Sur les ordres du Docteur Hell, le Baron Ashura attaque le Japon en utilisant une armée de monstres mécaniques. Mais cette attaque est contrée par Kôji Kabuto et son robot géant, Mazinger Z. En dépit de l’arrivée de ses alliés, Great Mazinger, Boss Borot et Aphrodia A, Mazinger Z ne peut résister face à l’armée d’Ashura, supérieure en nombre. Celle-ci parviendra à s’emparer de Mazinger Z, Kôji étant quant à lui porté disparu. Modifié par le Docteur Hell et renommé « Ashura Mazinger » ( Evil Mazinger ), Ashura l’utilise pour mener une offensive contre le laboratoire Photonique. Bien que Great Mazinger ne soit pas encore réparé, son pilote Tetsuya Tsurugi tente de le défendre, mais sans succès. Alors que sa vie ne tient qu’à un fil, toute l’armée d’Ashura est décimée par un mystérieux robot géant, dont la puissance semble infinie …

Après avoir réduit l’armée d’Ashura au silence, le mystérieux robot entreprend désormais de détruire le Laboratoire photonique. Great Mazinger essaie de s’interposer, mais ne peut pas résister. Arrivant sur les lieux, Sayaka implore son pilote de stopper son attaque. Ce pilote n’est autre que Kôji. Après avoir repris conscience, Kôji explique à ses amis les circonstances dans lesquelles il a découvert le Mazinkaiser, l’ultime création de son grand-père. Mais le robot, qui prend ses ordre directement depuis l’esprit de son pilote, est si puissant que Kôji ne pourrait ni le piloter, ni l’utiliser efficacement et en toute sécurité. De son côté, Ashura reprend l’initiative et attaque la ville voisine. Il se retrouve en position de force malgré l’intervention de Great Mazinger et de ses alliés et menace de tuer Sayaka si Kôji ne lui livre pas Mazinkaiser …

Les plans de conquête du Docteur Hell sont contrariés par l’apparition de Mazinkaiser. Mais Ashurra a déjà préparé un nouveau plan : utiliser ses trois filles ( en fait trois androïdes dont la seule fonction est de tuer ) pour supprimer Kôji. En effet, s’il venait à disparaître, Mazinkaiser ne servirait plus à rien. Après qu’elles s’en soient pris à Boss par erreur, le professeur Yumi et Sayaka interdisent à Kôji de quitter le laboratoire tant que la situation restera en l’état. Cependant, las de rester cloîtré, il décidera cependant d’ignorer ce conseil et d’aller les débusquer …

Alors que toute la troupe est en vacances au bord de la mer, Ashura kidnappe Sayaka et décide de l’humilier publiquement, en découpant son maillot de bain ( non, ce n'est pas une blague ! )si Kôji ne lui livre pas Mazinkaiser. Emmenés à bord du sous-marin « Salude », il parvient cependant à s’échapper avec l’aide de Boss et à secourir Sayaka. Parvenus à reprendre le contrôle de leurs robots respectifs, ils parviendront sans grande difficulté à vaincre leurs adversaires. Cet épisode est de loin le plus ridicule et le plus décevant de toute la série de par son humour ( très ) « en-dessous de la ceinture ».

Le Docteur Hell commence a perdre patience devant les échecs répétés d’Ashura. La créature mi-homme / mi femme met au point un nouveau plan. Il attaque le professeur Yumi et son assistante et décide de prendre sa place. Il ignore cependant qu’une fête d’anniversaire donnée en l’honneur du professeur a été préparée. Déstabilisé et perdant patience, il lance une attaque contre le laboratoire, qui se solde par un échec. Il se retrouve ensuite emprisonné par le Docteur Hell, bien décidé à s’occuper de Mazinkaiser lui-même. Il fait pour cela appel à un nouveau type de monstre, à l’aspect organique ( Monstres guerriers de Mykène ), qu’il va utiliser en lieu et place des monstres mécaniques.

Le Docteur Hell lance un assaut de grande envergure contre le laboratoire photonique, utilisant notamment un monstre organique pour infecter l’organisme du robot Venus Ace ( que pilote Sayaka depuis le troisième épisode ). Celui-ci ne tardera pas à se retourner contre Kôji et ses compagnons. Une nouvelle attaque lui permet également de captuer Kôji et les autres. Grâce à Boss et à son Boss Borot qui font diversion, Kôji parvint à prendre le contrôle de Mazinkaiser, mais il doit faire face peu de temps après à un nouveau monstre mécanique d’une puissance considérable et capable de voler …

Après s’être débarrassé de Mazinkaiser en l’envoyant dans le cratère d’un Mont Fuji désormais entré en éruption, le nouveau monstre mécanique se lance à la poursuite de Boss, Sayaka et des autres. Il s’apprête à en finir lorsqu’un événement inattendu se produit avec le retour de Great Mazinger. Après avoir emmené tout le monde à l’abri, Jun explique qu’il s’agit du véritable Great Mazinger, le précédent n’étant qu’un prototype. Le petit groupe découvre également le Kaiser Scrander, qui permettra désormais à Mazinkaiser de voler. Tandis que Great Mazinger s’occupera de détruire les dizaines de monstres mécaniques envoyés par le Docteur Hell, Kôji et Mazinkaiser décident d’aller défier celui-ci au cœur même de sa base …