Tandis que la bataille entre l'humanité et les Festum fait rage, nos héros se démènent pour ramener leurs camarades enlevés par le biais de l'opération azur, mais quel sera le prix à payer ?

Dans un rêve de Sôshi, ce dernier fait la rencontre de deux enfants aux traits identiques à ceux d'Orihime avant que ces derniers le préviennent que l'enfant du Mir le cherche. C'est alors qu'il se réveille sur une île paisible, où la paix semble régner, mais des questions commencent à envahir son esprit.

Après sa récupération, Sôshi refuse toujours de renoncer à ses convictions, persuadé que Kazuki est responsable de son malheur ainsi que de la mort de sa petite sœur. Malgré tout, Fumihiko et les autres essaient de le convaincre que la réalité est bien celle qu'il a sous les yeux actuellement…

Après s'être emparé d'un fafner, Sôshi tente de s'échapper de l'île où il est détenu, persuadé qu'on essaie de le manipuler. Les autres n'ont alors d'autres choix que de l'arrêter, quitte à utiliser la force.

Sôshi retrouve Maris, venu le récupérer, mais ce dernier, suite aux nombreuses révélations auxquelles il a dû faire face, se montre méfiant. Son ami est alors forcé de repartir alors sans lui, laissant Sôshi seul avec ses doutes.

Sôshi obtient finalement le droit de monter dans un Fafner, sans pour autant pouvoir le piloter, car son entraînement n'est pas terminé. Pendant ce temps, des conflits internes semblent doucement émerger au sein même du groupe de nos protagonistes, alors que leurs ennemis préparent l'offensive…

La bataille est désormais inévitable entre les deux camps, Maris étant parvenu à contrer les défenses d'Ashôka et lançant une invasion sur le CDC. Sôshi se retrouve alors face à celui-ci, tandis que l'île commence à sombrer suite à la stratégie de Benon.

Les conséquences de la bataille se font ressentir sur l'île, tandis que de nombreuses personnes pleurent les disparus. Les funérailles, qui ne se font pas attendre, laissent un vide amer dans le cœur des habitants. Sôshi, de son côté, essaie tant bien que mal de réconforter Maya et Miwa qui semblent inconsolables.

Le plan L2 se met en marche, où l'île sera utilisée comme appât pour gagner du temps au vaisseau L, piloté par un effectif réduit, dans le but de retrouver Tatsumiyajima. Malheureusement, tout ne se passe pas comme prévu…

Nos héros profitent d'un moment de répit pour organiser une petite fête, avant la 6e opération azur. L'occasion est parfaite pour renforcer les liens. De l'autre côté, Maris et ses compagnons réaffirment leur détermination de bâtir un monde où ils vivront en paix.

L'unité de Fafner, sous le coup de l'attaque de Mark Raison, peine à contre-attaquer, ce qui conduit la bataille à un impasse. Pendant ce temps, Miwa et Sôshi approchent Altaïr, mais Maris se met alors en travers de leur chemin.

Alors que la bénédiction que Miwa a choisi se répand à travers le monde, les Festum montent ensemble en direction du ciel et couvrent la lune rouge, tandis que les témoins de cet événement sont fascinés par ce qui se passe devant eux.