Un plat familier pousse Sam à partir à la recherche de sa mère en compagnie de Tom et d'E.B. Mais ils sont loin de s'attendre à ce qu'ils vont trouver.

Les amis découvrent les histoires de la Yookia et de la Zookia. Sam cherche désespérément à se rapprocher de Pam, mais Tom se méfie et peine à lui faire confiance.

Sam suit Pam lors d'une mission ultra-secrète, mais celle-ci préfère travailler seule. En Zookia, véritable fief technologique, Tom découvre un paradis pour inventeurs.

Pam et Sam jouent les agents infiltrés. Une caillécureuil fuyarde mène E.B. au sommet du mur, où elle fait la connaissance d'un mystérieux nouvel ami.

E.B. s'enfuit pour passer la journée avec Looka. Tout se passe à merveille jusqu'à ce qu'une relique cachée leur révèle la véritable histoire de la construction du mur.

La piste de la Bombabominable mène Sam et sa mère jusqu'à une île paradisiaque regorgeant de surprises. Tom reçoit le message de Michellee et n'en croit pas ses yeux.

Plein de bonnes intentions, Tom sauve E.B. du danger et confie à Sam ses soupçons concernant Pam. Mais cela a pour unique effet de les éloigner tous les deux de lui.

Qui mettra la main sur la Bombabominable ? Le destin de la Yookia et de la Zookia est en jeu, et les amis doivent choisir leur camp.

Pam est contrainte de prendre position alors que la Zookia et la Yookia s'apprêtent à entrer en guerre. Tom tire parti de la vivacité d'esprit de Michellee.

Beurre au-dessus ou beurre en dessous ? La guerre semble sur le point d'éclater. Nos héros parviendront-ils à la stopper à temps ?