Charlotte de Batz arrive à Paris pour s’inscrire à l’école des Cadets et devenir Mousquetaire, mais elle est recalée, car l’école n’accepte pas les filles. Charlotte fait alors la connaissance du jeune Alex Dumas, qui l’emmène au Louvre.

Charlotte affronte en duel trois jeunes filles, Isa, Olivia et Inès. Mais le combat attire les gardes de Rochefort. Les filles font vite alliance contre eux. Après avoir ainsi fait ses preuves, Charlotte est recrutée par Monsieur de Tréville, directeur de l’école des Cadets et père d’Olivia

Pour plaire à Richelieu et obtenir un titre de noblesse, Milady fait enlever le Comte de Tréville par ses sbires. Son but : obtenir le précieux blason de la famille de Tréville en échange de sa libération. D'Artagnan remarque le comportement étrange d'Olivia, qui tente d'obéir aux ravisseurs en ne parlant à personne de sa situation. Elle la suit et intervient au pire moment, faisant échouer la remise de rançon…

Le jeune Louis XIII doit porter la précieuse couronne de son père pour présider une importante assemblée. Richelieu la convoite et décide de l'échanger contre une réplique pour se l'accaparer. Mais Rochefort égare bêtement la réplique et met à mal les desseins du Ministre ! Milady dérobe alors la couronne royale et dépose un gant de d'Artagnan à la place pour que la Mousquetaire soit accusée du vol…

Milady veut voler une carte indiquant les défenses militaires de la France pour le compte du Seigneur de l'Adandur, un ennemi de la Couronne. Elle ajoute du somnifère à des tartelettes qu'Isa livre au Louvre chaque semaine, à l'insu de celle-ci… Isa se retrouve accusée de complot et emprisonnée au cachot. D'Artagnan, avec l'aide d'Athos et Aramis, va prouver son innocence et récupérer les plans.

Louis XIII accueille le duc de Buckingham en mission diplomatique alors qu'un fameux voleur plein de panache, Grippe-Tout, sévit à Paris. D'Artagnan tente de le capturer, mais le voleur lui échappe à cause d'une maladresse de son cheval, Planchet. Pour l'aider dans ses exploits, le Roi lui offre alors Saphir, une jument d'élite issue de ses écuries. Mais d'Artagnan peut-elle vraiment se passer de Planchet ?

Henri, un jeune homme ressemblant étrangement à Henri IV, demande une audience à Louis XIII. Il pense en effet être son frère aîné. A la demande de Richelieu, Milady l'enlève pour découvrir ses intentions et peut-être le manipuler pour prendre la place de Louis sur le trône. D'Artagnan et Athos libèrent Henri et aident le jeune homme à découvrir qui il est vraiment pour trouver sa place à la Cour…

Le célèbre Giovanni di Gnacrusti est chargé par Richelieu de construire un magnifique carrosse pour le Roi. Mais l'artisan est en fait Gaston de Rustignac, un prétendant au trône, déguisé. Pour réussir son sale coup, Rustignac va même jusqu'à voler les chevaux des Trois Mousquetaires. Révoltées, celles-ci passent Paris au peigne fin pour les retrouver et déjouent en même temps le plan de Rustignac…

Pour s'amuser, d'Artagnan colle dans le dos de Rochefort une caricature qu'elle a trouvée dans la rue. Alex ne peut s'empêcher de rire en la voyant, ce qui vexe mortellement le capitaine des Gardes. Il se retrouve au cachot, accusé de lèse-majesté… Comme d'Artagnan se sent coupable, elle décide de le sortir de ce mauvais pas, avec l'aide des trois Mousquetaires, en cherchant l'auteur de la caricature.

Rochefort et d'Artagnan se chamaillent sans cesse. Mais un jour, le capitaine dépasse les bornes en traitant la mousquetaire de "moucheron".

L'alchimiste de la cour, Samuel de Plaindert, remarque "Hauteclaire", la singulière épée de Porthos. Selon lui, sa lame permet de changer le métal en or.

Monsieur de Tréville vole des documents confidentiels dans le bureau de Richelieu devant plusieurs témoins. Arrêté et jeté au cachot, il crie son innocence.

Des bruits effrayants retentissent la nuit au Louvre. Charlotte et Louis XIII explorent alors les couloirs et tombent sur ce qui semble être un spectre en armure.

Richelieu se fait enlever par un inconnu qui exige une somme exorbitante en échange de sa libération. Pire : la rançon doit être remise par le Roi en personne, sans sa garde personnelle ! Même si elle n'a guère envie de sauver Richelieu, d'Artagnan refuse de laisser le jeune monarque sans défense et découvre bientôt le responsable du complot : Gaston de Rustignac qui rêve de monter sur le trône !

Grippe-Tout, le célèbre voleur, s'est évadé de prison. Pour le rattraper, en tant que d'Artagnan, Charlotte fausse compagnie à Louis XIII. Se sentant délaissé, le Roi part explorer Paris avec sa boussole et sa longue vue. Il ordonne à Alex et aux Mauvais Garçons de l'aider dans son aventure...

Rustignac prend l'identité de Godefroi de Clancy, expert gascon d'art militaire, invité au Louvre pour enseigner la charge à cheval au Roi. Son but est simple : enlever le Roi pour monter sur le trône à sa place. Planchet découvre le complot, mais comment le faire comprendre à d'Artagnan. Alex, intrigué par le comportement de Planchet, entreprend décoder ce que le cheval tente de lui dire…

Un loup effraie tout Paris, et D'Artagnan voudrait voir ce qui se passe. Elle demande de l'aide aux Mousquetaires pour retrouver la bête et comprendre d'où elle vient, mais ses collègues sont vraiment effrayés. Elle se retrouve donc seule pour résoudre le mystère, et comme toujours les choses seront bien différentes de ce qu'elles paraissent.

Pour améliorer son tempo au combat, d'Artagnan décide d'assister à un concert de luth donné par la star du genre, la pétulante Lady Lala. Mais bizarrement, la diva semble très intéressée par Samuel de Plaindert et ses créations… Intriguée, d'Artagnan la suit dans les couloirs du Louvre et se rend compte que l'intrigante a assomé Rochefort pour s'emparer d'une étonnante invention : le Perlapinpin !

De Rustignac se fait passer pour un célèbre chocolatier pour tenter d'approcher le roi et de le kidnapper, comme à son habitude. Ce sera à D'Artagnan et aux mousquetaires de découvrir qui se cache derrière les vêtements de celui qui est considéré comme le meilleur chocolatier de France.

A l'occasion d'un bal à venir, Richelieu énumère au Roi les menuets qui rythmeront la soirée. Charlotte, elle, explique combien elle trouve cette danse barbante, contrairement à la danse gasconne, plus amusante. Comme Richelieu la prend de haut, le Roi décide d'organiser un duel de danse pour décider quelle danse sera à l'honneur au bal... Or Richelieu, pour gagner, n'hésite pas à tricher

Le Roi demande à Samuel de Plaindert d'organiser un feu d'artifices. Ce projet arrive aux oreilles de Rustignac qui se déguise pour prendre la place de l'alchimiste au Louvre. Son plan est simple : convaincre Louis XIII de prendre place dans une fusée géante de sa confection et l'envoyer de l'autre côté de la Terre ! Alex, les Trois Mousquetaires et d'Artagnan réussiront-ils à le démasquer à temps ?

Décidée à découvrir l'identité des Trois Mousquetaires, Milady orchestre une fausse attaque. \" Sauvée \" par Athos et d'Artagnan, elle se dit en danger et se réfugie au sein de l'École des Cadets, dont le tournoi de jeu de paume annuel est sur le point de commencer. Elle arrive à la conviction qu'Olivia et Athos sont une seule et même personne. D'Artagnan imagine alors un stratagème pour la duper…

Charlotte gagne constamment aux échecs - ce qui exaspère le Roi. Désireux de lui infliger une défaite retentissante, Louis XIII fait venir des pièces d'échecs géantes, sans se douter que Gaston de Rustignac s'est glissé dans l'une d'entre elles… Son but : expédier le Roi au pays des Pandas ! Heureusement, les Trois Mousquetaires repèrent les allées et venues suspectes de Gaspard, le complice de Rustignac.

A l'occasion du Congrès de la Paix, Louis XIII veut publier dans sa gazette un poème en l'honneur des souverains d'Europe. Adémar de l'Adandur souhaite brouiller la France avec ses alliés et charge Milady d'échanger le poème avec un pamphlet qui ridiculise rois et reines… Une course contre la montre s'engage pour les Mousquetaires afin de récupérer tous les exemplaires avant le début du Congrès…

Lord Buckingham a été enlevé ! Et avec lui, le cadeau du roi d'Angleterre à Louis XIII ! Tout cela à cause de Milady qui, pour arranger les choses, tente de conclure un mariage avec le Duc, en se faisant passer pour une pauvre jeune femme, opprimée par sa soeur ! Athos et Aramis foncent à la rescousse de Buckingham, tandis que d'Artagnan et Porthos se retrouvent nez-à-bec avec le "cadeau" perdu.

Parce que son père figure dessus, Richelieu fait voler par Milady et ses sbires un tableau que chérit le jeune Louis XIII. Sa nourrice Constance, impuissante à apaiser son chagrin, part en mission avec d'Artagnan et les Trois Mousquetaires pour récupérer le tableau. Par manque d'expérience, Constance fait d'abord rater leurs tentatives, avant de démontrer qu'elle aussi peut être une fameuse combattante !

A l'occasion du Congrès de la Paix, Louis XIII veut publier dans sa gazette un poème en l'honneur des souverains d'Europe. Adémar de l'Adandur souhaite brouiller la France avec ses alliés et charge Milady d'échanger le poème avec un pamphlet qui ridiculise rois et reines… Une course contre la montre s'engage pour les Mousquetaires afin de récupérer tous les exemplaires avant le début du Congrès…

Pour retrouver un trésor à l'aide d'une lettre écrite en argot des voleurs, Richelieu fait libérer Grippe-Tout, le plus célèbre voleur de Paris. Lancées, elles aussi, après le trésor, d'Artagnan et les Trois Mousquetaires se retrouvent à faire équipe avec le voleur, qui s'est fait détrousser par Milady et ses sbires ! Mais Grippe-Tout n'a aucune intention de partager le butin avec ses partenaires !

Louis XIII s'apprête à laisser quelques pouvoirs économiques à Marcel Charmant, le prévôt des marchands de Paris. Pour anéantir ce rival irritant, Richelieu s'inspire des prévisions d'un Alchimiste admiré par Samuel de Plaindert et crée de fausses prédictions pour convaincre le Roi que Charmant est un traître. Porthos, superstitieuse, se laisse berner, mais pas d'Artagnan, qui ouvre l'œil et le bon !

D'Artagnan, Aramis et Alex rencontrent l'Ombre, un agent secret au service de Louis XIII. Selon lui, Adémar de l'Adandur va obtenir une arme redoutable. Et le rendez-vous avec le mystérieux membre de la Cour qui doit la lui remettre a lieu le soir-même ! Mais Aramis reconnaît en l'Ombre son père, ancien maître d'armes de l'école des Cadets. Comment va-t-elle lui avouer qu'elle a renoncé à l'épée ?

Tous les lys du Louvre disparaissent... La garde personnelle du Roi s'en émeut, car cette fleur est le symbole du Roi de France. Mais en plus, Henri, le jardinier royal, a créé une nouvelle variété de lys en l'honneur d'Olivia de Tréville. Et il craint fort de la voir figurer bientôt sur la liste du voleur. La mission de d'Artagnan et des Trois Mousquetaires est claire : élucider le mystère des lys volés !

Désireux de s'associer à la terrible pirate Lily Rouge pour recevoir la moitié de ses futurs butins, Richelieu lui offre une fiole de feu grégeois, un liquide inflammable même sur l'eau ! Alex, qui croit tout savoir de la légendaire pirate, se met à l'aider dans l'espoir d'intégrer son équipage. Il se retrouve sans le savoir dans le camp adverse de d'Artagnan et des Trois Mousquetaires !

Louis XIII confie au Duc de Buckingham un présent qu'il doit rapporter à temps pour le jubilé du roi d'Angleterre. Mais comme Saphir, la jument de Buckingham, a été enlevée, ce dernier se retrouve bloqué à Paris ! Avec l'aide de leurs chevaux, d'Artagnan et les Trois Mousquetaires s'élancent à la poursuite des ravisseurs. Heureusement pour elles, l'impétueuse jument fait tourner ceux-ci en bourrique…

Alors que les Trois Mousquetaires et d'Artagnan s'apprêtent à recevoir en cadeau le manuel d'un Maître d'armes légendaire, celui-ci est volé par Milady qui souhaite l'échanger contre un titre de noblesse. Grâce à l'aide d'Alex, d'Artagnan et ses amies cherchent le livre… Mais Aramis s'interroge : ne doit-elle pas détruire ce dangereux manuel pour éviter qu'il ne tombe entre de mauvaises mains ?

Monsieur de Tréville parti en mission en province, Richelieu impose Rochefort comme chef provisoire de l'école des Cadets. Il ordonne à Milady et ses sbires de retarder le retour du Comte, pour que Rochefort ait le temps de pousser à bout d'Artagnan et les Trois Mousquetaires par ses ordres ridicules. Son but : les amener à se rebeller pour justifier ainsi leur renvoi de l'école des Cadets.

D'Artagnan et Porthos viennent en aide à des Mousquetaires qui sont tombés dans une embuscade avec leur précieuse cargaison en provenance des Amériques. Elles mettent les brigands en déroute et rendent le précieux coffret à ses gardiens. Mais Porthos retrouve dans l'herbe un médaillon qui s'en est échappé… sans se douter qu'il contient des indications susceptibles de conduire à un incroyable trésor.

Heureux ceux qui entendent le son d'un instrument créé par le fameux Stradovarius ! Bien sûr, cela dépend aussi de la chanson qui est jouée, comme d'Artagnan le découvre. Ses oreilles sont mises à rude épreuve par une atroce mélodie, censée mener à un splendide trésor... derrière lequel tout le monde court, de Richelieu à Milady, en passaant par le Roi, Alex et les Trois Mousquetaires !

Les Marchands de Paris, superstitieux, accusent un chat noir d'avoir détruit de précieuses marchandises et demandent au Roi de le juger pour son crime. En réalité, c'est un coup monté des sbires de Milady qui veulent faire porter le chapeau à l'animal et s'enrichir impunément avec les provisions volées… Richelieu, qui adore les chats, demande l'aide des Trois Mousquetaires pour l'innocenter.

À la suite d'une série de négligences dont elle se croit responsable, Constance, la nourrice du Roi, démissionne de son poste. Richelieu la remplace aussitôt par Rolande, déguisée ! Alors que Rochefort s'éprend de la nouvelle recrue, aux mœurs étrangement bourrues, les Trois Mousquetaires et d'Artagnan, persuadées que Constance est victime d'un coup monté, entendent lui prouver qu'elle a été piégée !

Les Trois Mousquetaires et d'Artagnan interrompent une transaction entre Adémar de l'Adandur et un trafiquant de reliques. L'Adandur s'enfuit en laissant un coffret où se trouve un panache fabuleux, censé donner la victoire à celui qui le porte ! Louis XIII confie le panache et le commandement à d'Artagnan, le temps de retrouver son ennemi. Mais l'impulsive d'Artagnan peut-elle réussir cette mission ?

Inès rêve du jour où elle pourra accomplir son rêve : devenir comédienne. Troublée par cette confidence, d'Artagnan se met en tête de dissuader son amie de quitter les Mousquetaires. Elle ignore que si celle-ci s'éloigne de Paris à bord d'un chariot, ce n'est pas pour partir de la capitale, mais pour protéger secrétement Adémar de l'Adandur, venu signer un traité de paix et menacé par les sbires de Milady…

D'Artagnan poursuit Grippe-Tout dans les rues de Paris, quand son fidèle destrier est soudain pris de panique. Elle est loin de se douter que c'est dû à une manigance de Jussac, qui s'est allié avec Grippe-Tout. Pensant que Planchet ne supporte plus Paris, d'Artagnan quitte la capitale pour rentrer en Gascogne… Elle ignore qu'elle laisse ainsi la place libre pour Jussac, qui ne compte pas s'arrêter là !

Richelieu trafique un jambon rare et cher volé dans la réserve personnelle du roi d'Espagne. Pour assurer la réussite de son coup, il remplace Milady par le colossal Viking, mercenaire réputé pour son machisme. Déterminée à retrouver sa place, Milady convainc D'Artagnan et les Trois Mousquetaires de s'associer à elle pour arrêter le Viking… et, ainsi, éviter une brouille dramatique entre la France et l'Espagne.

Avec l'autorisation de Richelieu, Rochefort fait construire une garnison dans les jardins du palais. Les Trois Mousquetaires tentent de s'y opposer.

Richelieu est décidé à se débarrasser des Trois Mousquetaires. Milady éloigne d'Artagnan, Athos et Aramis le temps que Manfred lance une tarte à la crème sur le roi.