Nous sommes en 1968. Les étudiants de médecine et internes de l’université de Tokyo sont en grève pour mettre fin au système de l’internat, qu’ils jugent injuste. Lorsqu’un train percute un bus sur un passage à niveau, le CHU se retrouve alors vite débordé. Maiko Okamoto, interne au CHU, est envoyée sur le campus pour recruter des volontaires. Elle fait alors la rencontre de Kuroo Hazama, un étudiant mystérieux au visage rapiécé...

Après s’être fait kidnapper en pleine rue, Hazama se réveille menotté à un lit d’hôpital en compagnie d’autres hommes, dont son ami Yabu. Le point commun entre toutes ces victimes est qu’elles doivent de grosses sommes d’argent à un dénommé Tachiiri. Ce dernier leur propose alors d’éponger leurs dettes en échange d’un de leur viscère, mais pas n’importe lequel. Il s’agit en effet de leur cœur…

Alors qu’Okamoto se trouve chez Hazama pour tenter de découvrir son secret, nos héros entendent des gémissements en provenance de l’appartement voisin. Ils décident d’aller voir ce qui se passe et sont accueillis par Tamura, un garçon qui a fréquenté le même lycée que Hazama. Tamura avoue alors à ce dernier qu’il héberge un homme malade et lui demande de bien vouloir l’examiner. Hazama refuse et lui conseille de l’amener dans un hôpital, mais la situation n’est pas aussi simple. L’homme en question, Smith, est en effet un déserteur qui a fui la guerre du Vietnam…

Yabu annonce à Hazama qu’il a décidé de partir au Vietnam en tant que médecin volontaire afin de guérir sa phobie du sang. Apprenant aux informations que l’hôpital dans lequel travaille Yabu vient d’être détruit par une attaque terroriste orchestrée par le Front national de libération du Vietnam du Sud, et n’ayant plus aucune nouvelle, Hazama décide à son tour d’embarquer pour le Vietnam afin de retrouver son ami.

Hazama, Bob, Takayanagi et Fan sont faits prisonniers par des rebelles nord-vietnamiens. Ces derniers exigent d’eux qu’ils signent un document attestant que la dernière attaque américaine menée contre un village des environs visait bien des civils. Devant leur refus, les rebelles décident de les torturer afin de les faire avouer leurs crimes. Et plus le temps passe, plus l’état de Steve devient préoccupant...

Le trio de médecins est parvenu à sauver Steve. Mais celui-ci délire à son réveil et s'enfuit de sa chambre. Quand Black Jack et ses amis le retrouvent, il erre dans une rizière et finit bientôt par marcher sur une mine. Il n'en faut pas plus pour que son ami Bob voie rouge et crache sa haine sur les soldats vietnamiens. L'arrivée d'un de ses anciens tortionnaires blessé ne va pas arranger les choses...

Maiko et Hazama se rendent à Chicago pour assister à une opération du professeur Liesenberg, un éminent chirurgien. Dans le hall de l’hôpital, Maiko tombe par hasard sur Tiara, une fille avec qui elle était devenue amie lorsqu’elle étudiait aux États-Unis. Par l’intermédiaire de cette dernière, ils font la connaissance de Johnny, un jeune Afro-Américain qui milite pour les droits des noirs. Suite à une altercation, Hazama et Maiko découvrent que Johnny souffre d’une étrange pathologie. Il est totalement insensible à la douleur...

Malgré tous ses efforts, Hazama ne parvient pas à découvrir la cause de l’insensibilité de Johnny. Alors que tout espoir semble perdu, Hazama fait la rencontre de Tommy, un soldat tout juste rentré du Vietnam qui était dans la même section que Johnny avant de partir à la guerre. Tommy lui apprend alors qu’en réalité, Johnny n’est jamais allé au Vietnam, mais qu’il a suivi un entraînement spécial sur une île déserte d’Okinawa, où l’armée et la CIA ont mené des expériences top secret.

Okamoto et Hazama assistent au premier cours donné par un ancien professeur de la célèbre université Teito qui vient tout juste d’être muté dans leur université. Le professeur en question, Maruo Hyakki, a perdu ses quatre membres dans un accident de la route et travaille actuellement à l’élaboration d’un nouveau genre de prothèses mécaniques. Hazama finit alors par le reconnaître. Hyakki faisait en effet partie de l’équipe du professeur Honma lorsque ce dernier a miraculeusement réparé le corps de Hazama, en pièces suite à l’explosion d’un obus...

Hyakki découvre que Takara, son ancien ami de l’université Teito, a comploté avec Tano et Sabame pour empêcher son opération d’avoir lieu, détruisant ainsi toutes ses chances de redevenir un jour chirurgien. Mais leur perfidie va plus loin. Ce sont eux aussi qui ont orchestré l’accident qui a coûté ses membres à Hyakki. Ce dernier part alors dans une croisade vengeresse afin de récupérer ce qu’ils lui ont pris.

Hyakki poursuit sa croisade vengeresse et projette maintenant de s’en prendre au directeur Daigô. C’est en effet ce dernier qui était à la tête du groupe qui a organisé le sabotage de la voiture que conduisait Hyakki au moment de l’accident, dans un complot visant à s’emparer de la direction du CHU de Teito.

Alors qu’il croise par hasard une manifestation d’étudiants révolutionnaires de gauche, Hazama retrouve Eri, une fille qu’il a soignée suite au premier incident de l’aéroport de Haneda. Cette dernière part alors bientôt dans les montagnes de la préfecture de Gunma avec d’autres étudiants extrémistes afin de préparer la lutte armée.