Tandis que le chasseur de trésor Sinjin Prescott débarque sur Isla Nublar pour prendre part à une mystérieuse quête, Claire arrache Owen de sa séance de dressage de raptors...

Ignorant qu'une terrible tempête approche, Simon et Claire se perdent dans la jungle et courent se réfugier dans une caravane abandonnée. Simon découvre malgré lui une vidéo de Dennis Nedry sans savoir que celle-ci recèle des informations cruciales sur le trésor perdu convoité par Sinji...

Pour mettre en place la nouvelle attraction censée sauver Jurassic World, Simon Masrani doit compter sur Claire Dearing, son assistante. Il lui confie la tâche de transporter trois dinosaures sur le lieu choisi, de l'autre côté du parc. Claire doit toutefois se résigner à accepter l'aide d'Owen Grady, un comportementaliste animalier qu'elle a engagé à l'aveugle pour acheminer ses trois dinosaures stars. Mais mener les dinosaures à bon port ne sera pas chose aisée...

Owen fait la rencontre d'un jeune fan inconditionnel de dinosaures, Hudson Harper. Mais peu de temps après, Hudson pénètre la volière et se retrouve pris au piège des féroces ptéranodons...

Ian Malcolm est de retour à Isla Nublar pour donner une conférence. Toutefois, les préparatifs de Simon ont surchargé le système électrique, provoquant le chaos sur l'île...

Simon décide d'installer un Dilophosaure à l'intérieur de l'hôtel du parc. Mais son plan tombe à l'eau lorsque le dinosaure s'échappe de sa cage...

Vic propose à Owen de se joindre à lui pour une partie de pêche entre hommes qu'Owen accepte volontiers. Mais s'il l'accepte, c'est en réalité pour faciliter sa traque d'un Carnotaurus fugitif...

Le paléontologue Alan Grant, l'idole vivante d'Owen, revient à reculons sur Isla Nublar pour une inauguration. De son côté, Simon s'arrange pour l'y faire rester dans l'espoir de gagner en visibilité...

Le projet de villas dans les arbres de Simon est compromis lorsqu'une mystérieuse entité détruit le chantier. Owen, Claire et Hudson mènent l'enquête. Hudson se convainc que le responsable est un fantôme. De leur côté, Danny et Sinjin épluchent la cassette de Dennis Nedry et découvrent l'indice qui leur manquait pour connaître l'emplacement du trésor du Capitaine Sans-Barbe...

Dernière idée de Simon : lancer une nouvelle boisson énergisante en l'associant à des sports extrêmes et à des cascades aux quatre coins du parc. Mais Danny choisit de déverser la boisson dans les réserves en eau des dinosaures sans savoir qu'elle rendra les créatures hystériques et extra-dangereuses...

Owen et Claire partent dans la jungle à la recherche d'Allison, portée disparue. Mais Owen tombe sur une fleur préhistorique dont le poison lui donne tout un tas de symptômes, au point de se prendre pour un vélociraptor ! De leur côté, Danny, Sinjin, Allison et Hudson atteignent le Mont Sibo. La quête du trésor touche bientôt à sa fin. Mais en apprenant les véritables intentions de Danny pour le parc, Allison décide de faire demi-tour tant qu'elle le peut encore.

Owen, Claire, Allison et les raptors se ruent dans la grotte sous le mont Sibo à la rescousse d'Hudson, retenu par Danny et Sinjin. Et tous se rejoignent au moment où le trésor est enfin retrouvé ! Mais un autre invité vient interrompre inopinément le règlement de comptes : un allosaure ! Équipé de son armure de dino géant, Danny se dresse face au prédateur, mais Owen et sa bande se trouvent en plein milieu ! De leur côté, Simon et le Dr Wu doivent sont confrontés à la deuxième partie du plan de Danny : la mise en liberté de tous les dinosaures de Jurassic World !

Que les fans de dinosaures se préparent ! Simon Masrani, scientifique réputé, n'a qu'une idée en tête, rebooster Jurassic World en créant de nouvelles attractions pour rendre le parc plus attractif. Il peut compter sur Claire Dearing, son assistante et Owen Grady, un comportementaliste animal, pour l'aider dans sa mission. Mais, gare aux dinosaures et leur caractère bien trempé.