L'équipe Fly fait la connaissance de l'agent spécial Wesley « Wes » Mitchell lorsque son partenaire est abattu à Los Angeles et que les suspects s'enfuient à Budapest, envoyant Mitchell à l'étranger.

Quand un ambassadeur des É.-U. est pris en otage avec 70 civils dans une station de télé des Pays-Bas, l'équipe Fly doit travailler vite pour découvrir qui est l'adversaire.

Quand une adolescente américaine disparaît lors d'une fête sur la plage pendant son voyage de fin d'études au Portugal, l'équipe Fly mène l'enquête.

L'inspecteur général adjoint fait appel à Tate et lui confie sa première mission d'infiltration en Espagne. Elle rejoint Wes et l'équipe de Madrid pour enquêter sur un agent spécial de la DEA potentiellement corrompu.

Lorsqu'un Américain et l'Ukrainienne qu'il avait connue sur un site de rencontres sont enlevés à Varsovie, l'équipe Fly s'envole pour la Pologne afin de découvrir qui gère le site.

Quand un bus de bénévoles américains est détourné dans une région dangereuse du Maroc, l'équipe Fly fait tout pour localiser les travailleurs humanitaires et ceux qui les ont enlevés.

Un ancien collègue de Wes basé aux États-Unis, Tyler Booth, demande l'aide de l'équipe pour capturer un Américain sur la liste des personnes les plus recherchées du FBI en l'attirant hors de Russie grâce à son ex-femme aux sentiments tiraillés.

À la veille du procès de Greg Csonka, Barany, le témoin clé, est battu à mort dans sa prison hongroise. L'équipe se rend sur place, ce qui force Mitchell à revivre la perte de son partenaire. De son côté, Wes aide Booth à préparer ses entretiens.

Un membre de l'équipe Fly disparaît lors de la traque de Greg Csonka à Paris. Pendant ce temps, Vo est entre la vie et la mort après s'être fait tirer dessus.

Quand un biochimiste russe est assassiné en essayant de fuir le pays, l'équipe Fly protège sa fille, qui doit remettre la mallette de son père à un microbiologiste américain. Mitchell aide Vo dans sa convalescence, Booth s'emporte contre Smitty.

Lorsqu'une étudiante américaine est retrouvée morte dans une prestigieuse université britannique, l'équipe enquête sur une société secrète. L'histoire personnelle de Smitty avec cette université fait resurgir de vieux démons.

La Fly Team mène une chasse à l'homme internationale lorsqu'une Américaine et son nouveau mari fuient Baltimore pour Istanbul avec leur jeune fils après un meurtre odieux.

Lorsqu'un homme d'affaires américain est abattu à Bratislava, la Fly Team doit travailler avec un policier local sans scrupules tout en protégeant le seul témoin, une touriste du Wisconsin effrayée car retenue par la police.

Après le meurtre brutal d'une jeune Américaine à Venise, l'unité de détachement du FBI se heurte à une certaine hostilité en découvrant que le principal suspect a des liens avec une famille italienne de premier plan.

Quand un télévangéliste recherché par le FBI apparaît à Gibraltar pour une demande d'asile, l'équipe Fly tente de l'appréhender, mais se heurte au manque de coopération des autorités politiques locales.

Quand un PDG américain vivant à Prague se voit réclamer des millions en cryptomonnaie en échange de sa famille kidnappée, Mitchell reçoit la visite de son ex-compagne, l'agente spéciale du FBI Ella Driscoll, qui réclame l'aide de l'équipe Fly.

Lorsqu'un psychologue en possession de renseignements classifiés disparaît lors d'une randonnée dans les Alpes suisses, l'équipe Fly collabore avec l'agent Tyler Booth. De son côté, Mitchell reçoit des nouvelles inquiétantes de son père biologique.

L'équipe se rend en Géorgie pour découvrir les motivations d'une attaque contre deux militaires américains dans un centre de formation de l'OTAN avant que l'incident ne provoque une crise internationale.

Lorsqu'un trafiquant d'armes américain soupçonné d'avoir un lourd casier judiciaire apparaît à Vienne avec des armes volées, la Fly Team envoie Mitchell et Smitty sous couverture pour tenter d'infiltrer son opération. Au cours de la mission, Smitty entre dans des eaux troubles en travaillant avec la femme du suspect. Pendant ce temps, le père biologique de Mitchell se présente à Budapest après avoir été libéré de prison pour le rechercher malgré le désintérêt de Mitchell.

Lorsqu'un responsable américain chargé d'un échange de prisonniers à Belgrade est détenu en Roumanie, il demande à la Fly Team d'intervenir et de procéder à l'échange. Lorsque leur convoi est attaqué et qu'un des prisonniers s'échappe, l'équipe doit faire tout ce qui est en son pouvoir pour retrouver le prisonnier manquant avant que la mission hautement sensible ne soit compromise.

Lorsqu'une étudiante américaine et travailleuse du sexe est assassinée à Budapest, des similitudes avec une affaire récente au Japon conduisent l'équipe Fly à s'associer à des détectives de Tokyo.

L'équipe Fly découvre qu'elle est sur la piste d'un tueur en série, menant l'enquête - et Mitchell - au Japon pour mettre fin à une folie meurtrière internationale.