Ce premier épisode suit le parcours d'Alain, un Dresseur déjà expérimenté qui a pour objectif de vaincre tous les Méga-Pokémon qu'il peut trouver. Il combat le Méga-Absol d'Astrid, match auquel une Dresseuse débutante assiste. Celle-ci, nommée Martine, et accompagnée de son Marisson, décide de suivre Alain dans sa quête.

Alain et Martine vont à Hoenn et rencontrent le Champion régional, Pierre Rochard. Alain se met à combattre Pierre avec son Méga-Dracaufeu X contre Méga-Métalosse, mais au cours du match, Lysandre apparaît leur demandant d'arrêter le combat. Il explique à Pierre que dans son laboratoire, son équipe et lui étudient l'énergie libérée par les Pokémon durant leur Méga-Évolution afin de savoir s'il est possible d'utiliser cette énergie à des fins pacifiques.

Alain et Martine continuent leur voyage dans la région de Hoenn. Ils se rendent à la Devon Sarl où ils discutent avec Pierre Rochard. Ils communiquent toujours avec Lysandre par ordinateur. Cette fois ci, ils s'intéressent à Groudon et plus précisément à sa primo-résurgence. En effet, Primo-Groudon et Primo-Kyogre se sont réveillés.

De retour à Kalos, Martine et Pierre Rochard demandent conseil au Professeur Platane pour savoir comment retrouver Alain. Pendant ce temps, celui-ci continue à défier des Dresseurs possédant des Pokémon capables de méga-évoluer avec une pression supplémentaire. Lysandre a accepté de lui présenter dix Dresseurs, mais si Alain perd un seul combat, Lysandre lui reprend la Dracaufite X et le Méga-Anneau qu'il lui avait donné en échange de son aide.