Après la mort de sa mère, Tarô, âgé de 15 ans, est confié à son grand-père, qu’il n’a jamais rencontré. Sur le chemin de son nouveau foyer, il rencontre Mariel, une belle jeune fille aux cheveux bleus. Elle se présente comme étant la soubrette en chef de la Famille Hanaukyô et lui apprend que son grand-père est brusquement parti en le désignant comme nouvel héritier du clan Hanaukyô. Arrivé dans l’immense demeure familiale, Tarô découvre que bien d’autres surprises l’attendent !

Tarô a passé sa première nuit au domaine Hanaukyô. Il est intrigué par Mariel, dont il a rêvé la nuit même, dans de bien engageantes dispositions… Il interroge Ikuyo et Cynthia, avec qui il s’est lié d’amitié, au sujet de Mariel, mais personne ne semble connaître ses origines ni son passé. C’est alors que se profile l’ombre d’un gigantesque dirigeable dans la cour du domaine. Qui est donc cette jeune fille qui en descend pour provoquer la famille Hanaukyô en duel ?

Un soir, Tarô croise la frêle Cynthia, qui lui tient d’étranges propos. Mariel lui explique que Cynthia possède une autre personnalité, Grace, qui la protège depuis sa plus tendre enfance. Incroyable génie de l’informatique, Grace n’apparaît que la nuit, lorsque l’esprit de Cynthia s’endort. Tarô s’attache très vite à Grace, qui cache une grande gentillesse sous son air bourru. Mais quelques jours plus tard, Cynthia s’écroule devant Tarô, terrassée par la fatigue.

Konoe, responsable de la sécurité de la Famille Hanaukyô, n’arrive pas à faire prendre conscience à Tarô de ses responsabilités en tant que chef de famille. Afin de le surveiller de plus près, elle demande à Sanae, son commandant en second, d’intégrer le service personnel du maître. Malgré cela, Tarô,inconscient du danger, réussit à échapper à la surveillance de Sanae et à sortir en ville pour chercher un cadeau à offrir à Mariel. Konoe le suit à distance, mais saura t-elle le protéger de lui-même ?

Ikuyo entraîne Tarô et les autres soubrettes au Comaké, LE plus grand marché de Dôjinshi au monde, pour l’aider à vendre le manga qu’elle a dessiné pendant de nombreuses nuits blanches. Ryûka, informée de cette étrange nouvelle, décide de s’y rendre aussi pour les espionner. Quelques jours après, Ryûka créé la surprise en annonçant triomphalement qu’elle sera dorénavant une soubrette de la maison. Tarô saura t-il faire face à l’extravagance de cette nouvelle venue ?

Une ambiance particulièrement sportive flotte au-dessus du domaine Hanaukyô ce matin. Tarô apprend que selon la tradition familiale, le budget alloué à chaque service du domaine est réparti en fonction des résultats obtenus lors d’un tournoi de soft-ball annuel. Et chaque année, c’est le service de sécurité, entraîné par Konoé, qui remporte le tournoi. En dépit de la dispense dont ils font l’objet, Tarô, Mariel, Cynthia et Sanae forment une équipe pour affronter celle toute puissante de Konoe.

Alors qu’elle est tranquillement assise dans l’herbe, Cynthia se fait agresser par une mystérieuse créature non identifiée. Inquiet de ne pas la voir réapparaître, Tarô demande au service de sécurité de la rechercher. C’est alors qu’un tremblement de terre ébranle les murs de la demeure, révélant dans la cour du domaine un trou béant au fond duquel Tarô aperçoit le bonnet de Cynthia. Armés de simples torches, Tarô, Konoe, Sanae, Ikuyo et Ryûka s’engouffrent dans un souterrain mystérieux.

Continuant ses investigations dans le souterrain, Konoe découvre un immense château construit sous le domaine. À l’intérieur, elle trouve, stupéfaite, un étrange tableau représentant une femme brune ressemblant comme deux gouttes d’eau à Mariel. Pendant ce temps, Tarô décide de partir se promener à Kamakura, la ville préférée de sa mère, pour réfléchir un peu, et demande à Konoe de ne pas le faire suivre. Sur le chemin, il se fait enlever par une magnifique femme blonde.

Les événements s’emballent au domaine Hanaukyô ! Tarô a décidé de demander à Mariel quels étaient ses sentiments envers lui, mais ne trouve pas de moments d’intimité au domaine pour pouvoir lui en parler. Il lui propose une sortie en ville, mais Konoe le lui interdit, craignant une nouvelle tentative d’enlèvement. Ayant réussi à tromper la vigilance de la sécurité, Tarô et Mariel vivent enfin leur premier rendez-vous en amoureux.

Tarô découvre que Mariel répond à ses sentiments uniquement pour lui être agréable, parce que c’est ce qu’il souhaite lui voir faire. Sous le coup de la tristesse, il lui demande alors si elle pourrait disparaître s’il le lui demandait, et l’abandonne. Depuis cet événement, Mariel est portée disparue. Sanae se met à sa recherche et la retrouve inerte, là où Tarô l’avait quittée. Rapatriée au domaine, elle reste inconsciente pourtant les examens effectués n’indiquent rien d’anormal.

Le projet « Blue Silent Bell » révèle que Mariel a été créée par manipulations génétiques pour être entièrement dévouée à son futur maître, Tarô. Celui-ci décide de récupérer Mariel coûte que coûte avant qu’elle ne subisse un nouveau lavage de cerveau, plus puissant que les précédents. Avec Konoe, Grace, Ikuyo et Ryûka, ils partent donc pour tenter de retrouver Mariel, mais seront-ils assez forts pour battre les guerrières de l’Étendard du Roi rouge ?

Les soubrettes d’Hanaukyô luttent de toutes leurs forces pour ralentir la progression ennemie, et laisser le champ libre à Tarô pour sauver Mariel. Elle est retenue, inconsciente, dans une capsule de verre blindé. Confronté au chef des guerrières de l’Étendard du Roi Rouge, il réalise que son seul vrai désir vis-à-vis de Mariel est de voir un jour s’épanouir un sourire sincère sur ses lèvres. C’est alors que Mariel s’éveille et se libère de ses entraves.