Dans un monde dévasté, envahi par des insectes monstrueux et ravagé par des hors-la-loi, il n'y a qu'une seule personne à appeler quand on a vraiment besoin d'un travail bien fait : Honoka. Dotée d'un sixième sens du danger, d'un talent inégalé à l'épée et d'une IA intelligente nommée Bogie, elle est prête à s'attaquer à n'importe quel travail et à résoudre n'importe quel problème pour ses clients. Mais alors qu'elle traverse le désert une nuit, elle trouve un jeune homme seul dans le désert.

Honoka n'est pas prête à retourner en ville, alors elle et son nouveau compagnon de voyage s'arrangent pour rencontrer le mécanicien Zankan et sa jeune fille, Millie. Cependant, leurs plans sont perturbés par des invités inattendus.

Honoka retourne à Emporium et se sépare d'Iks. Après avoir entendu des rumeurs en ville selon lesquelles le Troisième a renforcé les forces d'inspection, elle pense soudain que cela pourrait être lié à sa nouvelle connaissance.

Honoka et Bogie récupèrent la PSP tant attendue de Zankan. Juste après s'être séparés, elle sent une présence inquiétante passer au-dessus d'elle. Il s'agit de l'Auto-Enforcer "Blue Breaker", dont le nom est synonyme de terreur, et qui se dirige droit vers ses amis.

Honoka a réussi à éloigner Blue Breaker, mais son bandana lui a été retiré et son secret a été révélé. Honoka parle à Iks de son passé, mais pour l'instant, c'est Millie, inconsciente, qui la préoccupe le plus.

a signature thermique unique du Blue Breaker se rapproche rapidement d'Honoka et de ses amis.

Après avoir confié Millie à un parent et s'être séparés d'Iks, Honoka et Bogie retournent dans le désert pour un nouveau travail. Alors qu'ils campent, Honoka est réveillé par une fourmi blindée qui s'accroche au char d'assaut.

Honoka et Bogie croisent la route d'un troupeau de dragons des sables en furie. Pendant ce temps, les Troisièmes se précipitent pour contrer un danger grandissant pour la planète. Quelle est cette mystérieuse menace que même eux redoutent ?

La lumière blanche que The Third continue de surveiller s'étend rapidement. Il s'agit d'une distorsion spatiale créée par Gravestone, une arme ultime héritée de la Grande Guerre. Pendant ce temps, Honoka travaille pour l'administrateur en chef d'Emporium. Alors qu'elle se rend au nid du dragon des sables, un buggy des dunes rattrape le char, et l'étrange femme qu'Honoka a rencontrée plus tôt en ville en sort...

Lorsque le groupe d'Honoka rattrape Iks, il la prend à part et lui suggère de faire demi-tour. Mais outre le fait qu'elle est en mission, Honoka a une autre raison de refuser.

Honoka et les autres se retrouvent face au dôme de lumière, qui continue de s'étendre. Mais malgré les supplications de Paife et d'Iks, Honoka continue d'avancer vers le dôme.

Tandis qu'Honoka et Paife sont engagés dans leurs combats respectifs, Iks tente de s'entretenir avec Gravestone. Le temps presse...

Honoka décide d'emmener Millie en vacances dans le désert après que Paife lui ait dit que Millie avait été retrouvée endormie à l'école. Au même moment, un chasseur nommé Leon cherche à rencontrer Honoka. Il veut qu'elle le guide dans sa recherche de la légendaire "fée" du désert...

Honoka et Millie poursuivent leur voyage, mais Iks sent qu'il y a toujours un fossé entre les deux filles. Alors qu'elles affrontent les dangers du désert, Millie entend une voix douce...

Après trois jours de poursuite de la fée et du loup dans le désert, Honoka et Millie ne parviennent toujours pas à combler le fossé émotionnel qui les sépare, mais une tempête de sable se profile à l'horizon.

Millie et les autres regardent Honoka, gravement blessé, au bord de la mort. Pendant ce temps, le Loup apparaît soudainement et escorte Millie plus loin dans le désert, mais pour quelle raison ?

Le Wormhole Driver a été détourné ! Ne répondant pas aux tentatives du Troisième de reprendre le contrôle, il tire et éradique une grande partie d'une chaîne de montagnes. Pendant ce temps, Honoka rencontre un client potentiel inattendu : Fila Marique. D'après le ton de Fila, il semble que quelque chose d'étrange se passe au sein de The Third...

Alors que le groupe d'Honoka est sur le point de partir, Fila révèle qu'elle a un autre compagnon pour eux : Le tueur de Zankan, le soldat autonome le plus puissant de la frontière, Blue Breaker.

Honoka, dans sa PSP, et Blue Breaker se séparent du groupe et se dirigent prudemment vers l'endroit où Rona Fauna les attend.

Le Tank Killer, un hélicoptère antichar spécialisé, apparaît devant Iks, Paife et Bogie ! Pendant ce temps, Honoka et Blue Breaker enquêtent à l'intérieur de l'installation...

Ayant réussi de justesse à vaincre le modèle de combat de Rona Fauna, Paife, gravement blessé, retourne au char d'assaut et confie le reste à Iks. Pendant ce temps, Honoka découvre le corps de Rona conservé dans un vaisseau.

Au cœur de l'installation, Honoka affronte enfin Rona Fauna. Rona dit à Honoka qu'elle a tué Joganki et la défie de se battre.

Après avoir dit au revoir à Iks, Honoka rend visite à Joey et découvre qu'il n'a plus le droit de travailler parce qu'il a enfreint le tabou des technos.

Honoka retrouve Iks en route pour les gorges d'acier. À leur arrivée, ils découvrent qu'une grande armée d'unités du Troisième, dirigée par Joganki, les attend.