecté, il se rapproche de Suzune Horikita, une jeune fille froide et solitaire. Ils découvrent qu'ils disposent d'une somme de 100 000 yens par mois pour vivre dans l'école, mais semblent les seuls à douter de ce système.

Les élèves de la 2de D, qui ont quasi tous profité de leurs précieux 100 000 yens mensuels, apprennent avec horreur qu'ils n'auront aucune allocation pour le prochain mois, car sanctionnés pour leur mauvais comportement à répétition durant le mois écoulé. Fort heureusement, Kiyotaka et Suzune n'ont pas été trop dépensiers. L'objectif est maintenant de regagner des points pour d'abord vivre décemment, et pour Suzune, d'éventuellement surpasser la 2de C pour l'instant mieux évaluée…

Les résultats aux examens de mi-trimestre sont concluants, même pour la 2de D. Comment Kiyotaka et Suzune sont parvenus à rehausser d'un seul coup le niveau de la classe ? Et à quel prix ? Ainsi, la menace d’expulsion s'éloigne progressivement, jusqu'au moment où Mme Chibashira révèle une règle sur le calcul de la note éliminatoire.

Sudô est sauvé in extremis par Kiyotaka et Suzune qui ont acheté le point qui lui manquait aux examens. La classe D sort donc la tête de l'eau, mais deux nouveaux soucis voient le jour : le transfert des points privés du nouveau mois a mystérieusement du retard, et Sudô serait de nouveau sur la sellette à cause d'une bagarre avec d'autres élèves…

La bagarre ayant eu lieu entre des élèves de la 2de C et Sudô, commence à prendre de l'ampleur : une délibération va être organisée en présence du BDE avec des renvois à la clé. Suzune et Kiyotaka doivent absolument prouver que l'incident était involontaire, malgré les blessures assez visibles des trois lycéens. Airi Sakura, une fille discrète et très timide dans la 2de D, semble avoir été témoin de la scène…

Le témoignage de Airi Sakura permet de repousser la décision du BDE au lendemain. Ce moment de répit offre à Kiyotaka et Suzune l'occasion de réfléchir à un moyen d'inculper les élèves de la 2de C. Ils se rendent donc sur les lieux de la bagarre et remarquent quelque chose… Quant à Airi Sakura, elle découvre avec horreur qu'une personne a découvert sa véritable identité de mannequin du Net.

Les examens et l'affaire Sudô passés, les vacances d'été s'installent et les élèves du lycée de haut niveau de Tokyo peuvent profiter au maximum des loisirs disponibles sur le campus, notamment la piscine qui vient d'ouvrir. Kiyotaka y invite la très réticente Suzune pour une raison bien précise.

L'été se poursuit, et à la surprise générale, sur un bateau de croisière ultra luxueux. L'occasion pour tous les seconde du lycée de se détendre et d'interagir. Mais derrière ce paradis se trame quelque chose : qu'est-ce qui attend donc les élèves à la fin de ce somptueux voyage ?