Alors que Mathilde, fille de l'industriel et baron d'Empire Eugène-Victor Kempf, vient d'épouser le comte Charles de La Tour, la guerre franco-prussienne de 1870 éclate et son jeune époux est appelé sous les drapeaux français. Peu après, il meurt au champ d'honneur, tandis que l'Alsace est annexée à l'Empire allemand. Mathilde de la Tour décide alors de rester en Alsace et de conserver farouchement son identité française. De son court mariage avec Charles de La Tour, elle a eu un fils prénommé Louis (en référence aux rois de France) qui grandit dans l'Alsace devenue allemande. Le bilinguisme du garçon et le fait que, contrairement à sa mère, il ne rejette pas violemment la culture allemande les oppose. L'épisode se termine en 1894 : l'Alsace est toujours allemande tandis que Louis étudie le droit à Strasbourg et s'éprend de la fille du général prussien von Wismar-Marbach, Friederike.

Le grand-père Kempf décède en 1904, après avoir demandé que son petit-fils relève son nom. Contre l'avis de sa mère qui la rejette en raison de ses origines, Louis de la Tour, devenu « Kempf de La Tour », décide d'épouser Friederike dont il a deux fils, Karl et Édouard. Il prend alors la direction de l'usine familiale Kempf, puis est par la suite nommé ministre de l'économie du gouvernement régional d'Alsace. L'un de ses fils, Karl, fait des études de droit à Heidelberg tandis que l'autre, Édouard, entre à Polytechnique. En 1914 : la Première Guerre mondiale éclate. Mathilde qui attendait fermement cette revanche depuis 1870 voit ses deux petits-fils combattre dans chacun des camps ; en effet, Karl, est enrôlé dans l'armée allemande tandis qu'Édouard rejoint son régiment à Paris. Début 1919, alors que la guerre est finie et que l'Alsace est redevenue française, Édouard revient blessé du front, tandis que Karl est porté disparu… On apprendra le soir où un émissaire du Maréchal Foch remet la Légion d'honneur à titre militaire à Mathilde pour ses années de lutte contre la présence allemande qu'en réalité Karl est tombé au Chemin des Dames en 1917. C'est alors que Mathilde, effondrée, se réconcilie enfin avec sa belle-fille Friederike.

Après l'avoir promis à sa grand-mère Mathilde sur son lit de mort, Édouard Kempf de La Tour épouse Alexandra en 1919. Ils auront deux enfants : Louis-Charles et Pauline. Louis-Charles est le narrateur de la saga familiale. Albert Laugel, le petit-fils de l'aubergiste d'Alsheim, a fait des études grâce à l'aide de la comtesse Mathilde et est devenu médecin. Auparavant, en 1914, refusant d'être enrôlé dans l'armée allemande, il passe clandestinement en France avec Édouard et combat dans l'armée française. À son retour, il devient maire et député catholique, et épouse une jeune orpheline, Katel. La France déçoit les Alsaciens, car dans l'administration, il y a une chasse aux "boches", tandis qu'à l'école encadrée par des instituteurs radicaux-socialistes du Sud-Ouest, tout usage de l'allemand ou de l'alsacien est interdit maladroitement et brutalement et l'instruction religieuse est supprimée. En réaction au jacobinisme et à la défiance française vis-à-vis des Alsaciens, un mouvement autonomiste se crée : le Heimatbund ; il est composé d'Alsaciens sincères, comme Albert Laugel, mais aussi infiltré d'éléments pro-allemands. Le jour de Noël 1937, le préfet de Strasbourg fait arrêter Albert Laugel, avec plusieurs dirigeants du Heimatbund… Des réfugiés juifs persécutés par Hitler arrivent à Strasbourg dès 1936. Parmi eux, Rachel Bernstein, qui a étudié la médecine à Berlin. est embauchée comme assistante par Albert Laugel et devient sa compagne. Pendant ce temps, le jeune Louis-Charles Kempf de La Tour et sa sœur sont embrigadés dans les jeunesses hitlériennes et fascinés par "l'Allemagne nouvelle : la jeunesse, le sport, la force".

Sous la terreur allemande, l'Alsace vit ses heures les plus tragiques. En 1943, Albert Laugel est devenu le chef de la Résistance en Alsace, sous le pseudonyme de Kellermann. Il a un rendez-vous avec "Mathilde", responsable de la zone Est, envoyée par de Gaulle. Il découvre avec stupeur que cette seconde "Mathilde'" n'est autre que Katel, la femme dont il s'est séparé. Elle lui donne l'ordre de partir pour la France avec Rachel. "Mathilde" arrêtée par la Gestapo se donne la mort en avalant une capsule de cyanure avant d'être interrogée. Maître Anselme Wahl, ayant infiltré le parti nazi sur ordre de 'Kellermann' est contraint d'identifier le corps de sa sœur Katel sans broncher, ce qui ne manque pas de choquer profondément le jeune Louis-Charles, qui est son assistant. À Strasbourg, il rencontre son cousin prussien Manfred von Wismar, as de la Luftwaffe, qui a fini par mépriser les politiques et l'idéologie du IIIe Reich. Hitler mobilise 130 000 Alsaciens : ce sont les Malgré-Nous. Louis-Charles Kempf de la Tour et Peter Imhof prennent le maquis. Mais les Allemands font pression sur les familles des réfractaires. Les deux hommes, comme de nombreux Alsaciens, et parce que l'Allemagne s'en méfie, sont incorporés dans la SS sur le front russe. Là, ils sont tous deux fait prisonniers par l'armée soviétique et séjournent dans le camp de Tambov en Russie pendant plusieurs années. Après 1945, les Alsaciens n'ont pas fini de voir leur conscience tourmentée : le film s'achève avec le procès des milliers de Malgré-nous, considérés par les Français comme des collaborateurs, ainsi que des Alsaciens incorporés de force dans la SS et ayant pris part à l'horreur d'Oradour-sur-Glane.