Masaru rencontre Agumon après une bagarre et rejoint la DATS pour le protéger.

Masaru active sa Charge d'Âme pour la première fois et permet à Agumon d'évoluer en GeoGreymon.

Tohma rentre d'Autriche avec Gaomon et montre ses talents de tacticien face à Meramon.

Masaru et Tohma doivent apprendre à faire équipe malgré leurs méthodes totalement opposées.

L'équipe poursuit un Drimogemon en fuite jusqu'à franchir la porte vers le Digimonde.

Tohma perd temporairement son calme en affrontant un Digimon qui ravive un souvenir douloureux.

Une journée de détente au parc d'attractions vire au chaos à cause d'un Digimon explosif.

Yoshino tente de protéger une chanteuse menacée par les manigances d'un Chrysalimon.

Tohma monte sur un ring de boxe pour arrêter un champion manipulé par Togemon.

Masaru rate ses examens scolaires tandis qu'un Soulmon sème le désordre dans la ville.

Un homme d'affaires endetté succombe au pouvoir d'Evilmon avant d'être raisonné par son fils.

Piyomon se lie d'amitié avec Chika, la petite sœur de Masaru, mais la DATS doit intervenir.

Piyomon revient sous une forme incontrôlable, poussant Masaru à débloquer l'évolution Ultime.

En mission dans le Digimonde, l'équipe rencontre Ikuto, un enfant humain élevé par des Digimon.

Tohma affronte ses traumatismes d'enfance et permet à Gaomon d'atteindre le niveau Ultime.

Yoshino surmonte ses doutes personnels pour faire évoluer Sunflowmon en Lilamon.

L'équipe fait face à la puissance destructrice de Mercurimon, l'un des trois grands Souverains.

Les agents de la DATS sont balayés par Mercurimon et doivent battre en retraite dans le monde réel.

L'abject chercheur Kurata commence à révéler ses véritables intentions d'extermination.

Ikuto découvre la vérité sur ses origines humaines grâce aux révélations de sa mère adoptive.

Kurata déploie ses Gizmon, des Digimon artificiels conçus pour effacer définitivement les données.

SaberLeomon attaque le monde humain par vengeance, poussant la DATS dans ses derniers retranchements.

L'équipe repart dans le Digimonde pour empêcher Kurata de détruire la capitale sacrée.

Les héros découvrent la cité d'ElDradmon et apprennent le massacre perpétré par Kurata des années plus tôt.

Kurata envoie ses sbires modifiés génétiquement, les Bio-Hybrides, pour attaquer la cité flottante.

Après une défaite brutale, Masaru oublie Agumon mais retrouve ses instincts de combattant.

La DATS tente désespérément de contrecarrer la campagne de génocide menée par Kurata.

Les armes de la DATS sont neutralisées par la technologie supérieure de Kurata.

Grâce à leur détermination renouvelée, les héros obtiennent des Digi-Vice Burst améliorés.

L'équipe affronte BioSpinomon dans une bataille aquatique décisive.

Tohma dispute un duel d'intelligence contre Nanami, le génie du groupe de Kurata.

Kurata utilise une arme terrifiante pour détruire la cité géante d'ElDradmon.

Kurata réveille le Seigneur Démon Belphemon en fusionnant avec des données volées.

Belphemon atteint son Mode Rage, plongeant la ville dans un cauchemar éveillé.

Masaru libère une Charge d'Âme sans égale, permettant à ShineGreymon d'atteindre le Mode Burst.

L'ordinateur central Yggdrasil ordonne l'éradication de l'humanité pour sauver le Digimonde.

Masaru découvre la vérité sur la disparition de son père et son lien avec BanchoLeomon.

Les Chevaliers Royaux attaquent le quartier général de la DATS sous les ordres d'Yggdrasil.

Craniummon défie les enfants humains pour tester la force de leurs sentiments.

L'équipe s'infiltre au cœur du Digimonde pour confronter directement Yggdrasil.

Tohma affronte Gallantmon pour défendre la liberté de choix et sa famille.

Masaru prouve à Dukemon que la volonté humaine peut dépasser les lois absolues.

Magnamon commence à douter de la légitimité des ordres destructeurs d'Yggdrasil.

La vérité tragique concernant l'identité réelle d'Yggdrasil et le corps de Suguru est révélée.

Yggdrasil rejette son hôte humain et adopte une forme physique géante d'extermination.

Les Chevaliers Royaux se retournent finalement contre Yggdrasil pour protéger les deux mondes.

L'humanité et tous les Digimon unissent leurs Charges d'Âme pour le choc final.

Les deux mondes sont sauvés et séparés ; Masaru prend une décision audacieuse pour son avenir.