Madelyn se rend à l’aéroport J.F.K. à New York pour y prendre un avion pour Londres. Mais l’avion disparaît au-dessus de l’Atlantique et n’arrivera jamais à destination. Kendra est missionnée par le TSIB, le bureau de la sécurité et des enquêtes aériennes, pour enquêter sur la disparition du vol BGA 716. Les proches des disparus, y compris Derek le père de Madelyn, et Ali son fiancé, se rendent à l’aéroport d’Heathrow pour essayer d’en savoir plus.

Madelyn a été miraculeusement retrouvée sur un canot de sauvetage. Elle est gravement blessée mais vivante. Derek et Ali courent à son chevet. Le fait qu’elle soit la seule survivante, alors qu’il n’y a pas d’épave ni de débris, poussent Kendra et ses collègues à se poser des questions : Madelyn est-elle victime ou suspecte ?

L’équipe de Kendra continue de mener l’enquête mais aucune piste ne semble mener à des éléments concrets, jusqu’à ce qu’un collègue de Richard Donovan vienne apporter son témoignage. De plus, Levi fait une découverte intéressante sur ce dernier, ce qui fait du pilote le suspect numéro un de l’enquête. Kendra essaie d’obtenir des informations de Madelyn mais la jeune femme n’arrive à prononcer qu’un nom : Mosis.

Kendra interroge Madelyn Strong, qui révèle plusieurs détails permettant de faire avancer l’enquête. L’hypothèse du suicide du pilote semble se préciser, mais sans les boîtes noires, impossible de la confirmer. Kendra veut se tourner vers Bartok, qui a le matériel nécessaire pour retrouver les enregistreurs de vol. Dom cherche à savoir ce qui est arrivé à Derek Strong. A.J. rejoint un groupe d’anarchistes et, grâce à ses talents de hacker, fait une découverte surprenante sur Janet.

A.J. est à l’hôpital après avoir été renversé par une voiture. À son réveil, il révèle de sombres découvertes à Kendra, contenues sur son ordinateur. C'est une vidéo que Kendra s'empresse de visionner sans se douter qu'elle se met à ce moment en danger en découvrant la vérité : les alliés d'hier deviennent les ennemis de demain. En parallèle, l'enquête doit avancer, Kendra et son équipe vont faire appel à un allié surprenant pour tenter de récupérer à tout prix les précieuses boîtes noires de l'épave.

Les boîtes noires révèlent de nouveaux indices qui semblent indiquer qu’Hassan Esmaili est responsable du crash du vol 716. Kendra et son équipe continuent d’enquêter sur Daniel Hoffman à l’insu d’Howard mais se heurtent à Janet, déterminée à enterrer la vérité pour protéger les intérêts de BGA. Kendra a un plan pour forcer Howard et Moreau à révéler ce qu’il s’est vraiment passé sur le vol.