Charlotte de Batz arrive à Paris pour s’inscrire à l’école des Cadets et devenir Mousquetaire, mais elle est recalée, car l’école n’accepte pas les filles. Charlotte fait alors la connaissance du jeune Alex Dumas, qui l’emmène au Louvre.

Charlotte affronte en duel trois jeunes filles, Isa, Olivia et Inès. Mais le combat attire les gardes de Rochefort. Les filles font vite alliance contre eux. Après avoir ainsi fait ses preuves, Charlotte est recrutée par Monsieur de Tréville, directeur de l’école des Cadets et père d’Olivia

Pour plaire à Richelieu et obtenir un titre de noblesse, Milady fait enlever le Comte de Tréville par ses sbires. Son but : obtenir le précieux blason de la famille de Tréville en échange de sa libération. D'Artagnan remarque le comportement étrange d'Olivia, qui tente d'obéir aux ravisseurs en ne parlant à personne de sa situation. Elle la suit et intervient au pire moment, faisant échouer la remise de rançon…

Le jeune Louis XIII doit porter la précieuse couronne de son père pour présider une importante assemblée. Richelieu la convoite et décide de l'échanger contre une réplique pour se l'accaparer. Mais Rochefort égare bêtement la réplique et met à mal les desseins du Ministre ! Milady dérobe alors la couronne royale et dépose un gant de d'Artagnan à la place pour que la Mousquetaire soit accusée du vol…

Milady veut voler une carte indiquant les défenses militaires de la France pour le compte du Seigneur de l'Adandur, un ennemi de la Couronne. Elle ajoute du somnifère à des tartelettes qu'Isa livre au Louvre chaque semaine, à l'insu de celle-ci… Isa se retrouve accusée de complot et emprisonnée au cachot. D'Artagnan, avec l'aide d'Athos et Aramis, va prouver son innocence et récupérer les plans.

Louis XIII accueille le duc de Buckingham en mission diplomatique alors qu'un fameux voleur plein de panache, Grippe-Tout, sévit à Paris. D'Artagnan tente de le capturer, mais le voleur lui échappe à cause d'une maladresse de son cheval, Planchet. Pour l'aider dans ses exploits, le Roi lui offre alors Saphir, une jument d'élite issue de ses écuries. Mais d'Artagnan peut-elle vraiment se passer de Planchet ?

Henri, un jeune homme ressemblant étrangement à Henri IV, demande une audience à Louis XIII. Il pense en effet être son frère aîné. A la demande de Richelieu, Milady l'enlève pour découvrir ses intentions et peut-être le manipuler pour prendre la place de Louis sur le trône. D'Artagnan et Athos libèrent Henri et aident le jeune homme à découvrir qui il est vraiment pour trouver sa place à la Cour…

Le célèbre Giovanni di Gnacrusti est chargé par Richelieu de construire un magnifique carrosse pour le Roi. Mais l'artisan est en fait Gaston de Rustignac, un prétendant au trône, déguisé. Pour réussir son sale coup, Rustignac va même jusqu'à voler les chevaux des Trois Mousquetaires. Révoltées, celles-ci passent Paris au peigne fin pour les retrouver et déjouent en même temps le plan de Rustignac…

Pour s'amuser, d'Artagnan colle dans le dos de Rochefort une caricature qu'elle a trouvée dans la rue. Alex ne peut s'empêcher de rire en la voyant, ce qui vexe mortellement le capitaine des Gardes. Il se retrouve au cachot, accusé de lèse-majesté… Comme d'Artagnan se sent coupable, elle décide de le sortir de ce mauvais pas, avec l'aide des trois Mousquetaires, en cherchant l'auteur de la caricature.

Rochefort et d'Artagnan se chamaillent sans cesse. Mais un jour, le capitaine dépasse les bornes en traitant la mousquetaire de "moucheron".

L'alchimiste de la cour, Samuel de Plaindert, remarque "Hauteclaire", la singulière épée de Porthos. Selon lui, sa lame permet de changer le métal en or.

Monsieur de Tréville vole des documents confidentiels dans le bureau de Richelieu devant plusieurs témoins. Arrêté et jeté au cachot, il crie son innocence.

Des bruits effrayants retentissent la nuit au Louvre. Charlotte et Louis XIII explorent alors les couloirs et tombent sur ce qui semble être un spectre en armure.

Richelieu se fait enlever par un inconnu qui exige une somme exorbitante en échange de sa libération. Pire : la rançon doit être remise par le Roi en personne, sans sa garde personnelle ! Même si elle n'a guère envie de sauver Richelieu, d'Artagnan refuse de laisser le jeune monarque sans défense et découvre bientôt le responsable du complot : Gaston de Rustignac qui rêve de monter sur le trône !

Grippe-Tout, le célèbre voleur, s'est évadé de prison. Pour le rattraper, en tant que d'Artagnan, Charlotte fausse compagnie à Louis XIII. Se sentant délaissé, le Roi part explorer Paris avec sa boussole et sa longue vue. Il ordonne à Alex et aux Mauvais Garçons de l'aider dans son aventure...

Le Roi organise un concours du meilleur chocolatier de Paris. L'unique candidat - Gaston de Ganache - intrigue d'Artagnan et les trois Mousquetaires.

A l'occasion du Congrès de la Paix, Louis XIII veut publier dans sa gazette un poème en l'honneur des souverains d'Europe. Adémar de l'Adandur souhaite brouiller la France avec ses alliés et charge Milady d'échanger le poème avec un pamphlet qui ridiculise rois et reines. Une course contre la montre s'engage pour les Mousquetaires afin de récupérer tous les exemplaires avant le début du Congrès…

Pour améliorer son tempo au combat, d'Artagnan décide d'assister à un concert de luth donné par la star du genre, la pétulante Lady Lala. Mais bizarrement, la diva semble très intéressée par Samuel de Plaindert et ses créations… Intriguée, d'Artagnan la suit dans les couloirs du Louvre et se rend compte que l'intrigante a assomé Rochefort pour s'emparer d'une étonnante invention : le Perlapinpin !

A l'occasion d'un bal à venir, Richelieu énumère au Roi les menuets qui rythmeront la soirée. Charlotte, elle, explique combien elle trouve cette danse barbante, contrairement à la danse gasconne, plus amusante. Comme Richelieu la prend de haut, le Roi décide d'organiser un duel de danse pour décider quelle danse sera à l'honneur au bal. Or Richelieu, pour gagner, n'hésite pas à tricher…

Alors que les Trois Mousquetaires et d'Artagnan s'apprêtent à recevoir en cadeau le manuel d'un Maître d'armes légendaire, celui-ci est volé par Milady qui souhaite l'échanger contre un titre de noblesse. Grâce à l'aide d'Alex, d'Artagnan et ses amies cherchent le livre… Mais Aramis s'interroge : ne doit-elle pas détruire ce dangereux manuel pour éviter qu'il ne tombe entre de mauvaises mains ?

Le Roi demande à Samuel de Plaindert d'organiser un feu d'artifices. Ce projet arrive aux oreilles de Rustignac qui se déguise pour prendre la place de l'alchimiste au Louvre. Son plan est simple : convaincre Louis XIII de prendre place dans une fusée géante de sa confection et l'envoyer de l'autre côté de la Terre ! Alex, les Trois Mousquetaires et d'Artagnan réussiront-ils à le démasquer à temps ?

Décidée à découvrir l'identité des Trois Mousquetaires, Milady orchestre une fausse attaque. \" Sauvée \" par Athos et d'Artagnan, elle se dit en danger et se réfugie au sein de l'École des Cadets, dont le tournoi de jeu de paume annuel est sur le point de commencer. Elle arrive à la conviction qu'Olivia et Athos sont une seule et même personne. D'Artagnan imagine alors un stratagème pour la duper…

Charlotte gagne constamment aux échecs - ce qui exaspère le Roi. Désireux de lui infliger une défaite retentissante, Louis XIII fait venir des pièces d'échecs géantes, sans se douter que Gaston de Rustignac s'est glissé dans l'une d'entre elles… Son but : expédier le Roi au pays des Pandas ! Heureusement, les Trois Mousquetaires repèrent les allées et venues suspectes de Gaspard, le complice de Rustignac.

A l'occasion du Congrès de la Paix, Louis XIII veut publier dans sa gazette un poème en l'honneur des souverains d'Europe. Adémar de l'Adandur souhaite brouiller la France avec ses alliés et charge Milady d'échanger le poème avec un pamphlet qui ridiculise rois et reines… Une course contre la montre s'engage pour les Mousquetaires afin de récupérer tous les exemplaires avant le début du Congrès…

Pour retrouver un trésor à l'aide d'une lettre écrite en argot des voleurs, Richelieu fait libérer Grippe-Tout, le plus célèbre voleur de Paris.

Une bête mystérieuse sème la panique près de Paris et empêche tous les marchands de venir en ville avec leurs marchandises. Il n'en reste plus que deux qui en profitent pour faire grimper le prix du pain. Alors qu'Athos protège le Roi et qu'Aramis suit la piste des Marchands, d'Artagnan et Porthos, elles, se lancent sur les traces de la bête. Mais Porthos, superstitieuse, cède à la terreur.

D'Artagnan et Porthos viennent en aide à des Mousquetaires qui sont tombés dans une embuscade avec leur précieuse cargaison en provenance des Amériques.

Monsieur de Tréville parti en mission en province, Richelieu impose Rochefort comme chef provisoire de l'école des Cadets. Il ordonne à Milady et ses sbires de retarder le retour du Comte, pour que Rochefort ait le temps de pousser à bout d'Artagnan et les Trois Mousquetaires par ses ordres ridicules. Son but : les amener à se rebeller pour justifier ainsi leur renvoi de l'école des Cadets.

Louis XIII confie à Buckingham un présent qu'il doit apporter à temps pour le jubilé du roi d'Angleterre. Mais la jument de Buckingham a été enlevée, il est bloqué à Paris.

Désireux de s'associer à la terrible pirate Lily Rouge pour recevoir la moitié de ses futurs butins, Richelieu lui offre une fiole de feu grégeois, un liquide inflammable même sur l'eau ! Alex, qui croit tout savoir de la légendaire pirate, se met à l'aider dans l'espoir d'intégrer son équipage. Il se retrouve sans le savoir dans le camp adverse de d'Artagnan et des Trois Mousquetaires !

D'Artagnan, Aramis et Alex rencontrent l'Ombre, un agent secret au service de Louis XIII. Selon lui, Adémar de l'Adandur va obtenir une arme redoutable. Et le rendez-vous avec le mystérieux membre de la Cour qui doit la lui remettre a lieu le soir-même ! Mais Aramis reconnaît en l'Ombre son père, ancien maître d'armes de l'école des Cadets. Comment va-t-elle lui avouer qu'elle a renoncé à l'épée ?

Louis XIII s'apprête à laisser quelques pouvoirs économiques à Marcel Charmant, le prévôt des marchands de Paris. Pour anéantir ce rival, Richelieu s'inspire des prévisions d'un Alchimiste admiré par Samuel de Plaindert et crée de fausses prédictions pour convaincre le Roi que Charmant est un traître.

Alors qu'ils rentrent en carrosse à Paris, Louis XIII et Charlotte se font attaquer par des bandits. Athos, piégée, ne peut réagir, contrairement à Jussac, un mousquetaire masqué, qui s'interpose et sauve le Roi. Ce dernier le nomme Mousquetaire dans sa garde personnelle, au grand désarroi de Monsieur de Tréville et de Charlotte, que Jussac ne cesse de dénigrer sous prétexte qu'elle est une fille…

Tous les lys du Louvre disparaissent. L'heure est grave car cette fleur est le symbole du roi de France. D'Artagnan et les Trois Mousquetaires enquêtent.

Richelieu fait voler par Milady et ses sbires un tableau que chérit le jeune Louis XIII. Sa nourrice Constance part en mission avec d'Artagnan pour récupérer le tableau.

Lord Buckingham a été enlevé. Milady tente de conclure un mariage avec le Duc, en se faisant passer pour une pauvre jeune femme, opprimée par sa soeur.

Rustignac prend l'identité de Godefroi de Clancy, expert gascon d'art militaire, invité au Louvre. Son but est d'enlever le roi pour monter sur le trône à sa place.

La paie a été remplacée par de fausses pièces ! La colère gronde chez les Gardes, qui se mettent en grève, laissant le champ libre aux manigances de Gaston de Rustignac

À la suite d'une série de négligences dont elle se croit responsable, Constance, la nourrice du Roi, démissionne de son poste. Richelieu la remplace aussitôt par Rolande, déguisée ! Alors que Rochefort s'éprend de la nouvelle recrue, aux mœurs étrangement bourrues, les Trois Mousquetaires et d'Artagnan, persuadées que Constance est victime d'un coup monté, entendent lui prouver qu'elle a été piégée !

Mathématicienne réputée, la comtesse de la Cancoillote débarque au Louvre pour prouver que quelqu'un vole une partie de sa donation mensuelle à l'Orphelinat de Paris. Le coupable n'est autre que Richelieu, qui fait tout pour discréditer la Comtesse. Conquises par cette femme admirable qui tient tête à Richelieu, d'Artagnan et les Trois mousquetaires l'aident à faire la lumière sur cette affaire…

Les Marchands de Paris, superstitieux, accusent un chat noir d'avoir détruit de précieuses marchandises et demandent au Roi de le juger pour son crime. En réalité, c'est un coup monté des sbires de Milady qui veulent faire porter le chapeau à l'animal et s'enrichir impunément...

Surpris pendant une transaction avec un trafiquant de reliques, Adémar de l'Adandur s'enfuit, en laissant un panache fabuleux, censé donner la victoire à celui qui le porte !

Après avoir mis en déroute un vaurien qui agressait une passante, Charlotte se fait accoster par la pirate Lily Rouge, impressionnée par sa combativité.

Les oreilles de D'Artagnan sont mises à rude épreuve par une atroce mélodie, censée mener à un splendide trésor derrière lequel tout le monde court.

Inès rêve du jour où elle pourra accomplir son rêve : devenir comédienne. D'Artagnan se met en tête de dissuader son amie de quitter les Mousquetaires.

Après que son fidèle destrier a été pris de panique lors d'une course-poursuite, D'Artagnan décide de quitter la capitale pour rentrer en Gascogne.

Richelieu trafique un jambon volé dans la réserve du roi d'Espagne. Pour assurer la réussite de son coup, il remplace Milady par le colossal Viking, un mercenaire.

Les différences de caractère entre d'Artagnan et Athos compliquent parfois leur travail d'équipe. L'occasion de renforcer leurs capacités se présente quand Louis XIII leur confie une carte au trésor. Tous ignorent que Lily Rouge, la pirate, est de retour, bien décidée à se venger des torts que la marine française lui a fait subir. Et pour cela, elle va mettre la main sur le trésor du Roi !

Avec l'autorisation de Richelieu, Rochefort fait construire une garnison dans les jardins du palais. Les Trois Mousquetaires tentent de s'y opposer.

Richelieu est décidé à se débarrasser des Trois Mousquetaires. Milady éloigne d'Artagnan, Athos et Aramis le temps que Manfred lance une tarte à la crème sur le roi.

De retour d'un voyage diplomatique, le jeune Louis XIII se comporte étrangement. Aramis suppose que c'est parce qu'il s'est cogné la tête pendant une halte.

Charlotte et Inès parviennent à rentrer à Paris incognito avec le jeune Louis XIII. Aidée de Monsieur de Tréville, elles préparent un retour au Louvre.