Au large des côtes, dans le Pacifique Nord, comme dans le Pacifique Sud ou en mer d'Écosse, des phénomènes étranges sont constatés par les pêcheurs et les chercheurs en biologie marine.

Le chef d’un restaurant à Saint-Jean-de-Luz s'apprête à préparer des homards qu'il a achetés le matin même au marché, lorsque l'un d'entre eux l'asperge d'une sécrétion abdominale. Peu après, il fait un malaise et décède avant son arrivée à l'hôpital.

Une fois l'épave du Juno localisée dans les fonds, un robot sous-marin est envoyé sur les lieux, à la demande du professeur Lehmann, pour tenter de comprendre ce qui s'est passé. Les images qu'il filme sont troublantes : un son et une lumière étranges apparaissent autour du navire coulé.

Aux étranges phénomènes qui se sont produits dans l’hémisphère Nord vient s’ajouter l’invasion des côtes d’Afrique du Sud par des crabes blancs. Pendant ce temps, en France, les professeurs Granneli et Roche poursuivent leurs recherches sur le virus afin de déterminer son mode de transmission et de trouver un traitement.

Le professeur Roche met en lumière un facteur commun indéniable entre les crabes qui envahissent les côtes et les homards qui provoquent des décès. Suite aux derniers événements, le Conseil iInternational pour la protection des océans (ICPO) se réunit en urgence à Genève et Sigur Johanson tente de leur faire part de ce qu'il a appris sur les vers de glace par l'entremise de Riku Sato. Ce dernier lui parle des découvertes troublantes qu'a faites Leon Anawak sur les cétacés et met les deux hommes en contact. Charlie, de son côté, découvre un lien entre le message laissé par Jess depuis le Juno et la vidéo de l'épave faite par le robot sous-marin.

Après avoir entendu le cri d’alerte lancé par le professeur Roche devant le Conseil international pour la protection des océans et avoir étudié les découvertes de Leon Anawak, le professeur Johanson décide de réunir à Kiel les différents chercheurs travaillant sur le sujet afin de mettre en commun leurs découvertes. L’équipe de chercheurs annoncent également à l’ICPO que la situation est critique.

L'expédition se dirige vers l'Arctique, là où ont été relevés le plus de sons émis par le Yrr et là où les conditions sont les plus favorables à sa reproduction. Une fois sur place, Samantha et Leon établissent le contact avec le Yrr via des messages sonores, puis visuels. Cécile et Sigur avancent dans leurs recherches sur la façon dont le Yrr prend le contrôle des espèces. Charlie insiste pour accompagner Roscowitz lors de sa sortie d'essai à bord d'un mini sous-marin d'exploration. À la demande de M. Mifune, Alicia filme l'équipe et tient un journal de bord pour décrire leurs découvertes et leur ressenti.

M. Mifune rejoint l’équipe de chercheurs à bord du Thorvaldson où le professeur Johanson lui explique la nature du Yrr, à savoir, un organisme unicellulaire capable de se recombiner en un ensemble multicellulaire. Pendant ce temps, le professeur Roche tente de trouver un moyen d’inverser le processus de contamination qui affecte Alicia Delaware.