Quand il était petit, Kotarô a créé un slime à partir d'un kit, et celui-ci a fini par prendre vie. Depuis, il ne cesse de l'accompagner dans son quotidien sous l'apparence d'une jeune fille prénommée Puniru. Malheureusement, cohabiter n'est pas chose facile alors que notre protagoniste entre en pleine adolescence...

Mami Kirara est considérée comme la sainte du collège. Afin d'attirer son attention, Kotarô demande à Puniru de prendre une certaine forme, mais rien n'aurait pu la préparer à la réaction de Mami. De son côté, Hiroshi Mado, le professeur de sciences, complote afin de capturer Puniru et l'étudier pour ses sinistres plans.

Kotarô se rend dans un café proposant une collaboration avec sa mascotte préférée, Cutie. Il profite à fond de l'ambiance mignonne, mais il déchante vite en réalisant que Puniru l'a suivi. Pour le jour des enfants, Yûsuke invite Kotarô et Puniru à un tournoi de combat d'épées en plastique. Kotarô inscrit Puniru au tournoi, car il convoite le premier prix ! Mais qui sera le grand gagnant ?

Puniru rencontre sa rivale, Alice Okanega, riche héritière de la Cutieland compagnie et camarade de classe de Kotarô. Celle-ci défie Puniru afin de prouver qu'elle est la plus mignonne. En réalité, Alice est jalouse de Puniru, car sa mascotte Runrune n'est pas vivante.

C'est la fête du sport au collège, mais Mami est épuisée à cause des préparatifs. Puniru décide de jouer les pom-pom girls pour lui remonter le moral et la remotiver. Plus tard, Puniru et Yûsuke se disputent pour savoir qui peut garder Runrune. Afin de régler leur différend, un grand duel de jeux commence !

Alice est fâchée que tout le monde soit ami avec l'ancienne version de Runrune, qu'elle considère comme une fausse. Puniru tente de les réconcilier, mais Alice lance alors un concours pour décider une fois pour toutes qui est la vraie Runrune !

Qui dit été, dit plage ! Kotarô et ses amis arrivent sur les côtes, mais l'absence de certaines personnes va donner un résultat inattendu. Plus tard, Kotarô a enfin la chance d'avoir un premier rencard avec Mami. Voyant qu'il essaie d'avoir l'air cool devant elle, celle-ci va lui avouer une chose surprenante.

Puniru et Alice s'affrontent à nouveau, mais cette fois sur l'activité à présenter au festival culturel du collège. Kotarô refuse de travailler sur le projet de sa classe et rejoint Alice. Puniru décide de l'espionner et découvre une facette inattendue de sa personnalité.

Kotarô veut devenir un homme digne de Mami et se lance alors dans une quête pour devenir plus cool en se musclant, en changeant de style, puis en ajoutant des dragons ? Après avoir tout essayé, Kotarô en conclut qu'il doit monter un groupe.

La ville a pris les couleurs de Noël. Hélas, Kotarô n'a rien de prévu pour le réveillon et si ça continue, il se retrouvera seul avec Puniru. Il décide donc à la dernière minute d'organiser une fête chez lui, mais tout le monde veut faire quelque chose de différent.