Agito rencontre le scientifique de Chronos, le Dr. Balcus. Plus tard, Sho pleure sur la mort de son père tandis que ses amis Tetsuro et Mizuky sont enlevés par Chronos. Encore une fois le piège est mis pour capturer le Guyver!

Sho se dirige vers le mont. Minakame à la recherche d’amis. Au cours du voyage, il affronte l'"UNITÉ PERDUE" (un monstrueux Guyver) et d’autres Zoanoïdes méchants.

Sho découvre que son père est vivant et tente un sauvetage audacieux pour le sauver ainsi que Mizuky. Balcus, sachant ce que fera Sho a mis un piège pour capturer le Guyver.

Le choc tragique avec Enzyme II a affecté la capacité de Sho à se transformer en Guyver. Lorsque tout le monde tente d’échapper au mont Minikami en passant par le village de Takeshiro, ils tombent dans l’embuscade de Balcus.

Murakami révèle l’origine et le but des Guyvers et des Zoanoids. Pour sauver Guyver III de plusieurs créatures d’Enzyme II, Murakami doit révéler son secret le plus gardé.

Sho doit se transformer en Guyver pour sauver Mizuky d’Aptom. Cependant, son incapacité à bio-booster peut leur coûter la vie.