L'empire galactique de Méga décide de s'emparer de la Terre. Après un premier assaut, la plupart des systèmes de défense terrestre sont démantelés...

Alexandre est envoyé en stage dans un centre de recherche militaire. À la suite de certaines modifications, son avion semble avoir d'étranges propriétés...

La trahison du capitaine David a des effets désastreux...

Les transports terriens sont attaqués. Maximilien fait des premiers aveux et on découvre que l'empire de Méga dispose de caméras vidéo qui rendent le système de brouillage radar inutile.

Le dernier pilote de la patrouille est enfin sauvé et l'équipe de pilotes d'alerte est au complet. Mais les rapports sont compliqués entre Alexandre et le nouveau venu.

Alexandre et ses trois amis sont convoqués d'urgence pour organiser la contre-attaque des armées de l'envahisseur. Sur le terrain, une bataille sans pitié les oppose aux troupes de l'empire de Méga qui détruisent le village où habite la petite Laura.

La patrouille bionique découvre avec stupéfaction que la dernière forteresse des Appalaches et défendue par une poignée d'enfants. Le commandant est un petit garçon qui prend son rôle au sérieux.

Alexandre et ses amis apprennent brusquement que leur académie est attaquée et menacée de disparition par les envahisseurs de Méga. Ils détiennent la permission de s'y rendre pour s'opposer à l'ennemi qui menace la vie d'un être qui leur est aussi cher que leur passé.

Les forces de Méga menacent maintenant la forêt amazonienne. C'est la réserve d'oxygène de la planète qui est en jeu...

Alexandre et Sarah partent à la rescousse de guérilleros du Pérou acharnés à défendre leur territoire contre les envahisseurs. Leur Dieu de la montagne doit venir les aider à chasser l'ennemi.

Les envahisseurs de Méga ne sont pas tous d'accord apparemment. Un robot géant s'aventure vers l'observatoire qui sert de relais de transmission aux terriens dans le but de le détruire, et pourtant un général ennemi s'oppose au robot et lui livre bataille.

Une base de missiles est bombardée. Alexandre et ses amis sont chargés aussitôt de désamorcer ces missiles qui mettent en péril la planète entière. Ils vont devoir engager une course contre la montre.

La patrouille bionique a été appelée à intervenir dans une ville envahie par l'ennemi. Un premier travail consiste à prendre contact avec le groupe de résistants qui a fait appel à leur aide.

L'empire de Méga a installé son quartier général à Central Park en plein cœur de New York. Les survivants se sont retranchés dans Harlem. Alexandre et ses amis sont investis d'une double mission : écraser l'envahisseur et délivrer les survivants.

La patrouille bionique a été incarcérée pour désobéissance. Alexandre et ses amis sont bientôt libérés pour effectuer une mission très périlleuse en Chine. Le capitaine David qui travaille désormais pour les gens de Méga leur a tendu un piège diabolique.

Alexandre et ses amis sont menacés d'anéantissement par les envahisseurs de l'empire de Méga. L'un d'entre eux réussit cependant à les réalimenter en énergie, ce qui permet à Alexandre de se battre contre le général ennemi dans un combat de dernière chance.

Le général Desquier, chef des forces armées des envahisseurs, se remémore les circonstances de sa défaite devant Dancougar. Il revient auprès de l'empereur de Méga qui le remercie au lieu du châtiment auquel il s'attendait.

Sarah emmène Laura à la recherche du mystérieux soldat qui lui apprit la chanson qu'elle a reconnue. Mais les hommes de Méga lui ont tendu un piège.

Alexandre et ses amis découvrent le dernier survivant de l'une des guerres les plus meurtrières de leur secteur. Mais celui-ci, épuisé, s'endort sans avoir le temps de raconter ce qui s'est passé.

Sur une petite île du Pacifique sud pousse une fleur dont le pollen modifie le comportement des femmes. Les gens de Méga veulent s'en servir comme d'une arme contre les terriens.

Le général Guildrome veut imposer la domination de Méga par la ruse. Il essaie de faire croire aux terriens que les créatures de Méga sont des envoyés divins.

Sous l'instigation du capitaine David et grâce au pouvoir d'une machine hypnotique, les gens de l'empire de Méga ont plongé les habitants d'une petite ville allemande dans une sorte de torpeur. Ce n'est qu'un piège de plus pour déstabiliser Alexandre et la patrouille bionique.

De nouvelles troupes avancent, détruisant toute la population sur leur passage. Alexandre et ses amis ignorent que les soldats sont en fait des robots.

Sur les conseils du capitaine David, le général Guildrome fait enlever le président des états fédérés d'Europe. La patrouille bionique essaie de le délivrer.

Tandis que les autre amis sont envoyés en Europe dans le but de protéger le village près duquel se trouve une base importante des forces alliées européennes, le général Ross semble s'intéresser particulièrement au chevalier noir, ce qui éveille les soupçons du professeur.

Alexandre rencontre le chevalier noir qui lui explique pourquoi il ne s'est pas engagé dans les forces armées de la terre. Pendant ce temps, les créatures de Méga s'attaquent à la base nord en provoquant la fonte des glaces.

Afin de venir à bout de la patrouille bionique, le général Guildrome décide d'utiliser la nouvelle invention des chercheurs de Méga, le réplicain. Or, le seul et unique prototype est sous le contrôle du capitaine David.

Sous l'ordre du général Helmat, les troupes ennemies se préparent à envahir la Terre et à attaquer une nouvelle fois la base de Dancougar. Mais la patrouille bionique va défendre son territoire.

Le général Helmat poursuit son attaque en force contre la base de la patrouille bionique. Le commandant en chef décide de jouer sa dernière carte.

La vie de Gérald est en péril. Réunis à son chevet, ses compagnons pensent à tous ceux qu'ils ont déjà perdus depuis l'arrivée des envahisseurs.

Pendant que la patrouille bionique rend les derniers honneurs à la dépouille du général Ross Egal, le général Helmat lance une offensive contre la Terre. Affaiblie par l'absence de Sarah, la patrouille tente de contrer l'attaque par la ruse.

Le général Helmat est actuellement en train de mettre au point un robot deux fois plus performant que Dancougar, car contrairement à ce dernier, celui-ci sera capable de voler. Les alliés vont devoir perfectionner le leur s'ils souhaitent pouvoir rivaliser avec les ennemis.

Le chevalier noir invite Alexandre à se rendre sur sa base. Il lui fait découvrir un centre de contrôle qui surveille toute la planète. Alexandre n'a pas autant de confiance que le chevalier noir dans tous les supers ordinateurs.

Sarah et Alexandre sont chargés de délivrer un homme détenu dans un camp de prisonniers de Méga. Cet homme a été capturé en même temps que le père de Sarah.

Ross Egal rêvait depuis des mois d'envoyer la patrouille bionique sur la lune afin d'anéantir la base du capitaine David. Ce jour-là est enfin arrivé, et les quatre pilotes vont réussir la mission qui leur a été confiée.

Le général Guildrome, chargé d'aider David à reconquérir la base de la lune, l'abandonne au beau milieu du combat en emmenant Luna avec lui. David, seul face à la patrouille bionique, va se retrouver confronter à Sarah.

S'apercevant que le capitaine David avait trahi la confiance qu'elle lui portait, et qu'il n'était en réalité qu'un traître, Sarah prend la décision de lui régler personnellement son compte.

Étant débarrassée à jamais du capitaine David, la patrouille bionique décide d'en finir de la même façon avec chacun des ennemis. Afin d'anéantir le cœur même de l'armée adverse, ils se rendent directement dans l'empire galactique de Méga.