Sasami est une jeune lycéenne de 16 ans un peu particulière : elle ne sort jamais de chez elle. Sasami vit seule avec son grand frère, Kamiomi, dans une grande maison. Elle a fait du deuxième étage sa chambre, le seul territoire dans lequel elle vit, entourée de ses ordinateurs, sans aucun contact direct avec le monde extérieur. Une fois Kamiomi parti au travail, la jeune fille lance un système de surveillance informatisé afin d'épier tous les faits et gestes de ce dernier...

Le taux d'absentéisme dans le lycée où enseignent Tsurugi et Kamiomi atteint des records. Où sont donc passés tous les élèves ? Pourquoi ne viennent-ils plus en cours ? Kagami connaît la réponse : ils sont tous absorbés dans un jeu de rôle communautaire, et passent leurs journées à jouer. Tsurugi décide que le mieux pour comprendre ce qui se passe, est d'aller voir par soi-même. Elle embarque ses sœurs et le frère de Sasami dans le RPG en ligne à la mode : Le Serpent des huit monts...

Sasami continue d'écrire ses comptes rendus, et dévoile un peu plus son passé et sa relation avec le dieu suprême Amaterasu. Lorsqu'un troisième bras lui pousse sur la poitrine, Sasami comprend qu'une altération en est la cause. La jeune fille décide de faire avec, jusqu'à ce que ce troisième bras échappe à son contrôle...

Sasami a retrouvé une vie normale. Elle sort et va au lycée comme toutes les jeunes filles de son âge. Cependant, un rentrant chez elle un soir, elle trouve un DVD et décide de le regarder. Quelle n'est pas sa surprise lorsqu'elle découvre qu'elle a été filmée à son insu dans des lieux où elle n'a pas souvenir de s'être trouvé...

Sasami retrouve enfin une vie normale, et va au lycée comme toutes les jeunes filles de son âge. Hélas, elle doit rattraper le retard dû à son ancien mode de vie, et elle désire se faire des amies au plus vite. La première personne vers qui elle se tourne n'est autre que Kagami, qu'elle connaît déjà. Cependant cette dernière a un comportement étrange envers Sasami, comme si elle ne souhaitait pas se lier d'amitié avec elle...

Sasami est persuadée d'avoir vu sa mère dans la rue, mais reste perplexe en même temps. Après s'être confiée à Kagami, qui semble ne pas la croire, elle la retrouve en ville. Mère et fille passent du bon temps ensemble bien que Sasami se doute qu'une ombre plane sur cette apparition...

Sasami et sa mère sont de retour au temple Tsukuyomi, en ruine, pour reprendre l'entraînement de la jeune apprentie prêtresse. Mais cette dernière refuse de se laisser entrainer plus loin : si elle a accepté de suivre sa mère, c'est uniquement pour qu'elle laisse ses amies tranquilles. C'est donc contre son gré que Sasami doit reprendre l’entraînement pour devenir une prêtresse Tsukuyomi...

Sasami s'est retranchée dans sa chambre et ne veut voir personne. Même son frère est interdit d'entrée. C'est sans compter sur Kagami qui a bien l'intention de venir en aide à son amie pour résoudre ses problèmes...

Sasami, qui a été aspirée dans le passé, se retrouve dans le corps de sa mère et doit parer les attaques d'un golem de pierre. Cependant, elle ne garde aucun souvenir de cet épisode qui est sensé se dérouler pendant son enfance. Et pour cause : ce n'est pas son passé mais une altération ! Heureusement, Tsurugi est là pour veiller. La déesse connaît un moyen de résoudre la situation mais pour cela Sasami va devoir revivre le passé de sa mère...

Sasami est maintenant en première depuis plus d'un mois. Elle va au lycée comme toutes ses camarades, mais ne s'est toujours fait aucun nouvel ami. Même Edogawa, venue d'elle-même proposer son amitié à Sasami, n'a tenté aucune approche. Mais Sasami a découvert un secret concernant sa nouvelle camarade. Un secret qui pourrait bien être la raison de son comportement distant...

Sasami, par l'intermédiaire de Tama, a réussi à faire partie du voyage d'intégration organisé par Edogawa pour ses camarades de classe. La jeune fille met tout en œuvre pour se rapprocher d'Edogawa et devenir son amie, mais cette dernière semble se méprendre sur les intentions de Sasami...

Jô Edogawa dévoile enfin ses projets funestes : elle veut faire renaître l'hydre à neuf têtes afin de prendre le contrôle de ce monde. Sasami, qui pensait s'être fait une nouvelle amie, va devoir intervenir.Kagami et Tama se lancent également dans la bataille, mais les sentiments et les idéaux de chacun vont être mis à l'épreuve...