Une manifestation étudiante se déroule à Shinjuku pour protester contre l’accord secret d’Okinawa. Désormais, les super-humains non répertoriés sont considérés comme des criminels par le gouvernement. Alors qu’ils s’entrainent au maintien de l’ordre sous les ordres des forces de défense, le DSH et le Lt Shiba voit soudain un androïde de l’Alliance pour la paix débarquer. Il est venu sur Terre pour traquer le Planétaire S qui s’y cache et qui, avec ses semblables, est responsable de l’extinction de nombreux systèmes solaires !

Une mystérieuse jeune femme utilise la musique pour tuer des aliens qui se font passer pour des humains. Le DSH mène l’enquête et remonte vite à un hôpital clandestin pour super-humains où est soignée la suspecte. L’identité de cette dernière va en surprendre plus d’un, à commencer par Jirô, qui accepte néanmoins de la prendre sous son aile. Quelles sont les véritables motivations de cette tueuse en série ? Jirô pourra-t-il vraiment la protéger du DSH comme il le souhaite ?

Le Grand Prix international de Sapporo approche à grands pas, et l’équipe japonaise de saut à ski doit bientôt inaugurer le tremplin qui servira pour la compétition. Mais lors d’un entraînement, les trois athlètes nippons sont frappés par des éclairs. À leur réveil, une étrange fleur leur a poussé sur la tête. L’équipe de saut à ski étant la meilleure chance de médailles du Japon, le ministère des Sports fait aussitôt appel au DSH pour résoudre ce mystère. Des super-humains se cachent-ils derrière tout ça ?

Un incendie a ravagé un train de nuit dans le tunnel d’Hokuriku. Les super-humains sont immédiatement mis en cause par le gouvernement. Emi, inquiète pour ses semblables, part voir Dévila, une yôkai des profondeurs qui déteste les humains. Elle craint que l’accident ne soit un avertissement de Dévila aux humains. Pendant ce temps, Dévilo, le petit frère de Dévila, apparaît à la gare de Shinjuku. Subjugués par son discours, les passants se mettent à le suivre... Mais les forces de défense et le DSH ne sont pas loin !

Wakamura Ichiyu est un employé ordinaire. Un matin, le bus dans lequel il est monté avec sa fille est attaqué par Jack Flash, un super-humain en cavale. Jeté hors du bus par ce dernier, Wakamura se transforme alors en super-humain et revient sauver les passagers. Mais d’où peut bien lui venir ce nouveau pouvoir ? La réponse pourrait bien être des plus surprenantes !

Le corps d'une femme, prisonnier des glaces, est découvert au Pôle Sud. Récupéré par l’agence Empire, il est apporté au DSH pour investigation. Très vite, on découvre qu’il s’agit du Masque de fer, un personnage célèbre des contes japonais. Ramenée à la vie, elle est conduite à la résidence du Premier ministre qui désire s’entretenir avec elle. Que peut bien lui vouloir le Premier ministre ? Et pourquoi Jaguar semble-t-il la connaître ?

Le sergent-major Jonathan Morrell, de l’US Army, a déserté de la base américaine de Yokota. Le colonel Carolco, qui commande son unité, charge le DSH de le retrouver. Traumatisé par les combats qu’il a livrés en Asie du Sud-est, Jonathan ne demande qu’une chose : rentrer dans sa ville natale, aux USA. Opposé à l'utilisation des super-humains comme soldats, Jirô est bien décidé à l’aider. Mais le DSH et surtout l’US Army ne l’entendent pas de cette oreille !

En l'an 49 de l'ère Shinka, le 1er ministre Tachibana décide d’importer des USA les robots NUTS afin de renforcer le contrôle des super-humains. Michiko, de l’agence Empire, est chargée de recruter ceux qui piloteront ces robots. Evidemment, la décision du gouvernement divise les super-humains et certains semblent prêts à tout pour détruire ces nouveaux robots. Jirô sera-t-il de ceux-là ?

Une menace plane sur les NUTS exposés au centre de Tôkyô. Le DSH et le Service de sécurité super-humain sont aux aguets. Mais qu’en est-il de Jirô ? Est-il prêt à s’opposer à des super-humains ? La veille, la réplique du casque de Claude l’a plongé dans le passé et lui a fait découvrir ce qui serait son enfance. Comment savoir si c’est bien la vérité ? Le film produit par Empire, qui revient sur les évènements tragiques qui ont secoué le Japon par le passé et qui fait un tabac dans les salles, pourrait-il confirmer ce qu’il a vu dans le casque ?

Trois mois après l’ouverture à Ultima Polis de l’exposition sur les super-humains, Emi et ses alliés décident de prendre possession de la cité. Devant cette rébellion de yôkai et autres kaijû, le gouvernement lance une vaste opération afin d’appréhender tous les super-humains considérés comme dangereux. Kikko et Fûrôta continuent à chercher Jirô, qui semble avoir découvert ce que cache Ultima Polis. Quel sinistre projet se cache derrière la création de Master Ultima et Empire ? Découvrez-le sans plus attendre !

Alors que le combat fait rage entre Jirô et les supers-humains, Kikko décide d’intervenir ! Elle ramène Jirô à Ultima Polis où Emi entend bien s’expliquer avec elle. C’est alors que Satomi, accompagné de Jaguar, fait son entrée et révèle à tous les véritables intentions de Jirô. Mais quelles sont celles de Satomi ? Pourquoi veut-il tant voir les supers-humains disparaître ? Préparez-vous pour un final explosif !