Ananas-Wilson part mystérieusement retrouver Ananas-Barbara, une copilote comme lui. Mais celle-ci a été kidnappée par Murana. Les héros se lancent dans l’aventure pour sauver les deux petits Ananas. À la fin, l'équipage découvre avec émotion l’attachement qui les lie.

Dodo-le-Dur a investi une île dont il prétend être le sultan par la volonté de ses habitants. Son égocentrisme fait de lui une proie facile du Boucanier. Heureusement, Pirata et Capitano veillent à ce que le Grand Océan reste un espace de liberté dont tout le monde peut profiter.

Grâce à Capitano, Ananas-Wilson va passer le stade ultime des épreuves de pilotes pour avoir sa licence. Normalement, une formalité pour le très doué petit co-pilote, jusqu'à ce qu'il se rende compte que la personne devant lui faire passer son examen se relève être… Ananas-Barbara ! Perdant tous ses moyens face à sa dulcinée, Ananas-Wilson réussira-t-il à surmonter ses émotions ?

Le Grand Gouza est désespéré : il a perdu un des petits gouzis dont il est le protecteur. Notre équipage part à sa recherche… en vain. L’arrivée d’un passager clandestin sur le Crâne Rose – Couac – les met sur la piste de Dodo-le-Dur. La disparition du petit gouzi est-elle due à une nouvelle bêtise du pirate à la dent dure ?

Roberto respire de la Panacée par mégarde. Or, il ne faut surtout pas en absorber si l'on n'est pas boucanisé, puisqu'elle fait alors perdre tout discernement. C’est le cas de Roberto qui se prend maintenant pour le capitaine du Crâne Rose, un capitaine autoritaire et misogyne. Pirata découvre qu’il existe un antidote. Encore convient-il d’en trouver l’ingrédient principal et de le faire manger à Roberto.

Roberto angoisse à l’idée de participer à une fête de famille incluant un concours de danse. Il va avoir besoin de l’aide de ses camarades pour dépasser sa mauvaise image de danseur et son manque de confiance en lui.

À la barre du Crâne Rose, Pirata évite de justesse une collision avec le Flibustier-au-long-bec. Pas très contente, elle saute sur le bateau pour dire ses quatre vérités au pirate à la dent dure qui n’arrête pas de se gratter. Lorsque le Crâne Rose reprend sa route, l’équipage est pris d’intenses démangeaisons à son tour. Dodo leur a refilé des Poupuces qui infestent aussi Barracuda ! Dodo confesse qu’il cherchait un trésor sur l’île Poussemousse lorsque les démangeaisons ont commencé. Omar-le-bleu le sermonne : tout le monde sait que cette île est infestée de Poupuces ! Heureusement, Pirata découvre un remède dans le Code de la Piraterie : il faut des feuilles de l’arbre à vinaigre qui ne poussent, hélas, que sur l’île… PousseMousse !

Quelqu’un a volé une pièce du Crâne Rose, l’empêchant de passer le contrôle technique des bateaux pirates pour recevoir son permis de naviguer. Et il n’est pas le seul car tous les bateaux ont perdu un élément essentiel à leur navigation. Il s’agit d’un sabotage mais de qui et pourquoi ? Sous la houlette de Pirata et de Capitano, les pirates vont devoir s’unir pour le découvrir.

Omar-le-bleu est désespéré : il vient de perdre son Coqui-trèfle, un petit coquillage en forme de trèfle qui lui a porté chance toute sa vie et grâce auquel il pense etre devenu ce qu’il est. Sans lui, il ne serait donc plus rien? Notre bande va devoir lui prouver le contraire en lui redonnant confiance en lui.

En compagnie d’Hippo-La-Savante, l'équipage constate avec stupeur que l’île du grand Gouza est devenue un refuge pour oiseaux, tintamarrants et poissons. Voilà qui n’est pas normal, quelque chose de mystérieux se trame dans le Grand Océan ! Pirata et Capitano découvrent que c’est une pollution sonore qui leur fait fuir leur habitat habituel : les percussions cacophoniques de l’Ogre Vacarme, sur l’île Tintamarre. Notre petite escouade doit donc comprendre pourquoi Vacarme joue si fort… pour que les animaux puissent retrouver la paix et revenir vivre chez eux.

Chez Pulpi, l’équipage du Crâne Rose fait la connaissance de Rosie-La-Crevette. Depuis toute petite, elle rêve d’être pirate comme son ancêtre dont elle possède la carte au trésor. Mais à cause de sa petite taille, elle pense son rêve irréalisable. Pas du tout d’accord, l’équipage va lui apprendre les rudiments de la navigation tout en l’aidant à trouver son trésor. Rosie va prendre confiance en elle et démontrer que même une minuscule crevette peut devenir une « grande » pirate.

Roberto ne veut plus vivre des aventures qui lui font peur : il ne rêve que de cuisiner tranquillement. C’est pourquoi à la suite d’un gros coup de stress, il quitte le Crâne Rose, décidé à ouvrir un restaurant sur l’île des Squelettos. Tout l'équipage est attristé par le départ de leur cuisinier préféré. Sans Roberto, le groupe n’est plus au complet ! La bande va tenter de le faire revenir sur sa décision…

Capitano et Murana s’occupent de l’entretien du Batavion... Hélas, peu de temps après, l’engin disparaît ! Murana pense aussitôt qu’il a été volé par Capitano, qui est, lui, persuadé du contraire. C’est en fait Pépé-l’Embrouille qui a dérobé le formidable appareil dont il compte se servir pour mettre la main sur les trésors des pirates sans faire aucun effort. Pirata convainc Capitano et Murana d’unir leurs forces pour récupérer l’invention commune à leurs ancêtres.

A l’entrée de Barracuda, le Flibustier-au-Long-Bec de Dodo-le-Dur et la barque de Pépé-l’Embrouille se percutent, détruisant cette dernière. Apparemment, Dodo est en tort et, comme l’exige le Code de la piraterie, il doit prêter son navire à Pépé, le temps d’avoir réparé sa barque. Pirata et Capitano découvrent que Pépé l’a en fait sabotée pour disposer du Flibuster-au-Long-Bec. Pirata, sans le vouloir, est partie prenante de cette injustice. Décidée à la réparer, elle et son équipagent rettrapent Pépé et rendent à Dodo son navire chéri.

Alors que se prépare la grande kermesse pour fêter l’anniversaire de la Confrérie, les Piratétoiles laissent échapper la précieuse plume de chapeau de Prior, mettant ainsi la fête en péril. Bouleversées, elles se lancent à sa recherche sans réfléchir et se mettent en danger. Pirata et Capitano les sauvent mais, comment retrouver une plume sur le Grand Océan, puisque cela revient à chercher une aiguille dans une botte de foin ?

Alors que Pirata et Capitano parcourent l’île aux Epices pour trouver de la Perlinpinpinette pour Roberto, les Piratétoiles disparaissent. L'équipage fait la rencontre de Fouet Fouet un monstre gentil mais qui pue énormément. De fait, personne ne lui a jamais appris à se laver ! Le souci est que FouetFouet sent tellement mauvais qu’il ne parvient pas à se faire des amis. Hélas, il a aussi peur de l’eau. Pirata, Capitano et le reste de l'équipage vont essayer de trouver un moyen drôle et ludique de l’aider.

Miaoucha débarque sur une île avec Pirata et Capitano, puis leur fausse compagnie. Cette gourmande veut aller déguster sa friandise préférée : des boules de pollen ! Hélas, de retour à bord, tout l’équipage est pris de farouches allergies alors qu’une tempête se profile. Miaoucha pourra-t-elle aider ses camarades ?

Murana et Dany ont trouvé une carte codée indiquant la position d’une île inconnue. Plic, Plac et Ploc qui reconnaissent une « île Piratétoile » aimeraient y rendre une petite visite. Pirata se réjouit de les y accompagner. Seules les Piratétoiles peuvent lire la carte qui y conduit mais l’arrivée du Crâne Rose trouble la tranquillité de ce paradis au milieu du Grand Océan car Murana et Dany l’ont suivi et sont prêts à tout pour trouver un trésor qui n’existe même pas !

Capitano et Murana revendiquent la conception cartographique d'un détroit dangereux par leurs aïeuls respectifs. Pirata propose de les départager en se rendant sur place et d’essayer d’y trouver des vestiges pouvant établir la vérité historique. Les amis et Murana finiront par comprendre que les ancêtres étaient en fait des alliés ayant travaillé main dans la main pour réaliser la carte du dangereux détroit.

Pirata et Capitano découvrent une lanterne… qui s’avère bientôt être magique ! Notre bande compte bien utiliser le dernier voeux pour mettre la main sur un trésor mais la décision de le laisser à leur amie Pénélope dont le rêve est, justement, de trouver son premier trésor, est une évidence pour l'équipage le plus juste et attentionné du Grand Océan.

Alors que l’équipage explore l’île Ronpich à la recherche du trésor du célèbre pirate Mac-Roupillon, Weboo se fait piquer par une ronce et tombe dans un profond sommeil. Le Code de la Piraterie est formel : le seul moyen de l’en extirper est de lui concocter une soupe à base de champignon Saphir mais Roberto sait que cela fait longtemps que personne n’en a trouvé… Décidé à sauver Weboo, la plus valeureuse équipe du Grand Océan mete cap sur l’île Percée pour en explorer les grottes, espérant mettre ainsi la main sur le fameux champignon.

C’est le jour de la régate de l’année, que chaque pirate rêve de remporter. Si certains comme Capitano et Ananas font preuve d’inventivité avec leur « foiler » ou d’un bel esprit sportif comme l’équipage du Crâne Rose, d’autres se montrent beaucoup moins fair-play.

Après un tremblement de terre, Pirata et Capitano se rendent sur l’île Tintamarre, l’épicentre du séisme, afin de s’assurer que tout le monde va bien. Ils découvrent d'abord des Tintamarrants apeurés, puis Ogre Vacarme prisonnier dans une grotte à cause d'un éboulement. Toute l'équipe va devoir unir ses forces afin de faire sortir Ogre Vacarme.

On a volé le Crâne Rose de Pirata ! Avec l’aide de Capitano, la pirate retrouve sa trace et constate que le voleur est Dodo-le-dur ! Sauf que ce filou a repeint le Crâne Rose en vert, le rebaptisant « Vert de Mer »… Il assure (et le Code de la Piraterie le valide) que, sans preuve de sa filouterie, c’est désormais son navire. Pirata et Capitano doivent trouver une idée pour piéger le voleur.

Pirata et Capitano ont trouvé l’Atlas de Prior et Roberto a cuisiné une de ses spécialités pour fêter cette formidable découverte. C’est alors que le Boucanier arrive pour, soi-disant, goûter le plat. Comme Roberto pense que la cuisine rapproche les gens et que le goût des bonnes choses pourrait ramener le Boucanier à de meilleures intentions, Pirata finit par l’accueillir à bord.

Depuis quelques temps, une mystérieuse chaloupe apparaît, puis disparaît de la surface du Grand Océan. Une Chaloupe fantôme ou plus simplement une embarcation attachée à la queue d’une pauvre baleine ?