Aster est déclaré mort. Halan rejette d'abord la demande d'Aleph de remplir le contrat d'Aster en entrant dans l'Artefact, mais il fait semblant de changer d'avis lorsqu'Aleph menace le père d'Halan. Halan travaille avec Saldana, Keir et Finch pour lancer une attaque suicide sournoise sur le vaisseau-mère d'Aleph, avec les bombes cachées avec le corps d'Aster. Halan lance l'Amboyna, mais au lieu d'attaquer le vaisseau-mère, il envoie le corps d'Aster dans l'Artefact, provoquant l'explosion de l'Artefact. Aleph tue Saldana, Keir et Finch, élimine Harmony et laisse Halan seul sur le Beacon 23 endommagé.

Alors que Halan devient de plus en plus désespéré en essayant de trouver un moyen de quitter la balise, Harmony, de retour dans l'espace liminal de l'IA, fait face aux affaires internes de QTA - Mara, Randall et Dev - à cause des événements qui se sont produits à bord de la station. Alors qu'ils menacent de la supprimer si elle ne coopère pas, elle réalise qu'elle est toujours à l'intérieur de la balise 23, après s'être imprégnée de Halan. Elle se bat pour revenir vers lui.

ris, la gardienne dévouée de la balise 67, passe sa vie à remplir ses devoirs de gardienne, à jouer de la clarinette, à cuisiner et à développer une relation semi-illicite avec la gardienne de balise 174. Lorsqu'elle remarque une anomalie sur la balise 23, elle décide d'aller enquêter. Elle rencontre Halan et la balise 23 ravagée, et après une première rencontre difficile, l'aide à restaurer Harmony et la station. Lorsqu'elle découvre que B174 est parti la rejoindre, elle et Halan voient son vaisseau lutter contre une violente tempête, avant d'atterrir dans la balise. Harmony ne détecte aucun signe de vie.

Le vaisseau de B174 contient une entité étrangère qui commence à se propager et à perturber les systèmes de la balise. Iris lutte contre la nature secrète de Halan, mais ils parviennent à travailler ensemble pour se débarrasser du vaisseau et de l'entité. Harmony, toujours en convalescence, est hantée par Dev, qui veut s'imprégner d'Iris. Lorsque cela ne fonctionne pas, il décide de s'en prendre au nouvel habitant de la balise, un individu qui était auparavant enfermé dans l'entité étrangère, toujours à bord.

Dev poursuit sa quête pour s'imprégner de l'un des habitants de Beacon 23, qui compte désormais Dosto, un ouvrier de la casse, l'homme qui a émergé de l'entité semblable à du brouillard. Le système planétaire de Dosto, Sybarra, a été ravagé par l'armée dirigée par Aleph pour détruire le dernier bastion de la Colonne. Iris suppose que lui et son équipage ont dû traverser un univers de poche - le brouillard - lorsqu'ils ont fui. Les tensions montent lorsque l'équipe sauve un groupe de personnes du brouillard malgré le refus véhément de Dosto, pour se rendre compte qu'il a vendu son propre peuple à Aleph et a assassiné des gens en chemin. Les Sybarrans veulent que justice soit faite et commencent à démanteler la balise pour récupérer des pièces afin de construire un nouveau vaisseau. Halan et Iris sont assommés.

Il y a des années, sur Beacon 90, le gardien Jocko accueille la jeune stagiaire Aster. Bien qu'ils s'entendent bien, tous deux ont des objectifs cachés : Aster fait partie d'un groupe qui subvertit l'armée, tandis que Jocko garde un homme enfermé, caché dans un sas. Malgré les supplications de Jocko, Aster libère l'homme, Cerran, qui n'est pas une victime mais un soldat impitoyable qui a accepté de participer à une expérience visant à être encore plus violent. Jocko essaie d'échanger sa place avec Aster pour la sauver, mais elle refuse.

Dev réussit à s'imprégner de Dosto, qui est torturé par les Sybarrans, et lui sauve la vie. Deux soldats font irruption sur la balise et commencent à battre sauvagement les habitants. Ils ont été envoyés par le père de Halan, Kadir, un officier de haut rang dans l'armée. Kadir prétend que les souvenirs de Halan concernant sa mission ratée sont faux et propose un implant chirurgical pour trouver la vérité. Dev conduit Dosto à se faire massacrer par les Sybarrans, alors Harmony le détruit. Iris aide les Sybarrans à partir sur le navire militaire, mais les soldats coupent les systèmes de survie à bord, les laissant mourir. Malgré les protestations d'Iris, Halan accepte l'opération et rencontre Aleph.

Harmony réalise que l'opération n'a pas pour but de l'implanter, mais plutôt de siphonner la poussière de l'artefact que Halan avait respirée lors de sa dernière mission. Halan se retrouve enfermé dans une dimension avec Aleph, Bart et Harmony. Lorsque Harmony jette le morceau d'artefact qu'Halan a caché, l'artefact revient à la vie et Aster apparaît dans la dimension. De retour dans le monde réel, Iris réussit à restaurer le pouvoir des Sybarrans, qui peuvent enfin partir. Xalterrica reste pour aider Iris en signe de gratitude, mais Halan meurt entre-temps. Harmony comprend qu'elle est la force motrice de la dimension et trouve un moyen de sortir avec l'aide de tout le monde, devenant une véritable synthèse IA/humain. L'artefact communique directement avec elle et la juge digne de les recevoir.