Toute la famille Buxton attend avec impatience la naissance d’un nouvel enfant. Hélas, Lady Buxton succombe en mettant au monde la petite Jane. Trois ans plus tard, Lord Buxton prend pour épouse Margaret, qui s’installe au Château de Glénar avec son fils, William. Agé de onze ans, celui-ci est un enfant jaloux et coléreux qui, à l’exception de Jane, prend aussitôt en grippe sa nouvelle famille et les choses ne vont pas en s’arrangeant lorsque sa mère décède peu après. Les années passent et Jane est devenue une adolescente espiègle et pleine de vie. Son grand rêve au grand désespoir du fidèle et brave majordome, Chambellan : construire une machine volante...

Au cours d’un colloque, George présente ses recherches et parle de l’Azurium, une substance qui serait capable de faire flotter dans les airs n’importe quel objet. Mais seul Christopher Barsac, recteur de l’académie des sciences, semble s’intéresser à sa thèse. Pendant ce temps, Lord Buxton constate que William s’est livré à des malversations financières au sein de la banque familiale. Alors qu’une dispute éclate entre les deux hommes, George apprend qu’il est invité par Barsac à rejoindre l’expédition en Orient, une mission secrète dont l’objet est la quête de la fameuse substance…

Le départ de George en Orient s’accompagne de la disparition sans explication de William. Quelques semaines plus tard, une lettre informant que George a été exécuté pour avoir commis un acte de trahison envers la Couronne arrive à Glénar. C’est le début d’une période noire pour la famille Buxton dont la banque est mystérieusement cambriolée. Accablé par les soupçons qui pèsent sur sa famille, Lord Buxton se retrouve alité. Quelque temps après, Jane reçoit une lettre anonyme accompagnée d’une mystérieuse pierre bleue qui libère une substance plus légère que l’air…

Persuadée que George est toujours en vie, Jane décide de partir à sa recherche. Ayant convaincu Chambellan de se joindre à elle, elle fait ses adieux à Kate et à son père, dont l’état de santé est toujours très préoccupant. Sur le port où un paquebot doit les mener vers l’Orient, Jane remarque un individu suspect en train de rôder autour des bagages. Son intervention empêche le vol et la met en présence d’un intrépide petit chien et de Barsac qui part aussi incognito sur les traces de George…

Considérant que Banché a commis une faute grave, le Capitaine Karl décide de le congédier jusqu’à nouvel ordre. Jane, peinée que le garçon soit puni à cause d’elle et qu’il renonce à son ambition de devenir marin, tente de le faire changer d’avis en lui faisant part de son propre rêve. Elle l’implore alors de lui montrer la salle des moteurs du navire afin qu’elle puisse s’en inspirer lors de la construction de sa future machine volante. Durant cette même nuit, une passagère se fait dérober ses boucles d’oreilles. Elle s’empresse d’accuser Jane et Banché, qu’elle a vu errer sur le navire mais Barsac prend leur défense…

Au moment d’acheter les billets pour le train qui doit les amener vers l’Orient, Jane et Chambellan apprennent avec stupeur qu’il ne reste plus de places disponibles avant la semaine suivante. Heureusement, Barsac leur propose de partager son compartiment. Alors qu’ils se présentent enfin officiellement, Jane méfiante annonce qu’elle se nomme Jane Stuart et qu’elle rend visite à son frère. Durant le voyage, le groupe se porte au secours de Miria et de sa mère qui souffrent d’une étrange fièvre…

Jane et Chambellan se rendent au bazar pour faire des provisions et trouver un guide pour continuer leur voyage dans le désert. Dans la foule, Chambellan perd Jane de vue mais un jeune garçon du nom de Sabri lui propose de lui indiquer le chemin pour la retrouver. En réalité, il l’emmène dans une allée déserte où lui et ses amis lui soutirent son portefeuille. Heureusement, Jane et Comète arrivent sur ses entrefaites et récupèrent le bien. Furieux, Sabri s’échappe. Jane se liant d’amitié avec les autres jeunes de la bande, les rejoint dans le clocher où ils vivent, les bras chargés de nourriture…

Jane se passionne pour le fonctionnement des chars des sables et tente d’en piloter un. L’essai n’est pas concluant et le char s’écrase en bas d’une dune. L’équipée doit s’arrêter le temps pour leurs deux pilotes, Abbas et Ali, d’effectuer les réparations. Pendant ce temps, la chaleur du désert ne réussit pas à Chambellan qui souffre d’une sérieuse insolation. Jane le soigne avec dévouement.

Grâce à Abbas, qui n’était pas si mauvais, Jane, Chambellan et Sabri arrivent à s’échapper. Mais le vent tombe et ils se retrouvent immobilisés au milieu du désert, sans vivre et sans eau. Ils sont au bord de l’épuisement quand Sabri découvre tout prêt d’eux une malle contenant de l’eau et des victuailles. Jane est persuadée qu’elle leur a été envoyée depuis les airs. Sabri ne comprend pas l’obsession de Jane pour les machines volantes mais Chambellan lui raconte son histoire et Sabri réalise combien Jane a souffert de l’absence de sa mère…

A bord de l’Armadillo, tout le monde vaque à ses tâches habituelles. Jane souffre beaucoup de ne pas pouvoir se rendre utile. Elle réussit à convaincre ses amis de se porter volontaires pour aider l’équipage. Barsac affecte Chambellan et Sabri en salle des machines et Jane, à son grand désarroi, en cuisine. L’expérience se révèle un désastre des deux côtés. Willy, le chef cuisinier et Duncan, l’ingénieur en chef, viennent chacun supplier Barsac de faire cesser tout cela. Jane demande à Barsac de leur laisser une seconde chance et lui suggère d’inverser les rôles. Barsac finit par accepter…

Le vent est tombé et l’Armadillo est à l’arrêt. Duncan en profite pour faire une révision générale des moteurs car la route à venir, une zone rocailleuse et de sables mouvants, mettra la mécanique à rude épreuve. Finalement, une fois reparti, le capitaine mène le vaisseau à bon port. L’expédition s’arrête alors quelques temps pour accorder du repos à l’équipage. Jane, sur le pont, aperçoit alors sur le haut d’une falaise, ce qui ressemble à une épave de bateau. Elle part en exploration puis revient avertir Barsac. Celui-ci constitue immédiatement une équipe pour aller visiter l’épave qui se nomme Raijin, le dieu de la foudre…

Le village des Hannan est régulièrement attaqué par une bande de pillards qui se déplacent en luges mécaniques. Camille, qui a les fonctions de chef du village, décide de s’en débarrasser. Partie en reconnaissance, elle voit l’Armadillo, temporairement échoué dans les sables et, pensant qu’il s’agit là des pillards, lance ses hommes à l’attaque. Grâce à Jane qui empêche les soldats de tirer, Camille se rend compte de son erreur et vient parlementer. Elle explique que ces bandits sont basés dans une ville mystérieuse appelée Neo City, qu’ils pillent régulièrement le village et enlèvent les habitants pour les emmener avec eux. Barsac et Marcenay lui proposent leur aide…

La lune est pleine et les pirates attaquent. Mais à la stupéfaction générale, ils arrivent du haut de la falaise et leurs "luges" sont en réalité des engins volants. La bataille prend un tour imprévu quand, à l’insu de tous, Morilire fait sauter la porte du village à la dynamite. Les pillards ont la voie libre pour entrer dans le village. Malgré ses réticences, Barsac finit par faire usage des canons de l’Armadillo. Java, le chef des pillards, qui ne veut pas s'avouer vaincu, poursuit Camille…

L’Armadillo arrive à l’entrée d’une immense forêt luxuriante. C’est avec regret que Jane et ses compagnons se séparent de l’équipage du cuirassé pour poursuivre le trajet à pied guidé par Morilire. Décidé à faire tout son possible pour les empêcher d’arriver à destination, ce dernier profite de la nuit pour faire fuir les chevaux. Il est surpris par Comète mais, à l’exception de Sabri, n’éveille aucun soupçon de la part des membres du groupe. De son côté, Jane s’interroge sur les véritables intentions de Barsac…

Après la fuite de Morilire, Sabri offre ses services pour guider le groupe vers Tarmer. Ils ne tardent pas à atteindre les plaines où un triste spectacle s’offre à eux : un immense charnier humain, manifestement les membres d’une précédente expédition. Tandis que chacun s’affaire à creuser des tombes, un soldat à bout de nerf déserte. Il est rapidement rattrapé et condamné à mort selon le règlement militaire. Jane tente en vain de s’interposer. Alors qu’il est sur le point d’être exécuté, une étrange machine volante fait son apparition dans le ciel et se met bombarder violemment le groupe…

Jane est bouleversée. Son rêve vole en éclat lorsqu’elle prend conscience que une machine volante peut devenir un outil mortel. Barsac tente de la réconforter puis lui confie le véritable objectif de sa mission: la quête de l’Azurium. A son tour, Jane lève les secrets en révélant sa véritable identité et montrant l’étrange sable bleu qu’elle a reçu. Sur les conseils de Marcenay, le groupe se sépare. Tandis que Jane et ses amis poursuivent leur route vers Tarmer pour découvrir si la tombe de George s'y trouve ou non, Barsac et ses hommes espèrent découvrir l'emplacement de Neo City…

Jane et ses amis sont capturés puis emprisonnés à bord de la machine volante. Jane ne peut s'empêcher d'être fascinée par ce baptême de l'air inattendu. Peu après, nos amis apprennent qu'ils font route vers Neo City où Harry Killer les attend. Morilire ne comprend pas pourquoi son chef a tellement insisté pour que les prisonniers soient traités avec les plus grands égards. Jane est persuadée que seul George est capable de construire un tel vaisseau. Dans un mélange d'espoir et de crainte, elle se demande si Harry Killer et lui ne pourraient pas être la même personne…

En arrivant à Neo City, Jane espère que Harry Killer soit en fait son frère George mais en voyant sa stature, elle comprend que ce n'est pas possible. Après avoir fait emmener Chambellan, Sabri et Comète en cellule, Harry montre fièrement sa ville à Jane et lui présente Jeanne, une fille de son âge. Celle-ci lui fait découvrir toutes les merveilles technologiques de Neo City à bord d'une petite machine volante. Initialement effrayée, Jane est vite charmée. Néanmoins, elle reste méfiante, surtout lorsque Jeanne lui vante les mérites de Neo City, la Cité du bonheur…

Barsac et ses hommes prennent d’assaut un avant-poste de Neo City. L’alerte est rapidement donnée et des troupes arrivent en renfort, avec à leur tête Morilire. Après avoir détruit la base, Morilire fouille les décombres et se retrouve soudain cerné par les hommes de Barsac. Ces derniers apprennent que Jane est retenue prisonnière à Neo City et qu’elle mourra si le vaisseau ne rentre pas. De son côté, Comète s’échappe de la cellule où il était enfermé avec Sabri et Chambellan et parvient à retrouver sa jeune maîtresse…

En s'échappant, Jane découvre que le Professeur Kamale n'est autre que son frère George. Néanmoins, elle n'a pas le temps de lui parler car les hommes de Harry interviennent et la ramène dans sa chambre. George ne comprend pas l'attitude de Harry. Ce dernier lui assure qu'il ne lui avait pas parlé de l'arrivée de Jane pour lui en faire la surprise. Il lui demande de se consacrer à ses recherches sur l'énergie élémentaire et lui assure qu'une fois qu'il aura terminé, il sera libre de voir Jane à loisir. Pendant ce temps, Jane dit à Jeanne qu'elle a vu les ouvriers de l'usine traités comme des esclaves…

Nos amis tentent de s’enfuir de Neo City, sous un feu incessant de balles. Jane, accompagnée de Sabri et Comète, s’empare d’une machine volante et quitte tant bien que mal la cité, sous le regard stupéfait de George et Jeanne. Ses compagnons sont, de nouveau, arrêtés et jetés en prison. Furieux, George exige des explications sur la présence de Jane à bord d’une machine volante en flammes. Harry ment en lui expliquant qu’il ne s’agissait que d’un banal incident et que Jane est saine et sauve. Il en profite pour le relancer sur ses travaux de recherche en insistant sur les bienfaits qu’ils apporteront à l’humanité...

Tout en échappant à la patrouille de Morilire, Jane et Sabri tentent de gagner Neo City à bord du "Jane XVI". Malheureusement, leur réserve d’Azurium est trop petite et ils ne tardent pas à s’écraser en plein désert. Apercevant un énorme vaisseau déposant un flot de travailleurs au pied d’une montagne, ils décident de se mêler à la foule et pénètrent au cœur de la montagne où ils découvrent une mine d’Azurium. Repérés par les gardes, ils parviennent à s’enfuir par un conduit d’aération. Ils décident de se séparer: Jane doit rejoindre George tandis que Sabri doit délivrer leurs amis…

Suite au spectacle dont il a été témoin dans l’usine, George déclare qu’il abandonne ses travaux sur l’énergie élémentaire. Furieux, Harry menace de tuer Jane s’il refuse d’obtempérer. Le masque tombe alors, révélant qu'Harry Killer n’est qu'autre que William, le demi-frère de Jane et George. Flash-back: Tout commença lors du départ de George pour l’Orient. William, ayant discrètement filé l’expédition, fit semblant de croiser George par hasard lors d’une étape dans une petite ville. Il lui proposa de mettre généreusement sa caravane à la disposition de

Jane, Jeanne et George sont de nouveau séparés. George, consigné dans son laboratoire sous la surveillance de Kéra, est contraint d’achever ses travaux sur l’énergie élémentaire au plus vite. Sabri parvient à délivrer Barsac, ses compagnons, ainsi que Jeanne qui leur révèle alors l’incroyable histoire d’Harry Killer. Grâce à elle, Sabri se faufile discrètement jusqu'au laboratoire de George et lui demande son aide pour faire libérer tous les travailleurs forcés. George lui fait part de son plan…

Neo City s'effondre. Sous la panique générale, Barsac fait évacuer les prisonniers et demande à Jeanne de les conduire chez eux. Pendant ce temps, Harry Killer prend le large à bord de son énorme vaisseau en emmenant Jane et George avec lui. Embarquant dans un petit module, Barsac, Sabri, Chambellan et Marcenay parviennent à se propulser à bord du "Prodigieux". Juste avant d'être repérés, ils assistent avec effroi à la folie d'Harry qui utilise l'énergie élémentaire pour détruire les vaisseaux de ses anciens citoyens…

Kéra réalise que Harry Killer n'a que faire de lui. Furieux, il sabote un peu plus "Le Prodigieux" et s'assure ainsi que personne ne pourra fuir avec. Comprenant que le vaisseau est perdu, Harry essaye, sans succès, de séparer l'avant. George tente toujours de le raisonner mais son intervention est vaine et semble énerver un peu plus son demi-frère qui accuse la famille Buxton d’être à l’origine de son malheur. Conscient du danger que Jane encourt à rester plus longtemps en présence de William, il la force à prendre place dans l’unique nacelle de sauvetage encore disponible…