Les baleines se séduisent en chantant. Ce n'est pas toujours facile, surtout pour Barnabé, jeune baleineau timide. Mais nos héros sont là pour l'aider à composer sa chanson. Et quand Barnabé et sa belle se retrouveront échoués, Neptuna et ses amis viennent encore à leur secours.

Les Hydronautes rencontrent Corky, un orque épaulard. Mais Corky n’est pas tout à fait un orque comme les autres. Il vivait avant dans un parc d’attraction et ne sait pas se débrouiller tout seul. Neptuna, avec l’aide de son équipage essaye de lui faire retrouver ses instincts… A ses risques et périls !

Parce que la banquise fond, et que la chasse est difficile, Albert l’ours polaire vient chercher à manger à bord de l’Hydronica. Il effraye l’équipage. Mais quand il s’agit d’aller sauver une maman baleine et son petit, Neptuna et les Hydronautes s’allient à cet ours si savant.

Le corail se prépare pour un mystérieux évènement. Tout se passerait bien si Ponto n’avait pas la poisse ! Quoiqu’il fasse, il fait une bêtise et dérange le corail. Neptuna et Balty essayent de le convaincre que la malchance n’existe pas. Mais ils doivent surtout réparer ses erreurs.

Il n’y a pas que Ponto et Balty qui aiment jouer à cache-cache. Certains petits animaux marins se cachent sous des bois flottants pour se protéger des prédateurs. Quand Balty essaye de suivre leur exemple, il se cache avec d’autres poissons sous un bois qui ne dérive pas. Le refuge se transforme alors en piège. Ponto trouvera-t-il Balty à temps pour l’aider ?

Les Hydronautes veulent observer des baleines franches. Mais elles se cachent, effrayées par les mouettes, beaucoup trop nombreuses dans la région. Comment réconcilier baleines et mouettes ? Demandez à Ponto, après tout, lui aussi est une mouette…

Les dauphins vivent en groupe pour mieux protéger leurs petits des dangers de la mer. Et ils ne protègent pas seulement leurs petits, ils peuvent aussi venir au secours de Ponto ! Mais les dauphins vont aussi avoir besoin de l’aide des Hydronautes.

Balty est persuadé d’avoir vu un fantôme. A bord, personne ne veut le croire, surtout pas Ponto ! Tout le monde sait que les fantômes, ça n’existe pas ! Et si Balty avait vraiment vu quelque chose au fond de l’océan, quelque chose comme une méduse?

Ponto et Balty se chamaillent à bord de l’Hydronica. Chacun pense que l’autre prend toute la place. Un peu comme chez les crocodiles… Pendant que Neptuna aide Jonas, le crocodile à trouver un autre territoire, Balty fait la connaissance d’Odile, une maman crocodile qui a besoin de son aide…

Les Hydronautes rencontrent Pablo, le gardien d’une gigantesque forêt d’algues. Mais Pablo est tout seul pour s’occuper de sa forêt d’algues. C’est beaucoup trop de travail ! Neptuna et son équipage partent à la recherche de dames loutres pour aider Pablo et sauver la forêt. Mais les dames loutres sont plutôt exigeantes et difficiles à convaincre.

Ponto en est sûr, aujourd’hui Balty va rencontrer la mammifère de sa vie. En la cherchant, les Hydronautes rencontrent beaucoup d’animaux marins, mais pas le moindre mammifère… Mais attention à la marée qui remonte très vite et peut se révéler très dangereuse !

Neptuna a perdu la mémoire. Obo ne connaît aucun remède. Un poisson leur confie que les hippocampes peuvent soigner de nombreuses maladies. Quelle chance, cette partie de la mer est habitée par les hippocampes. Il ne leur reste plus qu’à en attraper un ! Et si ce poisson s’était trompé ?

Balty est sûr de ce qu’il a entendu : Neptuna veut rentrer sur sa planète sans les prévenir ! Et quand Ponto croit voir un autre vaisseau extra-terrestre, il est persuadé que les amis de Neptuna viennent la chercher ! Il est temps d’agir. Mais en guise d’extra-terrestre, Ponto et Balty vont rencontrer des raies manta et un poisson rémora !