Suite à une opération de police qui a mal tourné, Samuel Kepler, un flic à la santé mentale chancelante, est mis au vert au commissariat de Calais où il tente de se reconstruire avec sa femme Anne et leur fille Marion. Affecté à un simple travail de bureau, Kepler pense tenir ses démons à distance. Mais une disparition bouleverse tout : celle de la fille du patron d’Anne, Lucie Martel. Kepler fait équipe avec Alice Haddad, une jeune flic locale, pour mener l’enquête. Énergique et dotée d’un caractère trempé, Alice connaît Calais comme sa poche. Kepler, sous traitement, garde le contrôle malgré quelques alertes. Le corps de Lucie Martel est finalement retrouvé sur l'ancien terrain de la jungle de Calais.

Alors qu'ils enquêtent sur la jeune victime, Alice Haddad s'interroge sur les malaises de son supérieur, le commandant Samuel Kepler. Il n'a rien révélé sur son passé mais il apprécie le travail d'Alice et lui demande d'abandonner son uniforme. L'autopsie révèle que Lucie est morte d'une overdose et Samuel pense que l'on fait tout pour faire accuser des migrants. De son côté, Alice prépare le concours pour être lieutenant.

Après avoir découvert sa fille chez Mathias, l'ex petit ami violent de Lucie Martel, Kepler a laissé sortir Ragen. Le lendemain, il se réveille sur une plage et Mathias est retrouvé mort. Doutant de lui même, Kepler enquête sur sa nuit alors qu'Alice devient méfiante. Tout accuse Kepler. Par ailleurs, Kepler a perdu pied, les «passagers» ne communiquent plus avec lui. Il n'a plus de médicaments...

Alice a arrêté Kepler, mais la découverte du sens donné aux postures des statues, c'est-à-dire la référence à la statue des bourgeois de Calais de Rodin, et le fait que le tueur vise les parents de ses victimes, reforme le duo. Alice et Kepler comprennent que Mokart, le sous-préfet, sera la prochaine cible et sa fille la prochaine victime. Parallèlement, Kepler passe un pacte avec ses «passagers» pour qu'ils chassent le thérapeute. Il commence à composer avec eux, mais finit par reprendre ses médicaments...

Kepler et Alice ont retrouvé Mokart, le père de la dernière victime. Les policiers se doutent que les pères ont chacun commis un acte atroce, que le tueur veut leur faire payer. Mokart subit un interrogatoire poussé, mais Kepler ne peut poursuivre ses investigations. Il vient d'être démis de ses fonctions par son chef, alerté par le psychologue. Il poursuit malgré tout son enquête en faisant appel à ses autres personnalités. Il arrête son traitement...

Alice a été enlevée par le tueur. Kepler a découvert le charnier prouvant le crime des parents et remonte la piste d'une jeune fille survivante qui va le mener jusqu'au tueur. Par ailleurs, Kepler fait le choix de reprendre le contrôle sur sa maladie...