Après avoir été abbatu lors de sa première bataille avec un combattant de l'anti-alliance, Shin se réveille et se retrouve bloqué sur une île, Maya. Coincé avec eux pendant que ses blessures guérissent et pendant qu'il essaie de trouver un moyen de signaler sa base, il noue une amitié avec la fille de l'île Mao et une sorte de compréhension avec la sœur aînée de Mao, Sara.

L'Alliance a développé son propre chasseur transformant, le VF-0 (ou "Zero"). Sa première sortie est au dessus de l'île de Maya, mettant la vie de Mao et des autres insulaires en danger mais donnant à Shin l'occasion de revenir.

Shin découvre que Sara et Mao ont d'étranges capacités liées à l'île.

Après un atterrissage forcé, Shin trouve une prêtresse dans la jungle maya. Bien qu'ils soient tous les deux capturés et torturés, ils parviennent à s'échapper mais ils sont poursuivis sans relâche par leurs ennemis.

Dans le Pacifique Sud, deux forces militaires se préparent à mener une guerre nucléaire. En désespoir de cause, Shin et Sara décident de se sacrifier. . . afin de protéger le peuple maya.