La montée du niveau des océans a plongé sous les eaux une partie de la civilisation humaine. Natsuki, un jeune homme désabusé ayant perdu une de ses jambes dans un accident, décide de partir à la recherche du trésor de sa grand-mère, qui se trouverait dans son ancienne maison, au fond de la mer. Contre toute attente, le trésor se révèle être une humanoïde nommée Atri.

Catherine ayant dû prendre la fuite pour échapper à ses créanciers, Natsuki se voit contraint de conserver Atri jusqu’à son retour. Cependant, les nombreuses bourdes commises par la supermachine rendent la cohabitation difficile. Prenant son mal en patience, Natsuki tente de découvrir avec l’aide de Minamo quelle est la dernière requête de sa grand-mère.

Natsuki accompagne exceptionnellement Atri à l’école. En arrivant, le garçon a la surprise de constater que l’établissement est quasiment à l’abandon et que les élèves se comptent sur les doigts d’une main. Quant aux cours, ils sont assurés par Minamo depuis le départ du dernier enseignant. Rapidement, Natsuki se met à dos l’élève le plus âgé de la classe, Ryûji.

Natsuki et ses camarades de classe se mettent en quête des matériaux et des composants nécessaires à la fabrication d’un générateur d’électricité. C’est dans l’ancienne usine de la famille de Ryûji, désormais submergée, qu’ils espèrent trouver le premier d’entre eux, de la résine. En la cherchant, Atri met la main sur de gros crabes fort appétissants.

La fabrication du générateur d’électricité se heurte à l’absence d’un composant essentiel, la batterie, qu’il semble impossible de se procurer sur l’île. Un soir, alors que Natsuki recueille une Catherine au bord de la crise de nerfs à bord de son bateau, la bande est attaquée par de mystérieux assaillants bien déterminés à capturer Atri.

Depuis le rétablissement de l’électricité à l’école, Natsuki jongle entre ses nouvelles activités d’enseignant et de récupérateur avec une bonne humeur inhabituelle qui plonge Atri dans la perplexité. Inquiet de la popularité croissante de son ami auprès de la gent féminine, Ryûji presse Minamo de passer à l’action et de lui avouer ses sentiments.

Minamo, Ryûji et Yôko jouent des pieds et des mains pour démontrer qu’Atri est bel et bien l’adolescente qui a sauvé la vie de Natsuki dans son enfance. Si le jeune homme n’est guère enchanté par cette perspective, il reste cependant intimement convaincu que l’humanoïde éprouve de véritables sentiments. Reste à savoir comment le prouver.

Depuis qu’il a embrassé Atri sur un coup de tête, Natsuki ne s’est plus s’il doit la considérer comme une humanoïde ou comme une jeune fille ordinaire. Son indécision ne manque pas d’attirer l’attention de ses camarades de classe qui tentent de le conseiller au mieux. Minamo, tout particulièrement, a une idée bien précise de ce qu’il devrait faire.

Natsuki contraint Atri à lui dévoiler ce qu’elle ressent réellement, mais les réponses que lui donne l’humanoïde ne sont pas celles qu’il espérait. De son côté, Catherine reçoit une mystérieuse enveloppe contenant des informations troublantes au sujet du passé d’Atri. Confronté à ses révélations, Natsuki doit prendre une décision difficile.

Désormais convaincu qu’Atri éprouve de véritables sentiments, Natsuki se précipite sur le toit de l’école où la supermachine fait face à Yasuda, son ennemi mortel. Pour parvenir à ses fins, celui-ci n’hésite pas à s’en prendre physiquement à Natsuki, poussant Atri dans ses derniers retranchements. L’humanoïde n’a d’autre choix que de recourir à la violence.

La tranquillité revient peu à peu sur l’île après le rapatriement forcé de Yasuda en métropole. Un matin, à la surprise générale, Natsuki annonce qu’il va prochainement retourner à l’Académie pour reprendre ses études inachevées. Cette perspective réjouissante est malheureusement entachée par les dysfonctionnements à répétition d’Atri.

Atri s’est enfin souvenue de l’ordre que lui avait donné Nonko. Elle doit rejoindre un endroit du nom d’Eden situé au large de l’île. Cependant, comme l’humanoïde ne dispose d’aucun autre indice en dehors de ces informations, Natsuki et ses amis sont forcés d’avancer à l’aveuglette. Bon gré mal gré, la petite troupe embarque pour la mystérieuse destination.

Natsuki dissuade Atri d’entrer dans la capsule d’Eden, convaincu qu’il peut l’empêcher de perdre la mémoire avant la fin des trois jours. Néanmoins, malgré ses recherches et l’aide de ses amis, ses efforts ne sont guère couronnés de succès. De son côté, Atri se sent plus prête que jamais à accomplir la mission que Nonko lui a confiée.