Après avoir enterré maître Shôin à Hagi, Shinsaku et Katsura sont de retour à Kyoto. Ils étaient bien loin d'imaginer qu'à leur retour, ils tomberaient sur un adversaire de taille : Mugensai, deuxième du nom…

Un feu follet a été vu à Kyoto ! Son apparition serait-elle liée à l'Horloge ?

Après l'incident du feu follet, Katsura décide de creuser du côté du surnaturel pour trouver une piste sur l'Horloge. Il va faire équipe avec Izô.

Alors qu'il réussit à attraper l'Horloge, Sôji tombe dans une faille temporelle.

Alors que l'Empereur décide d'aller faire une course seul, Kasumi et Hyô jouent les gardes du corps invisibles et tentent de remplacer son sens de l'orientation pour le moins perfectible.

Shinsaku et Ryôma sont les seuls à pouvoir bouger dans un Kyoto où tous les gens se retrouvent figés soudainement. L'Horloge est sans doute derrière tout ça !

Seimei décide de montrer la naissance de l'Horloge à Takasugi de façon peu commune.

Alors que Ryôma se demande quoi faire de l'Horloge, Yoshinobu tente de faire avancer les choses à sa façon.

Alors que Mugensai se réjouit de la capture de l'Empereur, une chose innatendue se produit. Il ressent à nouveau la présence de l'Horloge…

Alors que Shinsaku, Katsura et Yoshinobu viennent délivrer l'Empereur, des rencontres inattendues les attendent aux cachots.

Mugensai est complètement englouti par l'énergie maléfique de l'Horloge. Il décide de mener à bien son plan avec un allier de taille : la forteresse Susano.

« Je ne te laisserai pas aller plus loin !! » Mugensai fusionne avec le dieu géant Susanoo et envahit l'étang d'Ogura. Takasugi, Katsura, Yoshinobu et le Shinsengumi s'opposent résolument à l'ambition de créer un monde de guerre. Même si vous vous blessez ou tombez, votre volonté ne changera jamais ! La crise insoluble qui a longtemps joué avec les patriotes est enfin terminée !! Quelle sera l'issue des sentiments de chacun autour de Jishingi ? Et quelle est la nouvelle ère qui nous attend devant ce destin ?