Pie XIII est dans le coma. Menacée par des scandales sexuels, des idolâtres et de potentielles attaques terroristes, l’Église ne peut rester sans pontife. Le secrétaire d’État Voiello décide de se présenter aux élections. Après un prermier conclave tumultueux, Voiello décide de soutenir Tommaso Viglietti qu’il pense facile à manipuler.

Après Viglietti, Voiello porte son choix sur Sir John Brannox, réputé modéré. Avec une petite délégation, Voiello se rend en Angleterre pour s’assurer que Brannox acceptera la charge pontificale. Aristocrate charismatique, sir John est aussi pétri de doutes, et réticent à se laisser convaincre.

Fin stratège, Voiello doit user de son art de la persuasion pour convaincre sir John Brannox, son pape idéal. Après moult hésitations, Sir John accepte de se mettre au service de l’Église. Habemus Papam ! Au Vatican, il prend le nom de Jean-Paul III. Tout se passe comme prévu par Voiello qui n’avait pourtant pas prévu quelques remous.

Se sentant déconsidérées, les religieuses du Vatican se sont mises en grève et occupent la chapelle Sixtine. Jean-Paul III se rend à Venise au chevet de Pie XIII, tandis que les idolâtres sont de plus en plus nombreux autour de Belardo. Pendant ce temps, le cardinal Spalletta complote et cherche à se rapprocher du nouveau pape.

Après Marilyn Manson, John Paul III, toujours fasciné par le star-système, rencontre l'actrice Sharon Stone ; une entrevue qui donne au pontife de nouvelles idées. Après les tragiques événements qui ont secoué la ville et les fidèles, le pape fait un discours retentissant à Lourdes. Pendant ce temps, Voeillo garde un œil sur les religieuses du Vatican.

Les conditions de santé de Pie XII ont changé de manière inattendue. Sofia reçoit les confessions d’un prêtre étrange, à la suite de quoi la directrice de la communication du Vatican fait des découvertes embarrassantes. De son côté, Jean-Paul III se prépare à donner une interview télévisée au cours de laquelle il s’apprête à faire des déclarations fracassantes.

Voiello ayant tiré sa révérence, le cardinal Assente lui succède, mais sa politique n’est pas du goût de tous les cardinaux. Le Vatican décide de mettre un terme aux émissions de radio retransmettant la respiration de Pie XIII. Une décision qui enflamme les idolâtres. La menace terroriste se fait de plus en plus pressante contre l’Église.

Mis dans la confidence par le mystérieux Bauer, Voiello va de découverte en découverte concernant Jean-Paul III, mais également sur le destin de Pie XIII qui s’apprête à faire son grand retour à Rome. Jean-Paul III choisit de se retirer dans l’une des propriétés de l’Église dans les Dolomites.

Un groupe de terroristes retient en otage un prêtre et six étudiants à Ventotene. S’agit-il d’islamistes ou l’Église ne serait-elle pas plutôt la cible de fondamentalistes religieux ? Lenny Belardo se révèle aux cardinaux tandis que Jean-Paul III s’interroge sur son avenir en tant que souverain pontife.