Red, ainsi que son rival Blue, se lancent dans un périple dont le but est de compléter le Pokédex et réaliser ainsi le rêve du Professeur Chen. On y suit les débuts du jeune dresseur jusqu'à son premier badge.

Red arrive à Lavanville où on lui raconte les mésaventures d'un bébé Osselait et de sa maman Ossatueur victime d'une organisation maléfique, la Team Rocket. Il décide d'en savoir plus sur ces criminels.

Red arrive à Safrania et découvre que la Team Rocket a investi les lieux bien avant lui, mais ce qui l’attend à Jadielle pourrait bien être encore plus surprenant.

Après avoir traversé la Route Victoire, Red affronte le Conseil 4 puis son Maître. Il est également sur le point de compléter son Pokédex. À la fin de l'épisode, son Dracaufeu réalise également une Méga-Évolution et combat le 150ème et « dernier » Pokémon : Mewtwo, afin de le capturer.