Trois ans après la quatrième guerre du Saint Graal, Waver est présenté devant Reines, qui lui demande pourquoi il a emprunté une énorme somme d'argent pour racheter et prendre en charge la classe El-Melloi à la Tour de l'Horloge. Waver explique qu'après la guerre, il s'était rendu à Babylone en Irak pour suivre les traces d'Iskandar, mais avait été kidnappé par un mage devenu un bandit nommé Barzan. Il est ensuite réuni avec Melvin Waynes, un camarade de classe qui a également fini comme victime de Barzan. Ensemble, ils s'échappent de leur cellule et découvrent que Barzan tente de déterrer la tombe d'Iskander. Enragé, Waver perturbe l'alignement magique situé sous la tombe, poussant de nombreux mauvais esprits à attaquer et à tuer Barzan. À son retour à Londres, Waver est troublé par la culpabilité persistante de son implication dans la mort de Kayneth et convainc Melvin de l'aider à acheter la classe El-Melloi. Reines est intrigué par les motivations de Waver et lui demande d'accepter trois conditions en échange de sa vie : assumer la lourde dette de la famille El-Melloi, trouver un moyen de réparer le blason magique endommagé de la famille El-Melloi et succéder à Kayneth comme Lord El-Melloi jusqu'à ce que Reines ait sa majorité. La seule condition de Waver est qu'il soit appelé « Lord El-Melloi II », car il ne se sent pas digne d'être comparé à Kayneth. De retour au présent, Waver rencontre Reines et Melvin qui lui assignent une nouvelle affaire.

Waver est chargé d'enquêter sur la mort mystérieuse d'Ernest Fargo, le père de l'une de ses anciens élèves, Mary. À son arrivée à la résidence Fargo, Waver rencontre Mary, son cousin Alec, Fernando Li, le collègue de recherche d'Ernest, et la domestique de la famille, Claire. Ils lui montrent le corps de Waver Ernest, qui a été séparé en sept morceaux répartis dans tout le manoir. On soupçonne que le corps d'Ernest est utilisé pour une sorte de rituel magique, mais personne n'a été capable de le comprendre. En observant les résidents du manoir, Waver en déduit que tous les quatre avaient un motif de tuer Ernest ; Mary héritera de sa fortune, Alec lui devait des dettes énormes, Fernando tentait peut-être de voler ses recherches et Claire était peut-être maltraitée par lui. Cependant, Alec est soudainement tué dans des circonstances mystérieuses, ce qui amène Waver à comprendre ce qui s'est passé. Il explique aux autres qu'Ernest s'était sacrifié lors d'un rituel expérimental de magie pour lier son âme au manoir, le rendant ainsi immortel, mais le rituel ayant échoué, cela a rendu son esprit incomplet. L'esprit d'Ernest les attaque alors, mais il est détruit par Gray, qui possède une faux spécialisée dans l'élimination des morts-vivants. L'affaire étant close, Waver et Gray s'apprêtent à rentrer chez eux lorsque Waver exprime ses soupçons selon lesquels Mary aurait laisser Ernest d'accomplir le rituel en sachant qu'il échouerait. Mary admet que c'était le seul moyen d'échapper au traitement abusif d'Ernest à son égard.

Waver décide d'enquêter sur la raison pour laquelle son café préféré a dû fermé car cela affecte sa capacité à enseigner dans sa classe. Il découvre qu'une créature magique a endommagé le système électrique et détourne le courant. Il suit les traces de la créature dans les égouts de la ville où il est attaqué. Pendant ce temps, Gray devient inquiète lorsque Waver ne revient pas et demande à Flat et Svin de l'aider à le rechercher. Ils se dirigent vers les égouts où ils y retrouvent un Waver blessé qui les met en garde contre la bête. Svin ramène Waver chez lui pour y être soigné tandis que Gray et Flat suivent la créature tout en discutant sur la façon dont la classe de Waver a réussi à rassembler tous les marginaux de la Tour de l'Horloge qui n'ont pu trouver une place nulle part ailleurs. Ils réussissent à anéantir la créature et à découvrir l'atelier de Gurdoa Davenant qui détournait de l'électricité pour ses propres expériences. Waver et Svin reviennent ensuite, indiquant à Gurdoa qu'il a violé le plus interdit de l'Association des Mages qu'est le devoir du secret de la magie et que son détournement d'électricité a été enregistré par la compagnie d'électricité ainsi que les personnes tuées lors de ses expériences ont été portés disparus par les médias. Il présente ensuite un décret de l'Association des mages démettant Gurdoa de ses fonctions. Choqué, Gurdoa se rend sans se battre. Waver avoue plus tard à ses élèves qu'il bluffait en partie car il n'aurait pas pu vaincre Gurdoa dans une confrontation directe, mais il raconte qu'un « imbécile » lui a appris que montrer de la confiance peut donner des résultats favorables. Avec la réouverture du salon de thé, Waver déjeune avec Gray, Reines et Luviagelita Edelfelt, dont cette dernière informe Waver que les deux postes de l'Association des Mages pour la prochaine guerre du Saint-Graal ont déjà été pourvus.

Kairi Sishigō réanime un crâne en déclarant qu'il veut lui parler. À la Tour de l'Horloge, Waver accepte un travail d'un conférencier d'évocation spirituelle, Wills Peram Codrington, qui explique comment son père a créé l'atelier de Marbury dans un terrain vague, mais les alignements magiques se sont devenues détraqués, ce qui a provoqué des éclairs anomaux qui a tué plusieurs mages, dont son père, et une dizaine de passants. Avec la mort de Trevor, le conflit d'héritage qui en résulte entre les branches de sa famille ferait du mal à Bram Sophi-Ri, le prochain directeur d'évocation, pour lequel Waver a accepté de rendre service. Plus tard, dans un café, Bram et Reines parlent de l'obsession de Waver pour la guerre du Saint-Graal dont il serait même prêt à s'incliner devant Bram, qui est soi-disant en train d'essayer d'arranger sa participation. En se rendant à Marbury, Wills admet sur le chemin que la famille principale des Codrington a déposé une plainte au sujet de l'atelier auprès du département Sciences Po, qui ont envoyé Adashino. Celle-ci tente d'arrêter Wills à leur arrivée, affirmant qu'il avait causé la perturbation de l'alignement de force et la mort de son père ; une membre de la maison-mère, Waletta Codrington, affirme que les traces de Trevor sur sa dépouille ont été effacées, il ne peut donc pas être ressuscité pour répondre à des questions, ce que seul un nécromancien comme Wills peut faire. Comme il s'agit de preuves circonstancielles mais qu'une violente tempête empêche toute personne de partir, Waver obtient l'autorisation d'enquêter entre-temps. Dans le bureau de Trevor, Wills montre à Waver une fée à taille humaine qui les avertit d'un danger avant de disparaître. Il dit qu'elle a commencé à apparaître lorsque l'atelier a été achevé et chaque fois qu'elle venait « l'avertir », quelqu'un décédait. Waver se demande si Wild Hunt, un ordre de chevalerie féérique, est impliqué. Reines trouve un couloir caché et emmène Gray pour l'examiner. Elles y trouvent un cimetière souterrain qui force les yeux mystiques de Reines à s'activer. Kairi, un nécromancien et ami de Wills, apparaît lorsque leur présence ont attiré les esprits qui les ont pris pour des pilleurs de tombes. Il chasse les esprits et les ramène en lieu sûr. Waletta et Adashino discutent en privé, révélant qu'elles conspirent pour déclarer Wills coupable afin que le Marbury ne soit plus entre les mains de Bram et revient aux Codrington. En plein milieu de la tempête, Gray réveille Waver pour lui dire que Waletta a été tuée par la foudre.

Avec la mort de Waletta, Adashino est également convaincue que Wills est le coupable, mais Waver lui rappelle que son enquête n'est pas encore terminée. Alors que Gray et Kairi rassemblent des informations, ils sont attaqués par un chien noir féérique, que Gray abat. En se demandant pourquoi celui-ci avait ciblé Gray, Kairi en parle à Waver qui lui révèle sa véritable nature ; Gray est liée au roi Arthur et manie la lance Rhongomyniad de cette dernière, qui est camouflée en une faux pour protéger son identité. Waver se souvient alors des liens du roi Arthur avec les fées, il résout l'affaire et utilise un rituel pour invoquer Faye, la fée que Wills peut voir. Waver révèle que Trevor utilisait l'atelier Marbury en conjonction avec les yeux féériques de Wills pour assassiner secrètement des personnes et les transformer en de chiens noirs artificiels afin de lui permettre d'ouvrir un portail sur le pays des fées. Faye confirme la théorie de Waver et admet qu'elle a tué Trevor pour mettre fin à ses expériences et protéger Wills. Cependant, le rituel de Waver a réveillé les chiens noirs de Trevor qui commencent à attaquer le manoir. Gray active la véritable forme de Rhongomyniad pour les détruire mais cela ne referme pas le portail féérique. Wills sait que le seul moyen de fermer le portail est de le traverser et d'emporter ses yeux féériques de l'autre côté, il la traverse ainsi avec Faye. Par la suite, Adashino révèle que Wills n'est pas né avec des yeux féériques, mais qu'ils ont été obtenus par Trevor par l'intermédiaire de « Rail Zeppelin », un groupe clandestin spécialisé dans le commerce de yeux mystiques sur le marché noir. Le véritable motif de Sciences Po dans cette affaire était d'obtenir les documents de Trevor sur Rail Zeppelin dont Adashino fournit une copie à Waver. Pendant ce temps, Kairi conseille à Gray de surveiller Waver car son obsession pour la Guerre du Saint-Graal pourrait lui causer des ennuis.

Voyant que Waver est clairement troublé par la prochaine Guerre du Saint-Graal, Gray rencontre Reines pour lui demander ce qui est arrivé à Waver lors de la précédente guerre. Reines accepte de le lui raconter mais seulement si elle part faire les courses avec elle. Elles se rendent ensuite dans le plus grand magasin londonien, Carnac, où elles y rencontrent Luvia qui est devenue la nouvelle propriétaire des lieux. Les trois filles passent la journée à faire leurs courses jusqu'à ce qu'elles s'arrêtent pour faire une pause. Reines explique ensuite à Gray la nature de la Guerre du Saint Graal, ainsi que du fait que le Servant de Waver était Iskandar. Cependant, elle ne connaît pas tous les détails de ce que Waver a pu faire pendant la guerre. Soudain, les trois filles sont piégées dans un champ délimité, les confinant dans une version alternative du magasin. Reines et Luvia pensent toutes les deux que quelqu'un les cible, mais Gray indique que les enchantements de Luvia sur le bâtiment destinés à encourager les clients à acheter des articles ont peut-être mal fonctionné. Luvia les conduit au sous-sol où est stocké le cœur de son enchantement, un joyau incrustée dans une statue égyptienne. Luvia se fraye toute le seule un chemin à travers le système de sécurité automatisé du bâtiment et détruit la statue, les libérant du sortilège. Gray retourne auprès de Waver avec l'intention de lui faire un cadeau, mais ce dernier lui révèle que son plus grand trésor, un morceau de la cape d'Iskandar qu'il avait utilisé pour l'invoquer, a été dérobé par Rail Zeppelin. Il montre une lettre de Rail Zeppelin l'invitant dans leur train qui leur fait office de quartier général et demande à Gray de l'accompagner.

Waver, Gray et Caules se rendent au point de rendez-vous du Rail Zeppelin, où ils rencontrent Adashino et Olga-Marie Arsimilat Animusphere, la fille du Lord du département de l'Astronomie. Olga-Marie avertit Waver de ne pas s'immiscer dans les projets de l'Astronomie pour la vente aux enchères des yeux mystiques. Waver constate également la présence de nombreuses personnalités du monde magique dont celle de Callebaut Frampton de l'Église. Yvette L. Lehrman, une des étudiantes de Waver, est également présente en raison de ses liens familiaux. Pendant ce temps, Reines confie à Kairi et à Luvia la recherche du voleur du manteau d'Iskandar de Waver. Gray rencontre Yvette, qui constate qu'elle a du mal à lire ses émotions avec son œil mystique. Olga-Marie rencontre Waver et lui dit qu'elle croit que le summum des yeux mystiques, les yeux de l'arc-en-ciel, sera vendu aux enchères et demande son aide pour les obtenir, ce qu'il accepte. Adashino s'est entretenue avec Fernando. Gray commence à avoir le mal des transports et est aidée par Callebaut qui, par le biais de ses yeux mystiques, découvre son lien avec le roi Arthur. Gray lui confie qu'elle ne sait pas si elle est utile à Waver, mais Callebaut la rassure qu'elle lui est nécessaire. Waver confie alors à Gray qu'il sait que s'il ramène Iskandar, il est probable qu'il n'aura aucun souvenir de lui. Peu importe le résultat, il est déterminé à essayer de le découvrir. Soudain, ils découvrent que l'assistante d'Olga-Marie, Trisha, a été assassinée et décapitée.

Trisha Fellows est assassinée à bord du Rail Zeppelin. Lord El-Melloi II se charge de l'enquête, mais Olga-Marie a des doutes sur son mode de vie, qui est loin d'être celui d'un Mage. Pendant ce temps, Shishigou et Luvia, sous les ordres de Reines, mènent leur propre enquête. Le train de la collection Mystic Eyes reprend sa marche et un mystérieux personnage apparaît devant Lord El-Melloi II et Gray. L'assaillant qui s'abat sur eux avec une puissance écrasante est la matérialisation d'un Esprit Héroïque gravé dans l'histoire de l'humanité... Un serviteur.

Tout en prodiguant des soins à Lord El-Melloi II, gravement blessé, Gray et ses compagnons doutent de l'existence d'un serviteur dont le maître est introuvable. Shishigou et Luvia poursuivent leur enquête à Londres où ils rendent visite à Jean-Mario Supinerra et s'enquièrent d'un meurtre en série qui a eu lieu il y a sept ans. Le répit est de courte durée car la trajectoire du Rail Zeppelin a été modifiée, et le train plonge dans la Forêt des Apôtres Morts, l'Enfant d'Einnashe. Gray, inquiet pour Lord El-Melloi affaibli, décide d'aider le groupe de Karabo qui agit pour reprendre la progression du train. Par ailleurs, Melvin, qui est arrivé au Train de Collection des Yeux Mystiques après avoir entendu des rumeurs, se joint à l'entourage. Olga Marie, qui s'est barricadée dans sa solitude après avoir refusé d'aider Gray, trouve un "certain quelque chose" dans sa propre chambre.

Gray et le serviteur Hephaestion s'affrontent au sein de l'enfant d'Einnashe. Cependant, ils sont engloutis par une avalanche, ce qui les oblige à un cessez-le-feu. Alors qu'ils rengainent temporairement leurs armes, ils s'entretiennent de leurs idéologies sur les relations entre Maîtres et Serviteurs. Shishigou et Luvia découvrent que Trisha enquêtait sur les meurtres en série commis il y a sept ans et sur la guerre du Graal, et font le lien entre elle et le Rail Zeppelin. Alors que diverses spéculations s'entremêlent, Adashino commence à révéler ses propres déductions à la place de Lord El-Melloi II à bord du Mystic Eyes Collection Train...

Alors que les déductions d'Adashino se mettent en place, Lord El-Melloi II fait son retour. Il voit dans le témoignage de Gray un indice sur l'identité du véritable auteur du meurtre de Trisha et demande à Melvin de retarder le début de la vente aux enchères de Mystic Eyes. Son objectif est de demander l'aide d'Olga Marie et d'obtenir des preuves concluantes pour infirmer les déductions d'Adashino. Pendant ce temps, à Londres, Shishigou réunit Flat et Svin afin de procéder à certains préparatifs. Alors que chacun réfléchit à ses propres idées, la vente aux enchères de Mystic Eyes commence enfin.

Caules Forvedge est soudain appréhendé comme le coupable. Alors que Lord El-Melloi II interrompt la vente aux enchères de Mystic Eyes en dévoilant ses conclusions, Reines, qui est censé être toujours à Londres, se précipite à ses côtés. C'est ainsi que Lord El-Melloi II indique le nom du véritable coupable.

Quelques jours après l'incident du train de collecte de Mystic Eyes, un rituel solennel fut organisé à Modern Magecraft Theories pour célébrer l'accession de Svin au rang de fierté. Lord El-Melloi II regarda le rituel avec beaucoup d'émotion, car cette ascension au rang de fierté avait lieu alors que son élève n'était encore qu'un adolescent. Pendant ce temps, Gray n'arrivait pas à se débarrasser de l'inquiétude que lui causait le départ de Lord El-Melloi II vers des terres lointaines pour participer à la Guerre du Saint Graal. Alors qu'elle est plongée dans ses pensées, elle croise Melvin dans les rues animées à l'approche de Noël.