L'existence des artilects, une forme d'intelligence artificielle, repose sur une seule mission qui les suit tout au long de la vie.

“Your one hundred-year journey starts here.” L'une des causes de la guerre entre IA et humains qui se déroulera cent ans plus tard, est la mort d'un politicien nommé Aikawa. Le groupe terroriste anti-IA "Toak" tente d'attaquer le député Aikawa, mais Vivi et Matsumoto agissent pour empêcher cette tragédie de se produire. Cependant, Vivy n'a aucun moyen de riposter aux attaques incessantes des terroristes puisqu'elle a été créée pour être une chanteuse, et ils se retrouvent acculés dans un coin...

Peu à peu, Vivy trouve son public. Un beau jour, Matsumoto revient pour lui signaler que la prochaine étape de l'opération Singularité arrive, et qu'elle se déroulera dans l'espace.

“I’m bringing this child safely back to earth no matter what.” Estella, une IA qui travaille à l'hôtel spatial Sunrise, est soupçonnée d'avoir tenté de faire s'écraser l'hôtel sur la Terre. Cependant, au fur et à mesure que Vivy interagit avec Estella et apprend à mieux la connaître, elle commence à voir une différence entre les informations que Matsumoto lui a données sur Estella. Pendant ce temps, quelqu'un prend le contrôle de l'hôtel Sunrise beaucoup plus rapidement que ce que Matsumoto avait prévu. Au milieu de la confusion, Vivy cherche la cause de la situation afin de sauver les passagers et la jeune sœur de Momoka, Yuzuka.

“I want to protect your smile, because you love AIs.” Après l'incident du Sunrise, le public des représentations scéniques de Vivy augmente de jour en jour. Matsumoto apparaît à nouveau devant Vivy et l'informe que la technologie de l'IA progresse plus vite que ce qui a été enregistré dans l'histoire. Afin d'arrêter cela, il déclare que leur nouvelle mission sera de fermer l'usine non habitée sur l'océan, Metal Float. Matsumoto et Vivy se précipitent pour rencontrer le chercheur qui a aidé à construire cette usine.

Vivy et Matsumoto se sont infiltrés sur Metal Float pour arrêter l'usine une bonne fois pour toutes.

Le festival du Zodiaque approche, et avec lui le grand concert réunissant douze artilects de chant. Ce sera l'occasion pour Vivy de rencontrer ses plus jeunes sœurs, notamment Ophelia, qui va fortement l'intriguer.

“Nothing is more important than singing an amazing song…that will allow me to fulfill my life’s mission.” Matsumoto explique à Diva que son objectif actuel est d'empêcher Ophélie de se donner la mort. Ophélie est une IA chanteuse qui vient de terminer une incroyable performance lors d'une répétition. Par principe, les IA n'ont pas le droit de s'autodétruire. Diva s'approche donc d'Ophélie pour l'empêcher de se suicider.

«Hé, tu m'entends? Tu ne trouves pas que cette chanson que je chante sonne belle? » La triste vérité derrière la tragédie qui a frappé Ophelia, c'est que son IA de soutien, Antonio, a pris le contrôle de son corps. Avec son identité détruite, Antonio attaque Matsumoto afin de cacher la vérité d'Ophelia.

«J'ai tenu ma promesse, Diva.» Cela fait cinq ans que Vivy est de retour et Diva a disparu. Vivy est exposée au musée de l'IA et est confrontée à son défaut de ne pas pouvoir chanter. Lorsque Matsumoto se présente à nouveau devant elle, elle trouve l'espoir de participer au Singularity Project, mais il l'informe que le projet est terminé.

Le futur tant attendu est arrivé… et la tête pensante derrière la guerre entre artilects et humains abat ses dernières cartes.

“…What does the heart mean to you?” “Our aim is to annihilate all of humanity.” D'après les calculs de l'Archive, la base de données intégrée de l'IA, l'humanité est désormais au bord de l'extinction. Alors que le compte à rebours vers l'extinction de l'humanité commence, Vivy et Matsumoto décident d'unir leurs forces avec leur ennemi juré, Toak, afin de planifier une stratégie pour s'introduire dans Arayashiki, le cœur de l'Archive. Cependant, Matsumoto remarque une solution possible qu'il présente à Vivy, après qu'elle ait été contactée par l'Archive.

Une seule et unique chance : c'est tout ce qu'il reste à l'humanité dans sa quête d'un avenir. Vivy apportera-t-elle le salut au genre humain ?