Accelerator, l'un des sept Niveaux 5, les espers les plus forts de la Cité académique, est en pleine convalescence et semble avoir gardé des séquelles de sa dernière confrontation. Une nouvelle organisation semble vouloir en découdre avec lui et prépare des moyens pour le vaincre.

Une lycéenne tente de se suicider, mais se retrouve à la merci d'un groupe de fanatiques se faisant appeler « DA ». Lorsqu'une jeune femme portant une photo de Last Order est poursuivie à travers l'hôpital, Accelerator décide de découvrir pourquoi.

Esther conduit Accelerator à l'entrepôt où elle était autrefois détenue, où ils rencontrent un "cercueil" plus avancé contrôlé par Hishigata. Accelerator essaie d'en savoir plus sur DA. Esther en dit plus sur le fonctionnement de sa nécromancie.

Accelerator affronte les deux membres de l'AD à la morgue de l'hôpital et reçoit l'aide d'une source inattendue. Lorsque DA gâche à nouveau une mission à l'hôpital, des plans se mettent en place pour les retirer de l'opération.

Alors que l'accélérator est mis à l'écart pendant que son électrode Misaka Network se recharge, Antiskill mène un raid sur une usine de suppléments utilisée comme façade pour DA. Pendant ce temps, les membres de Scavenger poursuivent leur mission d'éliminer DA.

Yomikawa tente de défendre Esther, Huotou et le clone des Sœurs des attaques de Scavenger, et apprend pourquoi ils sont si hostiles au personnel enseignant de la ville. Huotou se bat contre Naru, avec l'aide d'Esther, mais cela suffira-t-il ?

"Télécharger (limite de temps)" N'ayant pas réussi à obtenir le dernier ordre, Hishigata oriente plutôt ses efforts vers la sécurisation du clone kidnappé des sœurs afin d'obtenir les souvenirs de leurs 10031 décès afin de compléter sa formule. Esther supplie Accelerator de la prendre sous son aile.

Incapable de découvrir le secret pour atteindre le niveau 6, Hishigata tente une nouvelle approche en recrutant Esther Rosenthal, une nécromancienne. Esther et la sœur d'Hirumi, Hirumi, deviennent rapidement amies, mais le secret d'Hirumi peut compromettre cette amitié.

Alors que les cercueils d'Hishigata sont en route vers son laboratoire avec le clone des Sisters, Accelerator parvient à lancer une clé à molette dans leur opération. Hishigata complète sa formule en augmentant les capacités des cercueils, qui sont activés par l'accélérator.

Alors que Hishigata continue de saigner de son coup de couteau, Hirumi ouvre les yeux et semble être elle-même normale. Cependant, au fur et à mesure que sa transformation de niveau 6 progresse, il devient clair que tout n'est pas à propos d'Hirumi comme il y paraît.

Le corps d'Hirumi poursuit son horrible transformation, assimilant l'installation et grossissant. Esther est confrontée à la question de savoir ce qu'elle veut faire de sa situation et si elle peut devenir une héroïne.

Accélérator, Esther et les autres arrivent enfin près du corps principal d'Isaac, et se préparent pour le conflit final. Cependant, avec la charge de l'électrode de l'accélérator presque épuisée, ont-ils une chance de vaincre Isaac et de sauver la ville ?