C'est un grand jour pour Nanako (Émilie) car elle rentre au lycée Seiran (l'école des Fontaines en VF), une école de filles très chic et renommée. Elle fait la connaissance de Kaoru no Kimi (Danièle), Fukiko Ichinomiya / mademoiselle Miya (Clarisse) et Saint-Just, toutes des filles exceptionnelles. Comme à chaque rentrée, le Cercle de la rose, un étrange club qui rassemble l'élite de l'école, procède à une élection qui accueillera 10 nouvelles filles. Une année difficile commence pour Nanako.

Les élections pour faire partie du Cercle de la rose ont lieu. Mariko (Mélanie), Nanako (Émilie) et Kaoru (Danièle) ont été nominées mais Kaoru refuse d'y entrer. Le choix de mademoiselle Miya (Clarisse) provoque une jalousie incontrôlable chez Misaki (Prisca). Elle demande que le club revoit ses critères de sélections.

La nomination de Nanako (Émilie) suscite beaucoup de jalousie. C'est aujourd'hui qu'a lieu l'entretien des nouvelles sélectionnées et Misaki (Prisca) est prête à tout pour que Nanako échoue. Elle appelle donc sa rivale, en se faisant passer pour mademoiselle Miya (Clarisse), pour l'avertir du changement de l'heure de la cérémonie. Nanako arrive fatalement en retard.

Nanako (Émilie) n'a pas pu assister à la cérémonie du Cercle au cours de laquelle les nouvelles passent un entretien avec mademoiselle Miya (Clarisse). Malgré cet incident et contre toute attente, Nanako a tout de même été admise. Le complot de Misaki (Prisca) a échoué et elle tente alors de la dénigrer et de l'attaquer sur sa vie privée.

Lors des préparatifs pour une grande réunion du Cercle, Nanako (Émilie) est témoin d'une scène scandaleuse. Mademoiselle Miya (Clarisse) blesse intentionnellement Saint-Just avec un pique-fleurs. Les appels de Saint-Just ne font réagir personne de peur d'offusquer Fukiko (Clarisse). Seule Nanako prend l'initiative de lui venir en aide.

La pression exercée sur Nanako (Émilie) pour qu'elle quitte le Cercle est de plus en plus insupportable. Cette fois, on s'en prend à ses affaires de sport. Elles ont disparu. Très ennuyée, elle demande à son amie Tomoko (Marina) de lui prêter les siennes mais elle refuse catégoriquement en lui faisant remarquer qu'elles n'ont plus "les mêmes valeurs". Nanako décide de faire part de sa démission à mademoiselle Miya (Clarisse) donnant pour motif son incapacité de supporter davantage cette situation. Cependant, mademoiselle Miya ne l'entend pas de cette oreille.

Finalement, mademoiselle Miya (Clarisse) persuade Nanako (Émilie) de ne pas quitter le Cercle. Désespérée, elle se rend à la tour de l'horloge où elle y rencontre Saint-Just jouant aux fléchettes avec des couteaux. La cible dessinée sur le mur est celle de Fukiko (Clarisse). Nanako est bouleversée.

Mariko (Mélanie) est très jalouse de Tomoko (Marina) qui s'est enfin réconciliée avec Nanako (Émilie). Cherchant un moyen pour s'accaparer de Nanako, elle l'invite à venir fêter son anniversaire. Après cette petite fête insolite (Nanako était la seule invitée), Mariko la supplie de passer chez elle. Le drame éclate alors : Mariko ne veut plus laisser repartir son amie bien aimée et la menace de la tuer si elle la quitte. Nanako parvient tant bien que mal à se sauver, laissant Mariko en pleine crise d'hystérie.

Au lendemain de l'anniversaire mouvementé de Mariko (Mélanie), Nanako (Émilie) se demande quelle attitude elle doit adopter. Perdue dans ses pensées, elle croise Kaoru (Danièle) qui soudain est frappée par une douleur insurmontable. Elle court chercher Saint-Just qui est la seule à pouvoir lui donner les médicaments qui la soulageraient. Mais Saint-Just fait la sourde oreille. N'y tenant plus, Nanako la gifle sous les regards ahuris des autres filles.

Kaoru (Danièle) s'inquiète pour Mariko (Mélanie) qui semble tomber dans une dépression. Nanako (Émilie) continue à l'ignorer. Après une longue grève de la faim, Mariko est transportée à l'hôpital. C'est alors que Nanako apprend qu'elle est "responsable" du malaise de son amie...

Les filles du Cercle se réunissent afin de travailler ensemble pour les examens. D'ailleurs, mademoiselle Miya (Clarisse) invite personnellement Saint-Just à venir les rejoindre et lui donne rendez-vous au pied de l'orme. Saint-Just attend inlassablement sous une pluie battante mais Fukiko (Clarisse) ne vient pas. C'est en se rendant vers les locaux de l'école que Nanako (Émilie) aperçoit Saint-Just sous la pluie. Elle la retrouve mais à peine a-t-elle le temps de lui demander ce qu'elle fait là que Saint-Just s'effondre.

Kaoru (Danièle) apprend que Nanako (Émilie) a ramené Saint-Just chez elle dans un état critique. Elle va trouver Fukiko (Clarisse) pour obtenir une explication de ce rendez-vous fantôme. Kaoru tente désespérément de raisonner Saint-Just : elle ne doit plus se soumettre aux caprices malfaisants de Fukiko et oublier les souvenirs qui la retiennent à elle. Mais en vain... C'est alors que Nanako apprend que Saint-Just est la sœur de mademoiselle Miya (Clarisse).

Nanako (Émilie) continue de rendre visite à Saint-Just en lui apportant de quoi se nourrir. L'amitié qui règne entre Kaoru (Danièle) et Saint-Just la laisse perplexe et elle se demande comment de telles relations peuvent exister. Un air joué au piano attire l'attention de Nanako. Elle s'aventure ainsi jusqu'à la tour de l'horloge. Saint-Just est dans un état de délire...

Saint-Just parle de sa tentative de suicide avec Fukiko (Clarisse). En dépit de l'approche des examens, Nanako (Émilie) ne pense qu'à Saint-Just. C'est alors qu'un jour elle tombe sur ses médicaments qu'elle tente de jeter à la poubelle mais Saint-Just l'en empêche juste à temps.

Les examens sont terminés et les résultats sont affichés. Les membres du Cercle de la rose doivent paraître dans les 50 premières si elles ne veulent pas être renvoyées du Cercle. Malheureusement, malade le jour de l'examen, Junko Nakaya (Justine) échoue. Mademoiselle Miya (Clarisse) lui demande de quitter le Cercle. Face à cette injustice, Nanako (Émilie) intervient et dénonce le système arbitraire qu'exerce mademoiselle Miya. Fukiko (Clarisse) a du mal à se contenir...

Après une longue absence due à sa maladie, Kaoru (Danièle) reprend les entraînements de basket avec ardeur en vue d'un match contre une équipe d'une autre école. Mariko (Mélanie) invite ses amies à venir l'encourager. Pendant le match, Kaoru reçoit malencontreusement un coup dans la poitrine et elle est transportée à l'hôpital. Elle demande à Saint-Just de la remplacer.

Kaoru (Danièle) sort de l'hôpital après y avoir passé une nuit en examen. Mariko (Mélanie) est soulagée de la voir sortir. Ce fameux jour, Nanako (Émilie) égare une lettre qu'elle avait écrite à son "très cher frère". Malheureusement, elle tombe entre les mains de Fukiko (Clarisse) qui lui ordonne de cesser cette correspondance immédiatement. Mais Nanako refuse...

Saint-Just invite Nanako (Émilie) à faire l'école buissonnière. Sous l'emprise du charme irrésistible de Saint-Just, elle accepte. Mais, elles tombent par hasard sur Henmi (Guillaume) et Takashi (Sébastien), le frère de Fukiko (Clarisse). Nanako est interloquée d'apprendre que Saint-Just est la sœur de Takashi. Au cours de leur promenade, Saint-Just l'embarque dans son univers et Nanako perd tous ses moyens. C'est alors qu'elle lui déclare sa "flamme"...

Nanako (Émilie) regrette la déclaration faite à Saint-Just et ignore comment cette dernière va réagir. Kaoru (Danièle) qui remarque la tristesse qui assombri son visage va longuement s'entretenir avec elle de Saint-Just. Émilie écoute avec beaucoup d'attention le long discours de Kaoru qui aborde le thème de l'Amour.

Fukiko (Clarisse) apprend que Nanako (Émilie) est invitée à la kermesse qui aura lieu à l'université de Henmi (Guillaume). Prise de jalousie et usant de son autorité, elle invite Nanako à venir prendre le thé, le jour de la kermesse. Elle lui demande de prendre un service en porcelaine rangé dans le débarras de la Maison du Cercle. Nanako accepte l'invitation puisqu'elle n'a rendez-vous avec Henmi que dans l'après-midi. Cependant, alors qu'elle se trouve dans le débarras, la porte se referme et elle se retrouve enfermée !

Nanako est libérée, elle va retrouver ses amis à la kermesse. Malgré son aversion pour la gente masculine, Mariko est aux côtés de Nanako et Tomoko. Elle veut les protéger des "méthodes rusées des hommes qui ne pensent qu'à s'acoquiner avec les filles pour assouvir leur besoin sexuel". Son attitude peu seyante aurait dû éloigner Henmi et Takashi mais...

Fukiko invite Nanako et Mariko dans sa résidence secondaire pour solliciter leur aide pour les préparatifs de la réception qu'elle donnera à l'occasion de ses 18 ans. Mais un soir, alors que Nanako se promenait près du lac, elle aperçoit Fukiko qui se laisse tomber dans l'eau...

La petite fête donnée par Fukiko se déroule à merveille jusqu'à ce qu'un drame se produise. L'ambiance féérique tourne au cauchemar quand Saint-Just prend son violon pour offrir à sa sœur un morceau qu'elle aimait beaucoup. Fukiko entre dans une vive colère et la fête est interrompue...

Le morceau joué par Saint-Just a fait ressurgir un douloureux souvenir que Fukiko tentait d'oublier. À l'âge de 12 ans, elle tombe amoureuse de Henmi et se promet de lui offrir le plus beau morceau qu'elle jouera au violon. Mais Henmi ne revint plus jamais la voir et son cœur fut profondément blessé.

Marquée par l'attitude adoptée par Fukiko, Saint-Just se rend chez Takashi dans l'espoir de connaître la raison de son emportement. Pendant ce temps, mademoiselle Miya invite Nanako à venir la rejoindre à la Maison du Cercle à une heure assez tardive. L'ambiance est déconcertante. Au moment où elle déclare sa flamme à Nanako, Saint-Just intervient...

Saint-Just se rend compte que Fukiko a perdu une grande partie de sa fierté et lui en fait part. Elle l'accuse de s'en prendre à Nanako qui correspond avec Henmi. Un soir, Fukiko retrouve Saint-Just chez elle et évoque le suicide qu'elles ont tenté de commettre dans leur jeunesse. Afin de prouver qu'elle ne méprise pas sa sœur, elle est prête à sacrifier sa vie pour elle.

Mariko fait part du divorce de ses parents à ses amies. Nanako est consciente de la souffrance qu'elle renferme au fond de son cœur. Ne pouvant rien faire pour elle, elle décide de rester à son écoute. Or, Aya Misaki provoque Mariko en lui montrant l'article concernant l'adultère de son père. C'est alors que Mariko perd son sang-froid...

Suite à l'agression de Misaki, l'école a prononcé le renvoi de Mariko. Sa mère est persuadée que son divorce perturbe sa fille. La présence de son père chez elle réveille en elle une forte colère qui la pousse à tenter de mettre le feu. À l'école, mademoiselle Miya décide de radier Mariko des membres du Cercle mais Nanako exprime son désaccord.

Nanako quitte le Cercle de la rose. D'un autre côté, Kaoru no Kimi prépare une campagne anti-Cercle. Elle demande conseil à Rei avant d'agir mais cette dernière rétorque que le Cercle est la représentation même de la fierté de Fukiko. La campagne démarre malgré de nombreux désaccords et la récolte aux signatures pour la pétition commence.

Nanako invite Tomoko à venir la rejoindre dans la campagne. Finalement, Saint-Just accepte de les aider. Des filles du Cercle essayent de s'emparer des carnets de signatures pour les détruire mais elles sont prises en flagrant délit, juste à temps.

Fukiko garde la tête haute même si elle sait que des filles de son association l'ont trahie en signant la pétition. Cependant, Borgia est désormais certaine qu'il existe un lien secret qui unit Fukiko et Nanako. Elle décide donc de s'entretenir avec Nanako afin de lui extirper la vérité.

Finalement, Borgia et ses amies quittent le Cercle de la rose. Désormais seule et abandonnée de toutes, Fukiko se rend chez Saint-Just et évoque un vieux souvenir qu'elles ont vécu ensemble. Fukiko décide de donner une dernière réunion dans l'intention de parler de sa "fierté".

Le sort du Cercle de la rose est entre les mains de l'administration. Le verdict va tomber. Après avoir entendu le discours de Fukiko à propos de sa fierté, Saint-Just retrouve le sourire. Elle invite Nanako pour lui montrer l'endroit où le coucher du soleil est le plus beau. Mais Saint-Just ne vient pas.

Tomoko retrouve Nanako sur le lieu de son rendez-vous avec Saint-Just. Elle lui fait part du triste sort de Rei. Elles se précipitent à l'hôpital. Le soir même de son accident, Fukiko reçoit le bouquet de fleurs que Rei lui avait envoyé juste avant de mourir. En larme, Fukiko avoue ne l'avoir jamais détestée.

Les funérailles de Saint-Just se passent dans le plus grand silence. Fukiko ne versera pas une seule larme en public. Le soir même, elle se rend à l'appartement de sa sœur. Elle se poste devant la fenêtre en compagnie de Nanako et lui conte son passé.

Finalement, avant que le verdict ne soit prononcé, Fukiko annonce la clôture du Cercle. À tour de rôle, les proches de Saint-Just se rendent sur le lieu de l'accident pour confier leur désarroi à la défunte. Kaoru est certainement la plus bouleversée. Kaoru repense à l'homme à qui elle a renoncé à cause de sa maladie.

Kaoru se confie à Nanako, elle lui parle de sa maladie et de la raison pour laquelle elle renonce à vivre une histoire d'amour avec Henmi. Au cours de leur conversation, elle fait allusion à la ressemblance entre Nanako et Henmi. Désormais, Nanako est au courant que Takehiko est son "vrai" frère.

Takehiko prépare son voyage en Allemagne. La seule crainte qui le taraude est de savoir si Kaoru va accepter de partir avec lui. Mais elle s'obstine à refuser de partager sa vie avec lui à cause de sa maladie. Elle ignore combien de temps il lui reste à vivre. Cependant, les mots que lui adresse Fukiko vont lui faire changer d'avis.

Kaoru et Takehiko se marient et partent pour l'Allemagne. Mariko et sa mère entament une nouvelle vie dans un nouvel appartement et Nanako poursuit sa vie de lycéenne tout en continuant à correspondre avec son frère. Quant à Fukiko, elle exorcise ses sentiments envers sa sœur, Rei.