Il y a 300 ans, le Yagyu Jubei combat Kita Ressai, le chef du Yagyu du Nord qui a été éliminé par le Yagyu d'Edo. Au cours de la bataille qui s'ensuit, Kita Ressai ainsi que la femme et la fille de Jubei sont engloutis et noyés dans la glace. De nos jours, Jiyu Nanohana rencontre un enfant étrange qui tient le Lovely Eyepatch et tente de le lui donner. Après avoir fui l'enfant, Jiyu rencontre une jeune étudiante transférée nommée Freesia. Elle emmène Freesia chez elle, juste à temps pour être attaquée par Kita Furo et le Yagyu de Sibérie. L'étrange enfant apparaît et colle rapidement l'Eyepatch sur Jiyu, la transformant en Jubei II. Le combat se termine en sa faveur, mais une mystérieuse femme-épée apparaît et l'attaque.

La femme-épée qui se dit être la véritable Yagyu Jubei II manque de tuer Jiyu, elle cherche l'Eyepatch mais celui-ci est repris par l'enfant. Jiyu se réveille dans sa chambre et demande à Freesia de rester une nuit. Pendant ce temps, Sai, le père de Jiyu, rencontre son ancien patron et décide d'écrire un roman fantôme. De retour chez les Yagyu de Sibérie, ils sont attaqués par la femme-épée, ce qui pousse Kita Furo à attaquer Jiyu. A la fin de la journée, l'enfant réapparaît et se présente.

Kita Furo fait irruption par la porte d'entrée et demande un duel avec Jubei, mais même sans l'Eyepatch, Jiyu est encore capable de se défendre. Le lendemain, Furo l'attaque à nouveau et est vaincu, mais Jiyu est forcée d'affronter la femme-épée. Au plus fort de leur combat, elle tente de lui donner l'Eyepatch, mais il est pris par l'enfant, Ayunosuke. Ayant atteint ses limites, Jiyu s'effondre, Shiro et les Ruffians l'emmènent rapidement chez le médecin, et Ayunosuke s'effondre de désespoir.

Mikage décide d'enquêter, elle tombe sur la femme-épée et arrive juste à temps pour sauver Ayunosuke de la chute. Après l'avoir remise sur pied, Jiyu donne un coup de sifflet et demande à Ayunosuke ce qu'il en est de l'Eyepatch. Ayunosuke lui explique tout, et bien que Jiyu soit émue aux larmes, elle refuse d'accepter l'Eyepatch, jurant qu'elle ne redeviendra jamais Yagyu Jubei.

Les Yagyu de Sibérie décident de vaincre Jubei pendant qu'ils font leurs courses. Ils enlèvent Freesia, obligeant Jiyu à se retirer. De son côté, Jiyu ne veut pas se transformer et lorsqu'elle atteint le sommet du château, Freesia est poussée dans les douves pour se noyer. Jiyu saute alors pour sauver son amie. Alors qu'elles se noient, Ayunosuke colle l'Eyepatch sur Jiyu, qui se transforme en Jubei II et bat le Tigre Blanc Nizaemon. Pendant ce temps, le mari de Mikage l'informe de l'existence de Kita Furo.

Afin de vaincre Yagyu Jubei II, Kita Furo se lance dans l'entraînement. Jiyu se sent déprimée d'avoir rompu une promesse importante, et découvre que Sai a continué à écrire des romans fantômes. Bouleversée, elle s'enfuit ; Mikage, qui la poursuit, rencontre Nizaemon, qui a déjà été vaincu. Il la supplie de convaincre Jiyu de libérer le reste des Yagyu de Sibérie. Plus tard, Furo rattrape Jiyu et lui demande de se battre, mais elle refuse même lorsque Nizaemon la supplie de se battre et qu'Ayunosuke lui demande d'accepter l'Eyepatch. Soudain, Freesia apparaît et s'empare de l'Eyepatch.

Bien qu'elle ait volé l'Oreille, Ayunosuke réussit à la reprendre car elle pense qu'elle appartient de droit à Jiyu. Sous les yeux de Jiyu, Freesia se transforme en sabreuse des Mystères et abat Furo. Elle force Ayunosuke à lui donner l'Oreille ou elle la découpera en morceaux. Dans un affrontement dramatique, Jiyu se transforme et affronte Freesia dans un fantastique combat au sommet d'une falaise. Au moment où Jubei II commence à porter le coup final, l'esprit de Jiyu l'arrête. Freesia lui tranche immédiatement le torse et Jiyu tombe dans la forêt en contrebas. Jiyu étant temporairement hors d'état de nuire, Freesia fait de son mieux pour charmer Sai et lui faire oublier sa vraie fille.

Jiyu gît blessée dans la forêt, Ayunosuke s'occupant de ses blessures, tandis que Sai se reproche sa disparition. Profitant de l'état émotionnel de Sai, Freesia continue de le tromper en jouant la fille modèle, mais elle est hantée par ce qui s'est passé au château de Hontsuru. Afin de dépeindre Jiyu sous son plus mauvais jour, elle ment à tout le monde au sujet de son absence. Pendant ce temps, Ayunosuke fait de son mieux pour que Jiyu accepte l'Eyepatch, mais Jiyu refuse et dit que sa tâche est terminée. Ayunosuke s'enfuit et se transforme en un corps vieux de 300 ans.

Contrarié de ne pas avoir pu rivaliser avec les deux Jubei II, Kita Furo fait appel au pouvoir de son père. Il se remémore ses souvenirs d'enfance lorsqu'il a croisé pour la première fois le Yagyu Jubei original, ainsi que l'époque révolue des Yagyu du Nord. Alors que Jiyu se rétablit, elle rencontre Furo et lui annonce que tout est fini. Se sentant coupable de la disparition de sa fille et se souvenant de sa femme décédée, Sai agonise sur ses échecs en tant que père et en tant qu'être humain. Lorsque Jiyu rentre chez elle, espérant des retrouvailles chaleureuses avec son père, Sai, trompé par Freesia, la gifle à la place. Troublée, Jiyu quitte la maison et Sai est désespéré.

Mikage découvre ce qui est arrivé à Ayunosuke et part à la recherche de Jiyu qui est maintenant dans un état de confusion, elle ne reconnaît pas Sai et croit que Mikage est sa mère. Mikage assomme alors Sai et appelle son mari pour qu'il le surveille, puis emmène Jiyu auprès d'Ayunosuke. Ailleurs, Shiro et les Ruffians interrogent le Yagyu sibérien juste à temps pour que Freesia décide de les éliminer tous.

Jiyu continue de semer la confusion, même lorsque Mikage la supplie de reprendre son épée. Nizaemon les informe au sujet de Freesia ; Kita Furo décide qu'il est temps de mettre fin à son combat, et supplie Jiyu pour une revanche après avoir terminé Freesia. Sai apparaît et au lieu d'essayer de l'aider, il lui dit d'arrêter de fuir son destin. Jiyu redevient enfin elle-même, accepte le Lovely Eyepatch et ressuscite Ayunosuke. Après avoir vaincu Kita Furo, Freesia est choquée lorsqu'elle voit Jiyu, les deux rivales s'affrontent en duel.

L'affrontement entre les deux Yagyu Jubei II se poursuit, Freesia est épuisée par la puissance incontrôlée de Jubei et se retire. Après avoir frôlé la défaite, Sai lui propose soudainement la technique "Mutodori", Shiro et les Ruffians tentent de la calmer, mais ils refusent tous. Elle continue de se battre, mais Jiyu lui dit que l'Eyepatch qu'elle a fabriqué l'a reconnue comme la véritable Yagyu Jubei la seconde, Freesia s'en rend compte et redevient amie avec elle. Alors que tout commence à bien se passer, l'esprit de Kita Ressai s'empare du corps de Furo et se transforme en un monstre de glace géant, exigeant de Jubei un dernier combat.

Le monstre de glace fait combattre Jiyu et Freesia côte à côte. Alors que la fièvre de Jiyu commence à s'étendre, elle confie à Freesia la poursuite du combat et utilise sa fièvre pour faire fondre le monstre. Kita Furo est libéré, provoque Jiyu en duel et perd. Le monstre se reconstitue si vite que les deux Jubei II se battent à l'unisson, ensemble ils anéantissent Kita Ressai, le libérant de sa haine. L'esprit de Yagyu Jubei les félicite tous les deux avant de partir avec Koinosuke et Ayunosuke. Quelques jours plus tard, alors qu'elle se promène avec ses amis, Jiyu aperçoit Ayunosuke endormi et se précipite à ses côtés. Le générique de fin montre comment la vie des autres personnages change (par exemple, Furo devient officier de police).